Caracterização das interações moleculares envolvidas na transição da PrPc para PrPsc, e na formação de seus agregados por meio de dinâmica molecular e modos normais

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2015
Autor(a) principal: Lima, Angélica Nakagawa
Orientador(a): Scott, Luis Paulo Barbour
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Tese
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade Federal do ABC
Programa de Pós-Graduação: Programa de Pós-Graduação em Biossistemas
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Link de acesso: http://biblioteca.ufabc.edu.br/index.php?codigo_sophia=100855&midiaext=72204
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Resumo: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nivel Superior
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spelling info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisCaracterização das interações moleculares envolvidas na transição da PrPc para PrPsc, e na formação de seus agregados por meio de dinâmica molecular e modos normais2015-03-26Scott, Luis Paulo BarbourLima, Angélica NakagawaUniversidade Federal do ABCPrograma de Pós-Graduação em BiossistemasUFABCporPRPROTEPROTEDINÂMICA MOLECULARMOLECULAR DYNAMICSPROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM BIOTECNOCIÊNCIA - UFABCCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nivel SuperiorMecanismos biologicos envolvidos nas fibras amiloides e sua agregacao ainda sao um dos topicos mais investigados cientificamente. As prions estao entre estas proteinas que agregam-se sob certas condicoes. Estas proteinas adotam duas diferentes formas: i) a forma celular (PrPC) e ii) a forma infecciosa denominada scrapie (PrPSc) que possui propensao a agregacao. Na forma infecciosa, essa proteina pode causar diversas doencas tais como a encefalopatia espongi-forme bovina, doenca de Creutzfeldt-Jakob e doenca de Gerstmann-Straussler-Scheinker. As PrPC e PrPSc sao diferentes com relacao as estruturas secundarias e terciarias. A PrPC contem um numero menor de folha-¿À quando comparada a PrPSc. Nenhuma estrutura da PrPSc foi resolvida ate o presente momento e, alem disso, o mecanismo molecular da transicao entre a PrPC e PrPSc e o processo de agregacao da forma scrapie nao sao bem compreendidos apesar dos numerosos estudos realizados nesta area. Neste trabalho, foi aplicada uma nova metodologia de simulacao recentemente desenvolvida que permite promover grandes mudancas estruturais, nomeada como MDeNM (Molecular Dynamics with excited Normal Modes), com o objetivo de investigar e compreender a transicao conformacional entre a PrPC e PrPSc. Este metodo combina modos normais e dinamica molecular, a partir de movimentos coletivos ativados cineticamente que devem contribuir para um novo rearranjo estrutural dificilmente alcancado por simulacoes de dinamica molecular tradicional. Alem disso, estudos termodinamicos foram realizados com o modelo baseado em estrutura (SBM), que caracteriza as transicoes energeticas. Os resultados do SBM mostraram que as estruturas geradas por MDeNM podem corresponder a via de transicao entre a conformacao nao-infecciosa e a desnovelada. A combinacao de MDeNM e SBM mostrou-se util para extrair informacoes estruturais e energeticas relacionadas a conversao da prion para as formas infecciosas. Os resultados mostraram um aumento significativo na formacao da folha-¿À sob condicoes de baixo pH e considerando a PrP na forma trimerica e tambem em agregados. Estas simulacoes permitiram a caracterizacao de estados intermediarios na transicao da PrPC para a PrPSc, e a proposicao um mecanismo de conversao da PrPC para PrPSc. Estudos iniciais relacionados aos mutantes da prion e o modelo Coarse-Grained tambem foram realizados neste trabalho.http://biblioteca.ufabc.edu.br/index.php?codigo_sophia=100855&midiaext=72204http://biblioteca.ufabc.edu.br/index.php?codigo_sophia=100855&midiaext=72204/index.php?codigo_sophia=100855&midiaext=72203application/pdfapplication/pdfreponame:Repositório Institucional da UFABCinstname:Universidade Federal do ABC (UFABC)instacron:UFABCinfo:eu-repo/semantics/openAccess2025-04-02T21:36:15Zoai:BDTD:100855Repositório InstitucionalPUBhttp://www.biblioteca.ufabc.edu.br/oai/oai.phpopendoar:2025-04-04T23:52:06.533966Repositório Institucional da UFABC - Universidade Federal do ABC (UFABC)false
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