Identificação de espécies de Micobactérias de interesse médico através de um sistema da PCR multiplex

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2016
Autor(a) principal: Caldas, Paulo Cesar de Souza
Orientador(a): Ramos, Jesus Pais, Schindler, Haiana Charifker
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Não Informado pela instituição
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Link de acesso: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/31802
Resumo: O Complexo Mycobacterium tuberculosis e outras espécies denominadas micobactérias não causadoras de tuberculose (MNT), além do M. leprae constituem o gênero Mycobacterium. As espécies de MNT mais isoladas no Brasil são as do Complexo M. avium (44,4%), M. kansasii (13,7%), M. fortuitum (10,8%) e M. abscessus (9,5%). A identificação das MNT é realizada através de métodos baseados na avaliação de características das culturas e na realização de testes bioquímicos simples, porém demorados, além de alguns testes moleculares, que são na sua maioria caros. Este trabalho teve como objetivo avaliar uma PCR Multiplex em amostras de MNT isoladas no Laboratório de Referência Nacional em Tuberculose e Outras Micobacterioses do Centro de Referência Professor Hélio Fraga/ENSP/Fiocruz no período de 2014 e 2015 e diferencia-las do Complexo M. tuberculosis. Todas as amostras foram previamente identificadas através da metodologia do PRA-hsp65 (PCR com Análise de Enzima de Restrição). Para avaliar a concordância entre os diferentes testes foi utilizada a medida Kappa, que apresentou um excelente grau de concordância da PCR multiplex de 100% (Kappa = 1), para todas as espécies que foram utilizadas.A PCR Multiplex, mostrou ser uma ferramenta fácil de executar, rápida, e que possibilitou a amplificação simultânea de mais de uma sequência de DNA alvo em uma única reação, resultando em economia de tempo e de reagentes, na identificação das espécies utilizadas. A PCR multiplex pode representar uma ferramenta alternativa de diagnóstico útil para a identificação laboratorial das micobactérias de interesse médico mais frequentemente isoladas.
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A identificação das MNT é realizada através de métodos baseados na avaliação de características das culturas e na realização de testes bioquímicos simples, porém demorados, além de alguns testes moleculares, que são na sua maioria caros. Este trabalho teve como objetivo avaliar uma PCR Multiplex em amostras de MNT isoladas no Laboratório de Referência Nacional em Tuberculose e Outras Micobacterioses do Centro de Referência Professor Hélio Fraga/ENSP/Fiocruz no período de 2014 e 2015 e diferencia-las do Complexo M. tuberculosis. Todas as amostras foram previamente identificadas através da metodologia do PRA-hsp65 (PCR com Análise de Enzima de Restrição). Para avaliar a concordância entre os diferentes testes foi utilizada a medida Kappa, que apresentou um excelente grau de concordância da PCR multiplex de 100% (Kappa = 1), para todas as espécies que foram utilizadas.A PCR Multiplex, mostrou ser uma ferramenta fácil de executar, rápida, e que possibilitou a amplificação simultânea de mais de uma sequência de DNA alvo em uma única reação, resultando em economia de tempo e de reagentes, na identificação das espécies utilizadas. A PCR multiplex pode representar uma ferramenta alternativa de diagnóstico útil para a identificação laboratorial das micobactérias de interesse médico mais frequentemente isoladas.The Mycobacterium tuberculosis complex and other species named non tuberculous mycobacteria (NTM), and M. leprae constitutes the genus Mycobacterium. The most isolated NTM species in Brazil are the complex M. avium (44.4%), M. kansasii (13.7%), M. fortuitum (10.8%) and M. abscessus (9.5%). The identification of NTM is carried out by methods based on evaluation of characteristics of the cultures and carrying out biochemical tests, simple but time consuming. This study aimed to evaluate a Multiplex PCR in isolated MNT samples at the National Reference Laboratory for Tuberculosis and Other Mycobacteriosis of Centro Referência Professor Hélio Fraga / ENSP / Fiocruz in 2014 and 2015 period and differentiates them from complex M. tuberculosis. All samples were identified previously by the hsp65 PRA methodology (PCR Restriction Enzyme Analysis). To evaluate the correlation between the different tests we used the Kappa measure, which presented an excellent degree of concordance of multiplex PCR of 100% (Kappa = 1), for all studied species that were the used. The Multiplex PCR has proved to be an easy tool to perform, quickly, and which enabled the simultaneous amplification of more than one target DNA sequence in a single reaction, resulting in time and economic reagents, identification of the species used. The multiplex PCR may represent a useful diagnostic alternative tool for laboratory identification of medical interest of mycobacteria more frequently isolated.Fundação Oswaldo Cruz. Escola Nacional de Saúde Pública Sergio Arouca. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.porMicobactérias não causadoras de TuberculoseDiagnóstico LaboratorialMycobacterium tuberculosisReação em Cadeia da PolimeraseMycobacteria NontuberculousMycobacterium tuberculosisPolymerase Chain ReactionLaboratory DiagnosisMicobactérias não TuberculosasMycobacterium tuberculosisIdentificação de espécies de Micobactérias de interesse médico através de um sistema da PCR multiplexIdentification of species of Mycobacteria of medical interest through a multiplex PCR systeminfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisFundação Oswaldo Cruz, Escola Nacional de Saúde Pública Sergio AroucaRio de Janeiro/RJPrograma de Pós-Graduação em Epidemiologia em Saúde Públicainfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txttext/plain1748https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/31802/1/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD51ORIGINALve_Paulo_Cesar_ENSP_2016.pdfapplication/pdf1315704https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/31802/2/ve_Paulo_Cesar_ENSP_2016.pdfce45c91a32e9523d1c0547c66b1d33e3MD52TEXTve_Paulo_Cesar_ENSP_2016.pdfve_Paulo_Cesar_ENSP_2016.pdfExtracted texttext/plain145759https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/31802/3/ve_Paulo_Cesar_ENSP_2016.pdfd64ce3a8c6e36802666790eee7b908fcMD53ve_Paulo_Cesar_ENSP_2016.pdf.txtve_Paulo_Cesar_ENSP_2016.pdf.txtExtracted texttext/plain145759https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/31802/4/ve_Paulo_Cesar_ENSP_2016.pdf.txtd64ce3a8c6e36802666790eee7b908fcMD54icict/318022023-01-17 11:14:30.823oai:www.arca.fiocruz.br:icict/31802Tk9URTogUExBQ0UgWU9VUiBPV04gTElDRU5TRSBIRVJFClRoaXMgc2FtcGxlIGxpY2Vuc2UgaXMgcHJvdmlkZWQgZm9yIGluZm9ybWF0aW9uYWwgcHVycG9zZXMgb25seS4KCk5PTi1FWENMVVNJVkUgRElTVFJJQlVUSU9OIExJQ0VOU0UKCkJ5IHNpZ25pbmcgYW5kIHN1Ym1pdHRpbmcgdGhpcyBsaWNlbnNlLCB5b3UgKHRoZSBhdXRob3Iocykgb3IgY29weXJpZ2h0Cm93bmVyKSBncmFudHMgdG8gRFNwYWNlIFVuaXZlcnNpdHkgKERTVSkgdGhlIG5vbi1leGNsdXNpdmUgcmlnaHQgdG8gcmVwcm9kdWNlLAp0cmFuc2xhdGUgKGFzIGRlZmluZWQgYmVsb3cpLCBhbmQvb3IgZGlzdHJpYnV0ZSB5b3VyIHN1Ym1pc3Npb24gKGluY2x1ZGluZwp0aGUgYWJzdHJhY3QpIHdvcmxkd2lkZSBpbiBwcmludCBhbmQgZWxlY3Ryb25pYyBmb3JtYXQgYW5kIGluIGFueSBtZWRpdW0sCmluY2x1ZGluZyBidXQgbm90IGxpbWl0ZWQgdG8gYXVkaW8gb3IgdmlkZW8uCgpZb3UgYWdyZWUgdGhhdCBEU1UgbWF5LCB3aXRob3V0IGNoYW5naW5nIHRoZSBjb250ZW50LCB0cmFuc2xhdGUgdGhlCnN1Ym1pc3Npb24gdG8gYW55IG1lZGl1bSBvciBmb3JtYXQgZm9yIHRoZSBwdXJwb3NlIG9mIHByZXNlcnZhdGlvbi4KCllvdSBhbHNvIGFncmVlIHRoYXQgRFNVIG1heSBrZWVwIG1vcmUgdGhhbiBvbmUgY29weSBvZiB0aGlzIHN1Ym1pc3Npb24gZm9yCnB1cnBvc2VzIG9mIHNlY3VyaXR5LCBiYWNrLXVwIGFuZCBwcmVzZXJ2YXRpb24uCgpZb3UgcmVwcmVzZW50IHRoYXQgdGhlIHN1Ym1pc3Npb24gaXMgeW91ciBvcmlnaW5hbCB3b3JrLCBhbmQgdGhhdCB5b3UgaGF2ZQp0aGUgcmlnaHQgdG8gZ3JhbnQgdGhlIHJpZ2h0cyBjb250YWluZWQgaW4gdGhpcyBsaWNlbnNlLiBZb3UgYWxzbyByZXByZXNlbnQKdGhhdCB5b3VyIHN1Ym1pc3Npb24gZG9lcyBub3QsIHRvIHRoZSBiZXN0IG9mIHlvdXIga25vd2xlZGdlLCBpbmZyaW5nZSB1cG9uCmFueW9uZSdzIGNvcHlyaWdodC4KCklmIHRoZSBzdWJtaXNzaW9uIGNvbnRhaW5zIG1hdGVyaWFsIGZvciB3aGljaCB5b3UgZG8gbm90IGhvbGQgY29weXJpZ2h0LAp5b3UgcmVwcmVzZW50IHRoYXQgeW91IGhhdmUgb2J0YWluZWQgdGhlIHVucmVzdHJpY3RlZCBwZXJtaXNzaW9uIG9mIHRoZQpjb3B5cmlnaHQgb3duZXIgdG8gZ3JhbnQgRFNVIHRoZSByaWdodHMgcmVxdWlyZWQgYnkgdGhpcyBsaWNlbnNlLCBhbmQgdGhhdApzdWNoIHRoaXJkLXBhcnR5IG93bmVkIG1hdGVyaWFsIGlzIGNsZWFybHkgaWRlbnRpZmllZCBhbmQgYWNrbm93bGVkZ2VkCndpdGhpbiB0aGUgdGV4dCBvciBjb250ZW50IG9mIHRoZSBzdWJtaXNzaW9uLgoKSUYgVEhFIFNVQk1JU1NJT04gSVMgQkFTRUQgVVBPTiBXT1JLIFRIQVQgSEFTIEJFRU4gU1BPTlNPUkVEIE9SIFNVUFBPUlRFRApCWSBBTiBBR0VOQ1kgT1IgT1JHQU5JWkFUSU9OIE9USEVSIFRIQU4gRFNVLCBZT1UgUkVQUkVTRU5UIFRIQVQgWU9VIEhBVkUKRlVMRklMTEVEIEFOWSBSSUdIVCBPRiBSRVZJRVcgT1IgT1RIRVIgT0JMSUdBVElPTlMgUkVRVUlSRUQgQlkgU1VDSApDT05UUkFDVCBPUiBBR1JFRU1FTlQuCgpEU1Ugd2lsbCBjbGVhcmx5IGlkZW50aWZ5IHlvdXIgbmFtZShzKSBhcyB0aGUgYXV0aG9yKHMpIG9yIG93bmVyKHMpIG9mIHRoZQpzdWJtaXNzaW9uLCBhbmQgd2lsbCBub3QgbWFrZSBhbnkgYWx0ZXJhdGlvbiwgb3RoZXIgdGhhbiBhcyBhbGxvd2VkIGJ5IHRoaXMKbGljZW5zZSwgdG8geW91ciBzdWJtaXNzaW9uLgo=Repositório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352023-01-17T14:14:30Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)false
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