[en] A NOVEL APPROACH FOR DE BRUIJN GRAPH CONSTRUCTION IN DE NOVO GENOME FRAGMENT ASSEMBLY

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2020
Autor(a) principal: ELVISMARY MOLINA DE ARMAS
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Tese
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: eng
Instituição de defesa: MAXWELL
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
[pt] MONTAGEM DE GENOMAS
[pt] K MER
[pt] GRAFO DE BRUIJN
[en] GENOME ASSEMBLY
[en] K MER
[en] DE BRUIJN GRAPH
Link de acesso: https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=47791&idi=1
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http://doi.org/10.17771/PUCRio.acad.47791
Resumo: [pt] A montagem de fragmentos de sequências biológicas é um problema fundamental na bioinformática. Na montagem de tipo De Novo, onde não existe um genoma de referência, é usada a estrutura de dados do grafo de Bruijn para auxiliar com o processamento computacional. Em particular, é necessário considerar um conjunto grande de k-mers, substrings das sequências biológicas. No entanto, a construção deste grafo tem grande custo computacional, especialmente muito consumo de memoria principal, tornando-se inviável no caso da montagem de grandes conjuntos de k-mers. Há soluções na literatura que utilizam o modelo de memória externa para conseguir executar o procedimento. Porém, todas envolvem alta redundância nos cálculos envolvendo os k-mers, aumentando consideravelmente o número de operações de E/S. Esta tese propõe uma nova abordagem para a construção do grafo de Bruijn que torna desnecessária a geração de todos os k-mer. A solução permite uma redução dos requisitos computacionais e a viabilidade da execução, o que é confirmado com os resultados experimentais.
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