Sequenciamento genômico e análise filogenética de cepas de acinetobacter baumannii: uma abordagem comparativa

• Ano de defesa: 2022
• Autor(a) principal: Souza, Paula Araujo de
• Orientador(a): Villas Bôas, Maria Helena Simões, Carvalho, Karyne Rangel
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Link de acesso: https://arca.fiocruz.br/handle/icict/60067
• topic: Acinetobacter baumannii; Genética; Análise Filogenética; Acinetobacter baumannii; Análise Filogenética; genética

Entre a diversidade de micro-organismos patogênicos Gram-negativos envolvidos nas infecções relacionadas à assistência à saúde (IRAS), Acinetobacter baumannii surge como um patógeno altamente problemático para muitas instituições a nível mundial. Esse micro-organismo é um motivo de preocupação por conta da sua alta prevalência em epidemias justificada por sua capacidade de adquirir resistência aos antimicrobianos. No Brasil, cepas de A. baumannii inseridas nos complexos clonais (CC) 79 e 15 se destacam, sendo responsáveis por diversos surtos, tornando-se muito persistentes no ambiente hospitalar. A partir disso, este estudo teve como objetivo realizar uma análise filogenética comparando as cepas dos tipos de sequências (ST)79/CC79 e ST15/CC15 isoladas em anos distintos na tentativa de elucidar os fatores que tornam esses clones tão prevalentes e de difícil erradicação. Com essa finalidade, foram estudadas 25 cepas, onde quatro (49349, 49353, 49366 e 49367) isoladas de 2007 a 2010, foram analisadas mais detalhadamente e 21 foram utilizadas para conferir robustez à árvore filogenética. Foi realizada a análise de multilocus sequence typing (MLST) para o estudo do perfil epidemiológico molecular das 25 cepas e sequenciamento do genoma completo das quatro cepas para caracterização genética da resistência, virulência e presença de elementos genéticos móveis. A análise por MLST através do esquema Pasteur identificou 14 ST diferentes e 10 CC. Enquanto pelo esquema Oxford foram verificados 16 ST e 14 CC. Genes que codificam resistência à cefalosporinas, aos carbapenêmicos, à estreptomicina e à espectinomicina foram comuns a todas as cepas. Na busca por genes de virulência, foram identificados 40 genes, onde 31 deles foram comuns as quatro cepas. Os quatro principais genomas estudados apresentaram os elementos genéticos móveis analisados (ilhas genômicas, sequências de inserção e prófagos), porém não foram observadas diferenças marcantes entre as cepas pertencentes ao mesmo CC e isoladas em períodos diferentes, demonstrando que esses clones são um problema alarmante desde muito tempo. Foram identificadas ilhas genômicas onde estavam inseridos genes de resistência e virulência. A sequência de inserção (SI) ISaba1 foi encontrada associada ao gene blaOXA-23 em todas as quatro cepas. Prófagos foram identificados nas quatro principais cepas, porém não foram verificados genes de resistência ou virulência nessas regiões