[en] AN APPROACH TO MODEL, STORE AND ACCESS BIOLOGICAL SEQUENCES - CRISTIAN TRISTAO (2013)
[pt] As pesquisas na área da biologia molecular vêm produzindo um grande volume de dados e estes precisam ser bem organizados, estruturados e persistidos. Na sua grande maioria os dados biológicos são armazenados em arquivos no formato texto. Para grandes volumes de dados, o caminho natural seria utilizar SGBDs para gerenciá-los. Contudo, estes sistemas não possuem estruturas adequadas para representar e manipular dados específicos ao domínio. Por exemplo, sequências biológicas normalmente são tratadas como simples cadeias de caracteres (tipo texto/varchar) ou BLOB, e desta forma perde-se todo um conjunto de informações composicionais, posicionais e de conteúdo. Esta tese argumenta que a gerência de dados (estrutura, armazenamento e acesso de dados) se transformou em um dos principais problemas para o domínio de pesquisas da bioinformática. Desta maneira propõe-se um modelo conceitual biológico para representar informações do dogma central da biologia molecular, bem como um tipo abstrato de dado (ADT – do inglês Abstract Data Types) específico para a manipulação de sequências biológicas e seus derivados.