Distribuição normal assimétrica para dados de expressão gênica
Ano de defesa: | 2009 |
---|---|
Autor(a) principal: | |
Orientador(a): | |
Banca de defesa: | |
Tipo de documento: | Dissertação |
Tipo de acesso: | Acesso aberto |
Idioma: | por |
Instituição de defesa: |
Universidade Federal de São Carlos
|
Programa de Pós-Graduação: |
Programa de Pós-Graduação em Estatística - PPGEs
|
Departamento: |
Não Informado pela instituição
|
País: |
BR
|
Palavras-chave em Português: | |
Palavras-chave em Inglês: | |
Área do conhecimento CNPq: | |
Link de acesso: | https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/4530 |
Resumo: | Microarrays technologies are used to measure the expression levels of a large amount of genes or fragments of genes simultaneously in diferent situations. This technology is useful to determine genes that are responsible for genetic diseases. A common statistical methodology used to determine whether a gene g has evidences to diferent expression levels is the t-test which requires the assumption of normality for the data (Saraiva, 2006; Baldi & Long, 2001). However this assumption sometimes does not agree with the nature of the analyzed data. In this work we use the skew-normal distribution described formally by Azzalini (1985), which has the normal distribution as a particular case, in order to relax the assumption of normality. Considering a frequentist approach we made a simulation study to detect diferences between the gene expression levels in situations of control and treatment through the t-test. Another simulation was made to examine the power of the t-test when we assume an asymmetrical model for the data. Also we used the likelihood ratio test to verify the adequability of an asymmetrical model for the data. |
id |
SCAR_db7f3508f2307f9ac6d78d9e7d03ec24 |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:repositorio.ufscar.br:ufscar/4530 |
network_acronym_str |
SCAR |
network_name_str |
Repositório Institucional da UFSCAR |
repository_id_str |
|
spelling |
Gomes, Priscila da SilvaTomazella, Vera Lucia Damascenohttp://lattes.cnpq.br/8870556978317000http://lattes.cnpq.br/0798228363022868fed05ea1-1625-4c84-8df0-d17bfebb35a12016-06-02T20:06:02Z2009-09-092016-06-02T20:06:02Z2009-04-17GOMES, Priscila da Silva. Distribuição normal assimétrica para dados de expressão gênica. 2009. 75 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Exatas e da Terra) - Universidade Federal de São Carlos, São Carlos, 2009.https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/4530Microarrays technologies are used to measure the expression levels of a large amount of genes or fragments of genes simultaneously in diferent situations. This technology is useful to determine genes that are responsible for genetic diseases. A common statistical methodology used to determine whether a gene g has evidences to diferent expression levels is the t-test which requires the assumption of normality for the data (Saraiva, 2006; Baldi & Long, 2001). However this assumption sometimes does not agree with the nature of the analyzed data. In this work we use the skew-normal distribution described formally by Azzalini (1985), which has the normal distribution as a particular case, in order to relax the assumption of normality. Considering a frequentist approach we made a simulation study to detect diferences between the gene expression levels in situations of control and treatment through the t-test. Another simulation was made to examine the power of the t-test when we assume an asymmetrical model for the data. Also we used the likelihood ratio test to verify the adequability of an asymmetrical model for the data.Os microarrays são ferramentas utilizadas para medir os níveis de expressão de uma grande quantidade de genes ou fragmentos de genes simultaneamente em situações variadas. Com esta ferramenta é possível determinar possíveis genes causadores de doenças de origem genética. Uma abordagem estatística comumente utilizada para determinar se um gene g apresenta evidências para níveis de expressão diferentes consiste no teste t, que exige a suposição de normalidade aos dados (Saraiva, 2006; Baldi & Long, 2001). No entanto, esta suposição pode não condizer com a natureza dos dados analisados. Neste trabalho, será utilizada a distribuição normal assimétrica descrita formalmente por Azzalini (1985), que tem a distribuição normal como caso particular, com o intuito de flexibilizar a suposição de normalidade. Considerando a abordagem clássica, é realizado um estudo de simulação para detectar diferenças entre os níveis de expressão gênica em situações de controle e tratamento através do teste t, também é considerado um estudo de simulação para analisar o poder do teste t quando é assumido um modelo assimétrico para o conjunto de dados. Também é realizado o teste da razão de verossimilhança, para verificar se o ajuste de um modelo assimétrico aos dados é adequado.Financiadora de Estudos e Projetosapplication/pdfporUniversidade Federal de São CarlosPrograma de Pós-Graduação em Estatística - PPGEsUFSCarBREstatística matemáticaExpressão gênicaDistribuição normal assimétricaTeste da razão de verossimilhançaMicroarrayTeste TSkew-normal distributionT-testLikelihood ratio testGenic expressionCIENCIAS EXATAS E DA TERRA::PROBABILIDADE E ESTATISTICA::ESTATISTICADistribuição normal assimétrica para dados de expressão gênicainfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesis-1-1ceb2c79a-7b68-4784-a3a7-b6fb90af1437info:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFSCARinstname:Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR)instacron:UFSCARORIGINAL2390.pdfapplication/pdf3256865https://repositorio.ufscar.br/bitstream/ufscar/4530/1/2390.pdf7ad1acbefc5f29dddbaad3f14dbcef7cMD51THUMBNAIL2390.pdf.jpg2390.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg4309https://repositorio.ufscar.br/bitstream/ufscar/4530/2/2390.pdf.jpg5a94fa16e4386e4440c641d0d3322b52MD52ufscar/45302023-09-18 18:31:02.174oai:repositorio.ufscar.br:ufscar/4530Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufscar.br/oai/requestopendoar:43222023-09-18T18:31:02Repositório Institucional da UFSCAR - Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR)false |
dc.title.por.fl_str_mv |
Distribuição normal assimétrica para dados de expressão gênica |
title |
Distribuição normal assimétrica para dados de expressão gênica |
spellingShingle |
Distribuição normal assimétrica para dados de expressão gênica Gomes, Priscila da Silva Estatística matemática Expressão gênica Distribuição normal assimétrica Teste da razão de verossimilhança Microarray Teste T Skew-normal distribution T-test Likelihood ratio test Genic expression CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::PROBABILIDADE E ESTATISTICA::ESTATISTICA |
title_short |
Distribuição normal assimétrica para dados de expressão gênica |
title_full |
Distribuição normal assimétrica para dados de expressão gênica |
title_fullStr |
Distribuição normal assimétrica para dados de expressão gênica |
title_full_unstemmed |
Distribuição normal assimétrica para dados de expressão gênica |
title_sort |
Distribuição normal assimétrica para dados de expressão gênica |
author |
Gomes, Priscila da Silva |
author_facet |
Gomes, Priscila da Silva |
author_role |
author |
dc.contributor.authorlattes.por.fl_str_mv |
http://lattes.cnpq.br/0798228363022868 |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Gomes, Priscila da Silva |
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv |
Tomazella, Vera Lucia Damasceno |
dc.contributor.advisor1Lattes.fl_str_mv |
http://lattes.cnpq.br/8870556978317000 |
dc.contributor.authorID.fl_str_mv |
fed05ea1-1625-4c84-8df0-d17bfebb35a1 |
contributor_str_mv |
Tomazella, Vera Lucia Damasceno |
dc.subject.por.fl_str_mv |
Estatística matemática Expressão gênica Distribuição normal assimétrica Teste da razão de verossimilhança Microarray Teste T |
topic |
Estatística matemática Expressão gênica Distribuição normal assimétrica Teste da razão de verossimilhança Microarray Teste T Skew-normal distribution T-test Likelihood ratio test Genic expression CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::PROBABILIDADE E ESTATISTICA::ESTATISTICA |
dc.subject.eng.fl_str_mv |
Skew-normal distribution T-test Likelihood ratio test Genic expression |
dc.subject.cnpq.fl_str_mv |
CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::PROBABILIDADE E ESTATISTICA::ESTATISTICA |
description |
Microarrays technologies are used to measure the expression levels of a large amount of genes or fragments of genes simultaneously in diferent situations. This technology is useful to determine genes that are responsible for genetic diseases. A common statistical methodology used to determine whether a gene g has evidences to diferent expression levels is the t-test which requires the assumption of normality for the data (Saraiva, 2006; Baldi & Long, 2001). However this assumption sometimes does not agree with the nature of the analyzed data. In this work we use the skew-normal distribution described formally by Azzalini (1985), which has the normal distribution as a particular case, in order to relax the assumption of normality. Considering a frequentist approach we made a simulation study to detect diferences between the gene expression levels in situations of control and treatment through the t-test. Another simulation was made to examine the power of the t-test when we assume an asymmetrical model for the data. Also we used the likelihood ratio test to verify the adequability of an asymmetrical model for the data. |
publishDate |
2009 |
dc.date.available.fl_str_mv |
2009-09-09 2016-06-02T20:06:02Z |
dc.date.issued.fl_str_mv |
2009-04-17 |
dc.date.accessioned.fl_str_mv |
2016-06-02T20:06:02Z |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/masterThesis |
format |
masterThesis |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.citation.fl_str_mv |
GOMES, Priscila da Silva. Distribuição normal assimétrica para dados de expressão gênica. 2009. 75 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Exatas e da Terra) - Universidade Federal de São Carlos, São Carlos, 2009. |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/4530 |
identifier_str_mv |
GOMES, Priscila da Silva. Distribuição normal assimétrica para dados de expressão gênica. 2009. 75 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Exatas e da Terra) - Universidade Federal de São Carlos, São Carlos, 2009. |
url |
https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/4530 |
dc.language.iso.fl_str_mv |
por |
language |
por |
dc.relation.confidence.fl_str_mv |
-1 -1 |
dc.relation.authority.fl_str_mv |
ceb2c79a-7b68-4784-a3a7-b6fb90af1437 |
dc.rights.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.format.none.fl_str_mv |
application/pdf |
dc.publisher.none.fl_str_mv |
Universidade Federal de São Carlos |
dc.publisher.program.fl_str_mv |
Programa de Pós-Graduação em Estatística - PPGEs |
dc.publisher.initials.fl_str_mv |
UFSCar |
dc.publisher.country.fl_str_mv |
BR |
publisher.none.fl_str_mv |
Universidade Federal de São Carlos |
dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:Repositório Institucional da UFSCAR instname:Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR) instacron:UFSCAR |
instname_str |
Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR) |
instacron_str |
UFSCAR |
institution |
UFSCAR |
reponame_str |
Repositório Institucional da UFSCAR |
collection |
Repositório Institucional da UFSCAR |
bitstream.url.fl_str_mv |
https://repositorio.ufscar.br/bitstream/ufscar/4530/1/2390.pdf https://repositorio.ufscar.br/bitstream/ufscar/4530/2/2390.pdf.jpg |
bitstream.checksum.fl_str_mv |
7ad1acbefc5f29dddbaad3f14dbcef7c 5a94fa16e4386e4440c641d0d3322b52 |
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 MD5 |
repository.name.fl_str_mv |
Repositório Institucional da UFSCAR - Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR) |
repository.mail.fl_str_mv |
|
_version_ |
1813715866626293760 |