Análise da diversidade intra e inter-hospedeiro do DENV-2 em amostras de pacientes com diferentes apresentações clínicas

• Ano de defesa: 2016
• Autor(a) principal: Torres, Maria Celeste
• Orientador(a): Filippis, Ana Maria Bispo de, Mendonça, Marcos César Lima de
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Link de acesso: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/19301
• topic: Virus da Dengue Tipo 2; Quasiespecies; Diversidade Intra-Hospedeiro; Quadro Clínico; Vírus da Dengue; Pacientes; Letalidade; Variação Genética

A dengue atualmente é a arbovirose de maior impacto no mundo em termos de morbidade e mortalidade. Casos de dengue com confirmação laboratorial são reportados no Brasil desde a década de 80. Atualmente a doença é hiperendêmica com quatro sorotipos de vírus dengue (DENV1-4) circulando no país e associados a quadros que variam de dengue clássico a dengue grave, representando um importante problema de saúde pública. Cada sorotipo é subdividido em genótipos e linhagens, com virulência variável. Os DENV são vírus RNA e como tal, propensos a erros durante a replicação, comportando-se como quasiespecies dentro de cada hospedeiro. O genótipo asiático/americano do DENV-2 tem circulado no estado do Rio de Janeiro desde 1990, e no ano de 2008 um surto de DENV-2 foi associado com o aumento da gravidade, alta taxa de letalidade e concomitante mudança na faixa etária mais afetada. Os fatores virais envolvidos na patogênese grave permanecem ainda pouco caracterizados. Dentro desse contexto, analisamos a diversidade genética intra-hospedeiro do DENV-2 a fim de determinar a possível associação com a gravidade da doença. Foram estudadas 29 amostras de soros DENV-2 positivos do período 1999-2011, oriundos de pacientes do estado do Rio de Janeiro, clinicamente classificados como dengue clássico (48%), dengue com sinais de alarme (33%) e dengue grave (19%). O tipo de infecção também foi classificada nos pacientes em primária (52%) e secundária (48%). Genomas virais completos foram sequenciados empregando uma abordagem livre de amplicon, na plataforma NextSeq500 da Illumina. Variações de um único nucleotídeo (SNV) e as suas frequências foram detectadas entre todos os \201Creads\201D sequenciados para cada amostra Todas as amostras analisadas corresponderam ao genótipo asiático/americano que tem circulado no Brasil desde 1990. No entanto, confirmamos a existência de duas linhagens para este genótipo no estado do Rio de Janeiro. A linhagem I, do período 1999-2001, apresentou neste estudo uma frequência menor de SNV não sinônimas e e um perfil distinto de variação génica, em comparação com a linhagem II, identificada a partir de 2007. Por outro lado, os casos das infecções secundárias apresentaram uma maior carga viral (CV) (Mediana=5,43x103), número de SNV (=129) e índices de diversidade nucleotídica, quando comparados com os das infecções primárias (Mediana CV=2,33x102; média do número de SNV=34). Os casos de dengue grave se apresentaram nesta amostragem com uma menor diversidade viral intra-hospedeiro e um padrão de SNV não sinônimas diferente do padrão achado para as amostras de dengue clássico com e sem sinais de alarme. Isto poderia sugerir que as SNV não sinônimas achadas nos casos clássicos com ou sem sinais de alarme não estariam envolvidos na patogênese grave. A função que cumpre cada uma destas mutações minoritárias na evolução da doença requer estudos mais detalhados. Os resultados gerados neste trabalho contribuem ao entendimento da dinâmica viral do DENV-2, e reforçam a importância de estudos complementares que permitam elucidar definitivamente a relação entre as subpopulações virais com a patogenia e apresentação clínica da infecção