A genômica populacional como instrumento de exploração das potencialidades do melhoramento genético de cultivares de soja para a ampliação da produtividade, da resistência e da adaptabilidade aos processos produtivos brasileiros. - Borges, Hiukary Maria Alves (2024)
A importância da soja para a economia se destaca mundialmente. Por isso, almeja-se alto rendimento na cultura do grão, o que impulsiona os programas de melhoramento genético. Para identificar os genes com aptidão para estes processos, foi adotada abordagem baseada na genômica funcional. Inicialmente, foi realizada consulta no Banco de Germoplasma de Soja do USDA-USA, para a obtenção da base de dados. Os dados selecionados para o estudo se referem à segunda montagem do genoma de referência da soja, obtidos por genotipagem do SoySNP50K iSelect SNP beadchip, da Illumina. Na etapa seguinte, foi realizado o tratamento estatístico dos dados, para garantir o controle de qualidade e a confiabilidade dos resultados e, posteriormente, as análises bioinformáticas baseadas na linguagem de programação R (RStudio e respectivos pacotes). A avaliação da estrutura e dos marcadores genéticos ocorreu por meio de métodos multivariados. O agrupamento de genótipos foi realizado com a utilização do pacote R poppr - abordagem UPGMA que, a partir de um índice de distância-similaridade, evidenciou a diversidade do grupo de indivíduos por meio de um dendrograma. Com o emprego da análise de componentes principais (PCA) foi possível otimizar o gerenciamento e a interpretação dos dados. Os principais parâmetros do grupo foram obtidos por meio dos pacotes R adegenet, HierFstat e diveRsity. A constatação dos SNPs foi realizada por intermédio do pacote R pcadapt, executado com a aplicação dos controles FRD e múltiplos testes. Para a interpretação dos resultados, foram necessárias consultas em bancos de dados genéticos. Os SNPs evidenciados permitiram a identificação dos genes candidatos, dentre os quais aqueles que se relacionam aos fatores de transcrição, metabolismo, estratégias de defesa – gerais e específicas - contra patógenos, resistência ao estresse, à salinidade do solo e ao frio e modulação das respostas ao fotoperíodo.