Comparação de métodos de priorização de genes associados a transtornos do neurodesenvolvimento - Feltrin, Arthur Sant'Anna (2016)
A biologia sistêmica é um campo de pesquisa interdisciplinar que estuda as complexas interações que ocorrem entre os componentes biológicos de um organismo vivo com o objetivo de entender o seu comportamento, o qual emerge a partir dessas interações. Essas interações compõem uma rede altamente complexa, cujos interagentes podem ser de diversas naturezas. Nesse contexto, as doenças complexas são caracterizadas justamente por serem poligênicas e multifatoriais, ou seja, a gênese e o desenvolvimento dessas doenças são uma consequência da interação conjunta de diversos fatores, incluindo não apenas genes, proteínas e outras moléculas, como também fatores epigenéticos e ambientais. No entanto, diferentes métodos de priorização gênica apresentam resultados (listas de genes) com baixa convergência. Assim, a comparação desses métodos é uma questão crucial. Os objetivos principais da presente dissertação foram a realização de uma extensa revisão da literatura em relação às técnicas de priorização de genes associados a doenças complexas e a comparação de algumas dessas técnicas. Foram selecionadas duas ferramentas: o WGCNA (Weighted Gene Correlation Network Analysis) e o NERI (Network-Medicine Relative Importance), ambos métodos que baseiam-se em teoria de redes complexas e co-expressão para priorização gênica, sendo que o NERI tem o diferencial de modelar as hipóteses da Network Medicine para priorização com base na integração de dados de expressão, de redes de interação proteína-proteína (PPI) e de estudos de associação. Para comparação dos resultados, foram utilizados três bancos de dados de expressão gênica relacionados a esquizofrenia. Como previsto, devido ao diferencial de integração de dados proposto pelo NERI, tal técnica resultou em listas de genes com replicação superior à obtida pelo WGCNA para os três bancos de dados em questão. Além disso a interseção entre as listas de genes priorizados de cada metodologia foi baixa, com poucos genes sendo compartilhados pelos resultados dos dois métodos. Ambas metodologias selecionaram genes com relevância biológica relacionada a esquizofrenia, incluindo grupos de genes relacionados a atividade do sistema imune (infecções, estresse), atividade do Sistema Nervoso Central (atividade sináptica, crescimento axonal) e também de embriogênese. Baseando-se nesses resultados, conclui-se que a análise de redes e a integração de dados biológicos são fundamentais para uma ferramenta apresentar resultados promissores, sobretudo no âmbito da descoberta de novos genes e suas redes de interação biológica que seriam possivelmente desconhecidas se fosse realizada apenas a análise individual de cada tipo de dado biológico disponível.