Modelos mistos no melhoramento vegetal com a utilização do software R

This research aimed to development script trough R software for data evaluation in plant breeding using the pedigreemm package, by the construction of a standard file for analysis and correction adjustment application in replicated genetic progenies of full subling and half-sibs families. This was b...

Nível de Acesso:openAccess
Publication Date:2013
Main Author: Pinto, Danielle Silva lattes
Orientador/a: Cruz, Cosme Damião lattes
Co-advisor: Resende, Marcos Deon Vilela de lattes, Nascimento, Moysés lattes
Banca: Bhering, Leonardo Lopes lattes, Tomé, Lívia Gracielle Oliveira lattes, Santos, Carlos Eduardo Magalhães dos lattes
Format: Tese
Language:por
Published: Universidade Federal de Viçosa
Programa: Doutorado em Genética e Melhoramento
Department: Genética animal; Genética molecular e de microrganismos; Genética quantitativa; Genética vegetal; Me
Assuntos em Portugês:
Assuntos em Inglês:
Áreas de Conhecimento:
Online Access:http://locus.ufv.br/handle/123456789/1389
Citação:PINTO, Danielle Silva. Mixed models in plant breeding using the R software. 2013. 54 f. Tese (Doutorado em Genética animal; Genética molecular e de microrganismos; Genética quantitativa; Genética vegetal; Me) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa, 2013.
Resumo Português:Esta pesquisa apresentou como objetivos, a elaboração de um script no software R para avaliação de dados no melhoramento vegetal utilizando o pacote pedigreemm, com a construção de um arquivo padrão para análise e aplicação de correção do ajuste, em delineamentos genéticos de progênies de famílias de meio irmãos e de irmãos germanos. Este foi fundamentado em análises para o melhoramento do Eucalyptus urophylla S.T. Blake. Para os quatro tipos de delineamentos apresentados no trabalho existe uma correção específica, que ajusta saída do pacote gerando os valores genéticos preditos corretos do BLUP. O segundo objetivo foi comparar os métodos de seleção combinada e o procedimento REML/BLUP em delineamento de progênies de meio irmãos simuladas. Baseado na ferramenta de simulação e da teoria de genética quantitativa, a partir de uma população base, progênies de meio irmãos foram geradas com o diferentes níveis de desbalanceamento variando de 10 a 50%. Três características quantitativas foram simuladas, com diferentes herdabilidades de médias de progênies. Os resultados obtidos possibilitaram perceber que os métodos de seleção combinada e via REML/BLUP apresentaram respostas muito semelhantes em todas as avaliações realizadas e a utilização do método de índice combinado mostra-se adequado para a seleção de progênies de meio irmãos, com confiabilidades similares ao procedimento REML/BLUP.
Resumo inglês:This research aimed to development script trough R software for data evaluation in plant breeding using the pedigreemm package, by the construction of a standard file for analysis and correction adjustment application in replicated genetic progenies of full subling and half-sibs families. This was based on an analysis for Eucalyptus urophylla ST Blake breeding. For the four types of designs presented in the work there is a specific constant, which adjusts the output generates by the package correcting the the genetic values predicted by BLUP. The second objective was to compare combined selection methods and REML/BLUP delineation of different simulated half-sibs. Based on the simulation tool and quantitative genetics theory, through a basis population, different half-sibs were generated with different levels of imbalance ranging from 10 to 50%. Three quantitative traits were simulated with different heritability average by progenies. The results enabled us to realize that the combined selection methods and REML/BLUP showed very similar responses in all assessments and the use of the combined index method is adequate for selecting different half-sibs, with reliabilities similar to the procedure by REML/BLUP.