Diversity and functional analysis of Rap-Phr systems from Bacillus cereus group

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2024
Autor(a) principal: Cardoso, Priscilla de Freitas
Orientador(a): Vilas-Bôas, Gislayne Fernandes Lemes Trindade [Orientador]
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Tese
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Não Informado pela instituição
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Link de acesso: https://repositorio.uel.br/handle/123456789/16945
Resumo: Resumo: O grupo Bacillus cereus é formado por oito espécies de bactérias Gram positivas esporulantes que podem colonizar diversos nichos ecológicos As espécies mais importantes do grupo são B cereus, bactéria ubíqua do solo e patógeno oportunista; B thuringiensis, entomopatógeno amplamente utilizado como biopesticida; e B anthracis, agente etiológico do antraz Embora apresentem fenótipos diferentes, essas espécies são próximas geneticamente e seus principais fatores de virulência são codificados por plasmídeos O ciclo infeccioso de B thuringiensis na larva de inseto é regulado pela ativação consecutiva de sistemas de quorum sensing da família RNPP Dentre eles, o sistema Rap-Phr foi amplamente estudado em B subtilis, porém apenas pontualmente explorado nas espécies do grupo B cereus Os sistemas Rap-Phr regulam vários processos fisiológicos bacterianos, inclusive a esporulação O objetivo deste estudo foi analisar os sistemas Rap-Phr no grupo B cereus, com intuito de conhecer sua distribuição, localização e diversidade a fim de obter um panorama desses sistemas neste grupo Além disso, o possível envolvimento desses sistemas no controle do processo de esporulação foi predito com base nos dados estruturais descritos para RapH de B subtilis Genes rap, sempre associados a um gene phr, estão presentes em todas as 49 linhagens estudadas com uma média de seis alelos rap-phr por linhagem e 3% dos sistemas estão localizados em plasmídeos As linhagens de B thuringiensis possuem seis vezes mais sistemas Rap-Phr plasmidiais do que as linhagens de B cereus Ademais, linhagens filogeneticamente próximas apresentam um perfil similar de genes rap-phr Um terço das proteínas Rap foram preditas como inibidoras da esporulação e estas proteínas estão preferencialmente localizadas em plasmídeos e, portanto, em linhagens de B thuringiensis A predição foi parcialmente validada por ensaios de esporulação sugerindo que os resíduos identificados pelo envolvimento na atividade de fosfatase em B subtilis são conservados no grupo B cereus, porém não são suficientes para predizer a função sobre a esporulação Em seguida, o sistema Rap63-Phr63 codificado pelo plasmídeo pAW63 da linhagem B thuringiensis HD73 foi caracterizado A proteína Rap inibe moderadamente a esporulação e retarda a expressão de genes regulados por SpoA Rap63 é inibida por seu peptídeo cognato Phr63, cuja forma madura corresponde à extremidade carboxi-terminal do pro-peptídeo Ensaios de esporulação em larvas de inseto sugerem uma atividade sinérgica dos sistemas Rap63-Phr63 e Rap8-Phr8 (do plasmídeo pHT8_1 da linhagem B thuringiensis HD73) sobre a esporulação Apesar da similaridade entre Phr63 e Phr8 não foi observado cross-talk entre os dois sistemas, confirmando sua especificidade Desta forma, o conjunto dos resultados demonstra a grande diversidade dos sistemas Rap-Phr no grupo B cereus e destaca o impacto de sistemas plasmidiais no desenvolvimento destas bactérias Consequentemente, reforça a importância dos plasmídeos na adaptação e sobrevivência dessas espécies, particularmente em B thuringiensis
id UEL_5d3ceb00b9b4d1b91320702c51986131
oai_identifier_str oai:repositorio.uel.br:123456789/16945
network_acronym_str UEL
network_name_str Repositório Institucional da UEL
repository_id_str
spelling Cardoso, Priscilla de FreitasLereclus, Didier18f1dfcc-4b3c-44fd-97ac-eba089b1afec-1Mahillon, Jacques2125521c-d296-44fa-bce7-136423d67c9a-1Pontes, Rose Gomes Monnerat Solon de22b800fb-4331-47a5-8f53-adb4eac8b752-1Slamti, Leyla9e37f8f7-7fcc-40c1-9a54-1d91f29dc3ff-1Fazion, Fernanda Aparecida Pires46dde15f-a7c4-4599-bcdc-c28853844e79-1Pereira, Luiz Filipe Protasioa05c63c2-bc00-462c-99af-253008ec369e-1Lereclus, Didier [Coorientador]22c5618a-e606-4d0e-9145-2ba1d4627cb1-1d25514dc-5148-4745-84c5-8bdc8d0f778c820932bb-fd27-4def-9a17-f851e7852070Vilas-Bôas, Gislayne Fernandes Lemes Trindade [Orientador]Londrina2024-05-01T15:17:07Z2024-05-01T15:17:07Z2019.0025.04.2019https://repositorio.uel.br/handle/123456789/16945Resumo: O grupo Bacillus cereus é formado por oito espécies de bactérias Gram positivas esporulantes que podem colonizar diversos nichos ecológicos As espécies mais importantes do grupo são B cereus, bactéria ubíqua do solo e patógeno oportunista; B thuringiensis, entomopatógeno amplamente utilizado como biopesticida; e B anthracis, agente etiológico do antraz Embora apresentem fenótipos diferentes, essas espécies são próximas geneticamente e seus principais fatores de virulência são codificados por plasmídeos O ciclo infeccioso de B thuringiensis na larva de inseto é regulado pela ativação consecutiva de sistemas de quorum sensing da família RNPP Dentre eles, o sistema Rap-Phr foi amplamente estudado em B subtilis, porém apenas pontualmente explorado nas espécies do grupo B cereus Os sistemas Rap-Phr regulam vários processos fisiológicos bacterianos, inclusive a esporulação O objetivo deste estudo foi analisar os sistemas Rap-Phr no grupo B cereus, com intuito de conhecer sua distribuição, localização e diversidade a fim de obter um panorama desses sistemas neste grupo Além disso, o possível envolvimento desses sistemas no controle do processo de esporulação foi predito com base nos dados estruturais descritos para RapH de B subtilis Genes rap, sempre associados a um gene phr, estão presentes em todas as 49 linhagens estudadas com uma média de seis alelos rap-phr por linhagem e 3% dos sistemas estão localizados em plasmídeos As linhagens de B thuringiensis possuem seis vezes mais sistemas Rap-Phr plasmidiais do que as linhagens de B cereus Ademais, linhagens filogeneticamente próximas apresentam um perfil similar de genes rap-phr Um terço das proteínas Rap foram preditas como inibidoras da esporulação e estas proteínas estão preferencialmente localizadas em plasmídeos e, portanto, em linhagens de B thuringiensis A predição foi parcialmente validada por ensaios de esporulação sugerindo que os resíduos identificados pelo envolvimento na atividade de fosfatase em B subtilis são conservados no grupo B cereus, porém não são suficientes para predizer a função sobre a esporulação Em seguida, o sistema Rap63-Phr63 codificado pelo plasmídeo pAW63 da linhagem B thuringiensis HD73 foi caracterizado A proteína Rap inibe moderadamente a esporulação e retarda a expressão de genes regulados por SpoA Rap63 é inibida por seu peptídeo cognato Phr63, cuja forma madura corresponde à extremidade carboxi-terminal do pro-peptídeo Ensaios de esporulação em larvas de inseto sugerem uma atividade sinérgica dos sistemas Rap63-Phr63 e Rap8-Phr8 (do plasmídeo pHT8_1 da linhagem B thuringiensis HD73) sobre a esporulação Apesar da similaridade entre Phr63 e Phr8 não foi observado cross-talk entre os dois sistemas, confirmando sua especificidade Desta forma, o conjunto dos resultados demonstra a grande diversidade dos sistemas Rap-Phr no grupo B cereus e destaca o impacto de sistemas plasmidiais no desenvolvimento destas bactérias Consequentemente, reforça a importância dos plasmídeos na adaptação e sobrevivência dessas espécies, particularmente em B thuringiensisTese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia MolecularAbstract: The Bacillus cereus group of Gram positive spore forming bacteria is comprised by eight species that are able to colonize several ecological niches The most important species are B cereus, a ubiquitous soil bacterium and an opportunistic pathogen; B thuringiensis, an entomopathogen widely used as biopesticide; and B anthracis, the causative agent of anthrax Even if they present different phenotypes, they are genetic closely related and their main virulence factors are encoded on plasmids The infectious cycle of B thuringiensis in the insect larvae is regulated by the sequential activation of quorum sensing systems from the RNPP family Among them, the Rap-Phr was extensively studied in B subtilis but just punctually in B cereus group species The Rap-Phr systems were shown to regulate various bacterial processes, including the sporulation The objective of this study was to analyze the Rap-Phr systems in the B cereus group, regarding their distribution, location and diversity to achieve an overview of these systems in these bacteria Moreover, their possible involvement in the control of the sporulation process was predicted based on structural data described for RapH in B subtilis The rap genes, always associated with a phr gene, were present in all 49 studied strains with an average of six rap-phr genes per strain and 3% were located on plasmids Comparison among B cereus and B thuringiensis strains revealed that the last one harbors six-fold more plasmid rap-phr system then the former Moreover, phylogenetic closer strains possess a similar profile of rap-phr genes Interestingly, 32% of the Rap proteins were predicted to inhibit sporulation and these proteins were preferentially located on plasmids and therefore in B thuringiensis strains This prediction was partially validated by sporulation efficiency assays suggesting that residues identified in B subtilis as involved in the phosphatase activity are conserved but not sufficient to predict the sporulation function Then, the plasmid-borne Rap63-Phr63 system from pAW63 plasmid of B thuringiensis HD73 strain was further studied The Rap63 protein moderately inhibits the sporulation and delays the expression of SpoA-regulated genes Rap63 is counteracted by its cognate Phr63 peptide, which mature form corresponds to the C-terminal end of the pro-peptide Sporulation assays in insect larvae suggest a synergistic activity of Rap63-Phr63 and Rap8-Phr8 (from pHT8_1 of B thuringiensis HD73 strain) systems on sporulation efficiency Despite the similarities of Phr63 and Phr8 no cross-talk was found between these two systems, confirming their specificity Altogether, these results reveal the high diversity of the Rap-Phr systems in the B cereus group and highlight the relevance of the plasmid-borne systems to cell development Therefore, the results demonstrated the importance of the plasmids in the adaptation and the survival of these bacteria, especially for B thuringiensisporBacillus thuringiensisPlasmídeosBacillus cereusEsporos bacterianosBacillus thuringiensisPlasmidsBacillus cereusBacterial sporesDiversity and functional analysis of Rap-Phr systems from Bacillus cereus groupinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisDoutoradoGenética e Biologia MolecularCentro de Ciências BiológicasPrograma de Pós-Graduação em Genética e Biologia MolecularAgroParisTech (Paris, França)-1-1reponame:Repositório Institucional da UELinstname:Universidade Estadual de Londrina (UEL)instacron:UELinfo:eu-repo/semantics/openAccess189451vtls000229383SIMvtls000229383http://www.bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls00022938364.00SIMhttp://www.bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls0002293837492.pdf123456789/1701 - Doutorado - Genética e Biologia MolecularORIGINAL7492.pdfapplication/pdf5091759https://repositorio.uel.br/bitstreams/8d280261-1aef-4600-bc4a-1111387ba4be/download1660a9c26b8dc2a034709e90a6cdff8fMD51LICENCElicence.txttext/plain263https://repositorio.uel.br/bitstreams/2426f8b8-2faa-4185-a9a0-484267adacac/download753f376dfdbc064b559839be95ac5523MD52TEXT7492.pdf.txt7492.pdf.txtExtracted texttext/plain374018https://repositorio.uel.br/bitstreams/71596934-4582-48a1-95c6-461e312edc98/download85a50fe35ae911144f808ce83562b9d9MD53THUMBNAIL7492.pdf.jpg7492.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg3682https://repositorio.uel.br/bitstreams/11aa9cab-7ecd-4dab-899a-84083c9b6ef6/download988151d5ef3d59052be95b20f5ce48aeMD54123456789/169452024-07-12 01:20:23.33open.accessoai:repositorio.uel.br:123456789/16945https://repositorio.uel.brBiblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.bibliotecadigital.uel.br/PUBhttp://www.bibliotecadigital.uel.br/OAI/oai2.phpbcuel@uel.br||opendoar:2024-07-12T04:20:23Repositório Institucional da UEL - Universidade Estadual de Londrina (UEL)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Diversity and functional analysis of Rap-Phr systems from Bacillus cereus group
title Diversity and functional analysis of Rap-Phr systems from Bacillus cereus group
spellingShingle Diversity and functional analysis of Rap-Phr systems from Bacillus cereus group
Cardoso, Priscilla de Freitas
Bacillus thuringiensis
Plasmídeos
Bacillus cereus
Esporos bacterianos
Bacillus thuringiensis
Plasmids
Bacillus cereus
Bacterial spores
title_short Diversity and functional analysis of Rap-Phr systems from Bacillus cereus group
title_full Diversity and functional analysis of Rap-Phr systems from Bacillus cereus group
title_fullStr Diversity and functional analysis of Rap-Phr systems from Bacillus cereus group
title_full_unstemmed Diversity and functional analysis of Rap-Phr systems from Bacillus cereus group
title_sort Diversity and functional analysis of Rap-Phr systems from Bacillus cereus group
author Cardoso, Priscilla de Freitas
author_facet Cardoso, Priscilla de Freitas
author_role author
dc.contributor.banca.pt_BR.fl_str_mv Lereclus, Didier
Mahillon, Jacques
Pontes, Rose Gomes Monnerat Solon de
Slamti, Leyla
Fazion, Fernanda Aparecida Pires
Pereira, Luiz Filipe Protasio
dc.contributor.coadvisor.pt_BR.fl_str_mv Lereclus, Didier [Coorientador]
dc.contributor.author.fl_str_mv Cardoso, Priscilla de Freitas
dc.contributor.authorID.fl_str_mv d25514dc-5148-4745-84c5-8bdc8d0f778c
dc.contributor.advisor1ID.fl_str_mv 820932bb-fd27-4def-9a17-f851e7852070
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Vilas-Bôas, Gislayne Fernandes Lemes Trindade [Orientador]
contributor_str_mv Vilas-Bôas, Gislayne Fernandes Lemes Trindade [Orientador]
dc.subject.por.fl_str_mv Bacillus thuringiensis
Plasmídeos
Bacillus cereus
Esporos bacterianos
Bacillus thuringiensis
Plasmids
Bacillus cereus
Bacterial spores
topic Bacillus thuringiensis
Plasmídeos
Bacillus cereus
Esporos bacterianos
Bacillus thuringiensis
Plasmids
Bacillus cereus
Bacterial spores
description Resumo: O grupo Bacillus cereus é formado por oito espécies de bactérias Gram positivas esporulantes que podem colonizar diversos nichos ecológicos As espécies mais importantes do grupo são B cereus, bactéria ubíqua do solo e patógeno oportunista; B thuringiensis, entomopatógeno amplamente utilizado como biopesticida; e B anthracis, agente etiológico do antraz Embora apresentem fenótipos diferentes, essas espécies são próximas geneticamente e seus principais fatores de virulência são codificados por plasmídeos O ciclo infeccioso de B thuringiensis na larva de inseto é regulado pela ativação consecutiva de sistemas de quorum sensing da família RNPP Dentre eles, o sistema Rap-Phr foi amplamente estudado em B subtilis, porém apenas pontualmente explorado nas espécies do grupo B cereus Os sistemas Rap-Phr regulam vários processos fisiológicos bacterianos, inclusive a esporulação O objetivo deste estudo foi analisar os sistemas Rap-Phr no grupo B cereus, com intuito de conhecer sua distribuição, localização e diversidade a fim de obter um panorama desses sistemas neste grupo Além disso, o possível envolvimento desses sistemas no controle do processo de esporulação foi predito com base nos dados estruturais descritos para RapH de B subtilis Genes rap, sempre associados a um gene phr, estão presentes em todas as 49 linhagens estudadas com uma média de seis alelos rap-phr por linhagem e 3% dos sistemas estão localizados em plasmídeos As linhagens de B thuringiensis possuem seis vezes mais sistemas Rap-Phr plasmidiais do que as linhagens de B cereus Ademais, linhagens filogeneticamente próximas apresentam um perfil similar de genes rap-phr Um terço das proteínas Rap foram preditas como inibidoras da esporulação e estas proteínas estão preferencialmente localizadas em plasmídeos e, portanto, em linhagens de B thuringiensis A predição foi parcialmente validada por ensaios de esporulação sugerindo que os resíduos identificados pelo envolvimento na atividade de fosfatase em B subtilis são conservados no grupo B cereus, porém não são suficientes para predizer a função sobre a esporulação Em seguida, o sistema Rap63-Phr63 codificado pelo plasmídeo pAW63 da linhagem B thuringiensis HD73 foi caracterizado A proteína Rap inibe moderadamente a esporulação e retarda a expressão de genes regulados por SpoA Rap63 é inibida por seu peptídeo cognato Phr63, cuja forma madura corresponde à extremidade carboxi-terminal do pro-peptídeo Ensaios de esporulação em larvas de inseto sugerem uma atividade sinérgica dos sistemas Rap63-Phr63 e Rap8-Phr8 (do plasmídeo pHT8_1 da linhagem B thuringiensis HD73) sobre a esporulação Apesar da similaridade entre Phr63 e Phr8 não foi observado cross-talk entre os dois sistemas, confirmando sua especificidade Desta forma, o conjunto dos resultados demonstra a grande diversidade dos sistemas Rap-Phr no grupo B cereus e destaca o impacto de sistemas plasmidiais no desenvolvimento destas bactérias Consequentemente, reforça a importância dos plasmídeos na adaptação e sobrevivência dessas espécies, particularmente em B thuringiensis
publishDate 2024
dc.date.defesa.pt_BR.fl_str_mv 25.04.2019
dc.date.created.fl_str_mv 2019.00
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2024-05-01T15:17:07Z
dc.date.available.fl_str_mv 2024-05-01T15:17:07Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://repositorio.uel.br/handle/123456789/16945
url https://repositorio.uel.br/handle/123456789/16945
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.confidence.fl_str_mv -1
-1
dc.relation.coursedegree.pt_BR.fl_str_mv Doutorado
dc.relation.coursename.pt_BR.fl_str_mv Genética e Biologia Molecular
dc.relation.departament.pt_BR.fl_str_mv Centro de Ciências Biológicas
dc.relation.ppgname.pt_BR.fl_str_mv Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular
dc.relation.institutionname.pt_BR.fl_str_mv AgroParisTech (Paris, França)
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.coverage.spatial.pt_BR.fl_str_mv Londrina
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UEL
instname:Universidade Estadual de Londrina (UEL)
instacron:UEL
instname_str Universidade Estadual de Londrina (UEL)
instacron_str UEL
institution UEL
reponame_str Repositório Institucional da UEL
collection Repositório Institucional da UEL
bitstream.url.fl_str_mv https://repositorio.uel.br/bitstreams/8d280261-1aef-4600-bc4a-1111387ba4be/download
https://repositorio.uel.br/bitstreams/2426f8b8-2faa-4185-a9a0-484267adacac/download
https://repositorio.uel.br/bitstreams/71596934-4582-48a1-95c6-461e312edc98/download
https://repositorio.uel.br/bitstreams/11aa9cab-7ecd-4dab-899a-84083c9b6ef6/download
bitstream.checksum.fl_str_mv 1660a9c26b8dc2a034709e90a6cdff8f
753f376dfdbc064b559839be95ac5523
85a50fe35ae911144f808ce83562b9d9
988151d5ef3d59052be95b20f5ce48ae
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UEL - Universidade Estadual de Londrina (UEL)
repository.mail.fl_str_mv bcuel@uel.br||
_version_ 1862739719557742592