O impacto de pequenas deleções genômicas em domínios protéicos identificadas a partir de dados de rna-seq de amostras de pacientes de adenocarcinoma de pulmão - Wajnberg, Gabriel (2017)
Inserções e deleções (INDELs) são exemplos de alterações na sequência de DNA. As alterações causadas por deleções genômicas podem modificar nucleotídeos da região codificadora de proteínas com potencial para alterar os aminoácidos codificados e mudar o quadro de leitura da tradução. Estas deleções podem causar modificações substanciais em proteínas envolvidas com a biologia do câncer. Nós inovamos no uso de um método já existente de matrizes ternárias ao utilizá-lo para identificar deleções genômicas com o uso de dados de transcriptoma de alta vazão (RNA-Seq). Foram usados dados de RNA-Seq para identificar pequenas deleções de até 100 nucleotídeos de comprimento dentro de éxons humanos. Apresentamos dados a partir da análise do genoma de referência humano GRCh37/hg19 e de 66 genomas do projeto 1000G. Foram selecionados aleatoriamente três genomas representando cada uma das 22 populações disponíveis para o mapeamento de RNA-Seq de amostras da linhagem H1975, de seis pacientes não fumantes e de 14 pacientes fumantes de câncer de pulmão. Identificamos deleções de até 100 nucleotídeos que também foram identificadas utilizando o programa Varscan com o genoma de referência GRCh37/hg19. Entre elas, podemos citar uma deleção de 15 nucleotídeos no domínio tirosina kinase localizado no éxon 19 do gene EGFR em amostra tumoral de um paciente não fumante Esta deleção também está previamente anotada na base de dados dbSNP. Em outro paciente não fumante foi encontrada uma deleção de quatro nucleotídeos que alterou o quadro de leitura do gene CTSA em amostras normais e tumorais. Encontramos a via de interferon \03B3 com alta probabilidade de estar alterada ao analisar os dados de pacientes fumantes, entre os genes dessa via em que encontramos alterações estão o INFGR1 e o INFGR2. Encontramos deleções a partir do mapeamento dos transcritos com 66 genomas do projeto 1000G que não encontramos com o mapeamento contra o genoma de referência GRCh37/hg19. Dentre elas, encontramos uma pequena deleção de 13 nucleotídeos no gene EPDR1 que altera o domínio ependimina da proteína codificada. Além desta deleção, uma perda de sete nucleotídeos foi encontrada ao utilizar genomas de ancestralidade europeias como referência. No gene supressor tumoral CDH1, encontramos uma pequena deleção de dois nucleotídeos em pacientes não fumantes usando genomas de ancestralidade europeias e americanas. O oncogene AKT1 apresentou uma deleção de cinco nucleotídeos em três pacientes fumantes. Estes achados poderão ser utilizados para o melhor entendimento da biologia do câncer de pulmão para novos métodos de diagnósticos e tratamentos