Simulação computacional do sistema proteína-ligante : estudo da chiquimato quinase de Mycobacterium tuberculosis - Coracini, Juliane Dors (2013)
A Tuberculose continua sendo a causa mais comum de morte em decorrência de um agente infeccioso. Entre os alvos identificados no genoma do Mycobaterium tuberculosis, enzimas da via do chiquimato merecem atenção especial. A chiquimato quinase é a quinta enzima da via do chiquimato, e tem sido identificada em fungos, organismos do filo apicomplexa, plantas e procariontes. Esta via metabólica é composta por sete passos, que catalisam sequencialmente a conversão de eritrose-4-fosfato e fosfoenolpiruvato em corismato; e é responsável pela biossíntese de aminoácidos aromáticos. Chiquimato quinase parece ser essencial para a sobrevivência do Mycobacterium tuberculosis, uma vez que é ausente no homem, esta enzima é considerada como um alvo para o desenvolvimento de quimioterápicos e medicamentos contra a tuberculose. O objetivo é identificar possíveis inibidores, focando as simulações de docking molecular no sítio de ligação do ATP da enzima. O programa usado nas simulações foi o Molegro Virtual Docker e a interação proteína-ligante foi testada em 12 estruturas cristalográficas e logo após, escolhido um protocolo de docking a partir de valores de RMSD abaixo de 2Å. O método foi validado usando o melhor protocolo de re-docking no Virtual Screening através do Fator de Enriquecimento que obteve resultado de 24,57%, que é considerado adequado para as simulações de docking molecular focados em quinases. O presente protocolo de docking foi aplicado em um banco de dados com mais de 80.000 moléculas. A análise dos resultados identificaram 5 potenciais inibidores da chiquimato quinase. Na análise das interações intermoleculares entre a enzima e os ligantes foram identificadas características estruturais responsáveis pela afinidade da ligação pelo ligante. Este é o primeiro estudo de docking molecular focado no bolsão de ligação do ATP da chiquimato quinase.