Identificação de miRNAs e seus alvos no genoma da soja com o uso de abordagens computacionais

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2024
Autor(a) principal: Silla, Paulo Roberto
Orientador(a): Camargo-Brunetto, Maria Angelica de Oliveira [Orientador]
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Não Informado pela instituição
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Inteligência artificial
Aplicações biológicas
Homologia (Biologia)
Soja
Artificial intelligence
Industrial applications
Homology (Biology)
Ribonucleic acid
Bioinformatics
Soybeans
Link de acesso: https://repositorio.uel.br/handle/123456789/11505
Resumo: Resumo: MicroRNAs (miRNAs) são pequenas moléculas de ácido ribonucléico que não codificam proteína (non-coding ribonucleic acid - ncRNA), descobertas no início dos anos 199, presentes em animais, plantas e vírus, as quais acreditava-se não possuir função no organismo Porém, recentemente, descobriu-se que os miRNAs possuem papel regulatório na expressão gênica a nível pós-transcricional, fato que despertou grande interesse na comunidade científica Na literatura, os trabalhos iniciais relacionados à identificação de miRNAs utilizavam técnicas experimentais Porém, devido à grande quantidade de dados disponíveis para análise, abordagens computacionais começaram a ser utilizadas, destacando-se a busca por homologia e o uso de aprendizagem de máquina (técnica conhecida como ab initio) Em relação à identificação de miRNAs na soja, a literatura apresenta o uso de técnicas experimentais e da busca por homologia Neste trabalho, foram identificadas na soja (Glycine max), três sequencias de pre-miRNAs de outras plantas através de buscas por homologia Também foi desenvolvido um classificador com o uso do algoritmo de Máquina de Vetor de Suporte (Support Vector Machine - SVM) voltado para a predição de miRNAs em plantas e otimizado com técnicas de computação paralela Este classificador foi utilizado a fim de investigar a existência de pre-miRNAs em 125 sequências retiradas dos íntrons da soja, resultando em 16 possíveis sequências de pre-miRNA
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SVM) voltado para a predição de miRNAs em plantas e otimizado com técnicas de computação paralela Este classificador foi utilizado a fim de investigar a existência de pre-miRNAs em 125 sequências retiradas dos íntrons da soja, resultando em 16 possíveis sequências de pre-miRNADissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Londrina, Centro de Ciências Exatas, Programa de Pós-Graduação em Ciência da ComputaçãoAbstract: MicroRNAs (miRNAs) are small ribonucleic acid molecules that do not encode proteins (noncodingribonucleic acid - ncRNA), discovered in early 199 MiRNAs are present in animals, plants and viruses, but it was believed that they had no role in organism However recently, itwas discovered that miRNAs have regulatory function in gene expression at post-transcriptionallevel, a fact which attracted great interest in the scientific community The initial works related to the identification of miRNAs used experimental techniques in this task But due to the large amount of data available for analysis, computational approaches began to be used, emphasizing the search for homology and the use of machine learning (a technique known asab initio) In relation the identification of miRNAs in soybean, the literature presents the use of experimental techniques and the search for homology In this work, have been identified in soybean (Glycine max), three pre-miRNAs sequences from other plants using the search for homology Also, a pre-miRNA classifier was developed using the algorithm of Support Vector Machine - SVM, directed to the prediction of miRNAs in plants and optimized with parallel computing techniques This classifier was used to investigate the existence of pre-miRNAs in 125 sequences extracted from soybean introns, resulting in 16 possible pre-miRNA sequencesporInteligência artificialInteligência artificialAplicações biológicasHomologia (Biologia)SojaArtificial intelligenceIndustrial applicationsHomology (Biology)Ribonucleic acidBioinformaticsSoybeansArtificial intelligenceIdentificação de miRNAs e seus alvos no genoma da soja com o uso de abordagens computacionaisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisMestradoCiência da ComputaçãoCentro de Ciências ExatasPrograma de Pós-Graduação em Ciência da Computação-1-1reponame:Repositório Institucional da UELinstname:Universidade Estadual de Londrina (UEL)instacron:UELinfo:eu-repo/semantics/openAccess130117vtls000165066SIMvtls000165066http://www.bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls00016506664.00SIMhttp://www.bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls0001650661873.pdf123456789/5002 - 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