ESSEX : identificação de um aminoácido de interesse em sequências biológicas de origens diferentes - Quaresma Junior, Wolmer Dias (2019)
O objetivo desta dissertação é propor uma ferramenta para tratar um problema importante da biologia computacional, que corresponde na localização de um determinado aminoácido em uma sequência biológica para que possa obter algum significado biológico. Obter essa informação muitas vezes é um processo complexo, pois a numeração deste aminoácido na sequência onde o experimento foi realizado não é obrigatoriamente a mesma numeração encontrada para sequências da mesma proteína obtida de diferentes organismos ou diferentes experimentos. A ferramenta desenvolvida apresenta na sua saída as sequências alinhadas e renumeradas, de modo correto e consequentemente apresente a exibição das informações de maneira objetiva, através da representação visual acrescentado com o esquema de cor e a numeração correta para cada aminoácido, fazendo com que o usuário localize com mais clareza o aminoácido de interesse em um processo de alinhamento de sequências biológicas. Essas sequências poderão vir de diferentes experimentos e de diversas espécies. A partir da ferramenta construída podemos destacar diversas vantagens da utilização da ferramenta comparada com as demais ferramentas existentes, dentre elas, é possível destacar a apresentação da régua horizontal enumerando cada aminoácido da sequência com a sequência que foi determinada como referência, após o processo de alinhamento. A régua horizontal é dinâmica e se adéqua de acordo com a sequência que é definida como referência, ajudando o usuário da ferramenta a encontrar de maneira rápida e eficaz o aminoácido de interesse. Nessa mesma perspectiva, a ferramenta utiliza informações representadas por meios de tooltip's, essas informações consistem em posição real que seria a posição original que o aminoácido se encontra na sequência e posição de alinhamento que se refere sobre a posição que o aminoácido se encontra logo após o processo de alinhamento. Por fim, é importante mencionar que a comparação de sequências proteicas é uma ferramenta essencial na procura da existência de relações de semelhança entre todo ou parte dessa sequência. Isso é muito comum quando temos uma sequência desconhecida e queremos identificar associando-a um grupo de proteínas de funções conhecidas, comparando essa sequência com outras de um banco de dados, também servem para a predizer as estruturas secundárias de proteínas ou para outras técnicas computacionais, como o docking e dinâmica molecular.