Characterization and annotation of archaeal promoter sequences - Martinez, Gustavo Sganzerla (2021)
As arqueas foram incluídas como um domínio particular da árvore da vida há pouco tempo. Esse vasto e inexplorado domínio requer várias técnicas voltadas a produzir inferências confiáveis uma vex que não há muita informação anotada. O objetivo dessa tese é criar uma pipeline de bioinformática que encontra promotores nos genomas não anotados de arqueas. Para tal, a conservação reportada nos sítios de ligação de proteínas de fatores de transcrição é considerado para desenhar um perfil de sequências promotoras derivado de promotores experimentalmente dos organismos Haloferax volcanii, Thermococus kodakarensis, Sulfolobus solfataricus. Além disso, o aspecto conservado desses organismo é aplicado em uma tarefa classificatória baseada em redes neurais artificiais e estatística. Os resultados obtidos nessa tese são demonstrados através de dois artigos científicos. No primeiro, o sítio de ligação de proteínas de fatores de transcrição que auxiliam a ligação da enzima RNAP foram localizados em sequências promotoras que carecem dos sítios de ligação tradicionais. Em segundo, uma combinação de estatística e redes neurais artificiais mostrou-se bem sucedido ao classificar promotores de arqueastes-vos em uma taxa > 90%, o que demonstra uma maneira satisfatória de entregar anotação genômica em sequências de organismos cujo o genoma ainda não está totalmente explorado. [resumo fornecido pelo autor]