Aplicação e validação de metodologia para identificação e caracterização molecular de vírus associado à Atrofia da Coroa do Coqueiro. - FARIAS, Henriqueta Monalisa. (2022)
No Brasil, o coqueiro é uma cultura de grande importância econômica. O país é o principal produtor mundial de água de coco e quinto maior produtor mundial de frutos do coqueiro. Assim como acontece em outras culturas, o coco também é suscetível a pragas e problemas fitossanitários que podem prejudicar seu cultivo. A atrofia da coroa do coqueiro (ACC), é uma doença que teve seu primeiro caso registrado em 2012 no Brasil. O nome da doença é devido a sintomatologia causada nas plantas, podendo ocasionar aborto dos frutos, necrose, assim como o encurtamento foliar. Somado a isso, a grande problemática em torno da atrofia da coroa do coqueiro está na falta de informações relacionadas a sua etiologia bem como possíveis vetores transmissores. Por meio de um sequenciamento de nova geração de amostras de coqueiros apresentando sintomas da doença, foi identificado um DNA-Rep semelhante a DNA-Reps associados a vírus membros da família Nanoviridae. Nesse contexto, o presente trabalho teve como objetivo principal, descrever e validar uma metodologia de identificação de um possível vírus multipartido associado a atrofia da coroa do coqueiro (coconut crown atrophy virus - CCAV) a partir de primers permitindo acesso a diversidade molecular viral fazendo uso de sequenciamento nanopore. Para isso, foram utilizadas amostras de coqueiro de cinco estados do Brasil, apresentando ou não sintomas da doença. Com base na sequência da região comum maior (CR-M) de componentes do CCAV previamente clonados e sequenciados, foram desenhados pares de primers para amplificar todos os componentes genômicos do CCAV em uma reação de PCR inverso multiplex. Posteriormente, foi realizado o sequenciamento dos amplicons obtidos no sequenciador MinION Mk1B (Oxford Nanopore Technologies). Os primers CR1-Mix utilizados em PCR multiplex se mostraram eficientes no acesso a diversidade genética evidenciando sete componentes genómicos (DNA-1, 2, 3, 4, 5, 6 e 7) dos isolados de coconut crown atrophy virus (CCAV),especialmente dos isolados coletados nos estados do Pará. A PCR multiplex associada ao sequenciamento nanopore mostrou-se como uma ferramente rápida, eficaz e assertiva para caracterização molecular do CCAV frente a outras técnicas de clonagem e sequenciamento. Por fim, os estudos filogenéticos sugerem que o CCAV é um membro de um novo táxon podendo representar um novo gênero da família Nanoviridae ou um membro de uma nova família de vírus de genoma de ssDNA de plantas.