Avaliação e refinamento de uma nova metodologia de amostragem associada a sequenciamento de genomas virais

• Ano de defesa: 2020
• Autor(a) principal: Machado, Laís Ceschini
• Orientador(a): Wallau, Gabriel da Luz, Paiva, Marcelo Henrique Santos
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Link de acesso: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/53416
• topic: FTA Card; sequenciamento de nova geração; genomas; FTA Card; next-generation sequencing; genomes; Tarjeta TLC; secuenciación de próxima generación; genomas; Carte FTA; séquençage de nouvelle génération; génomes; Infecções por Arbovirusepidemiol; Arbovírusgenet; RNA Viral; Sequenciamento Completo do Genoma; Insetos Vetores; Saliva; Aedes; Vigilância de Evento Sentinela; Brasil

Arbovírus são vírus que necessitam de um vetor artrópode, como os mosquitos e carrapatos, para serem transmitidos aos seres humanos. No Brasil, há uma grande variedade de arbovírus circulantes, que compõe um cenário epidemiológico extenso. Os métodos de vigilância para esses arbovírus são feitos de maneira que não se identifica o genótipo viral circulante, no entanto, estes vírus podem acumular mutações de maneira que podem ressurgir como novas epidemias. Tecnologias para o monitoramento viral estão sendo implementadas em diferentes cenários para a obtenção do genoma viral, como o sequenciamento direto de mosquitos infectados realizado com condições de campo. Uma nova tecnologia de monitoramento viral utilizando FTA Cards vem se mostrando robusta para realizar a captura de partículas virais direto da saliva de mosquitos infectados. Sendo assim, a proposta deste trabalho é realizar a combinação de duas técnicas, realizando o sequenciamento de larga escala a partir de FTA Cards para entender a robustez em capturar o genoma destes arbovírus. Para tanto, fêmeas de Ae. aegypti foram alimentadas artificialmente com o vírus Zika e FTAs foram utilizados para recuperar partículas virais. FTA Cards colocados em campo junto a armadilhas BR-OVT para diagnóstico de arbovírus em campo por RT-qPCR e PCR Nested convencional. Após estes serem confirmados como positivos, através de RT-qPCR, e sequenciados utilizando o kit Nextera XT (Miseq Illumina). Ao todo, foram sequenciados seis FTA Cards de Campo e seis FTA Cards de laboratórios positivos para o vírus Zika, onde estes apresentaram o genoma fragmentado. Foram diagnosticados 19 FTA Cards de Campo positivos para o vírus Zika no RT-qPCR. 18 FTA Cards foram positivos no PCR Nested convencional, dois para o vírus chikungunya e 16 para o vírus dengue 2. Ass análises filogenéticas mostraram que os vírus sequenciados são os circulantes na região Nordeste. Neste trabalho foi possível avaliar que o FTA Card tem um grande potencial para ser usado na vigilância contínua de arbovírus, porém ele não é capaz de recuperar o genoma completo utilizando a abordagem de sequenciamento por amplicons.