Resistência Primária aos Antirretrovirais e Mapeamento Genético do HIV-1 no Estado do Mato Grosso

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2011
Autor(a) principal: FERREIRA, Adriana Santarém lattes
Orientador(a): STEFANI, Mariane Martins de Araújo lattes
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade Federal de Goiás
Programa de Pós-Graduação: Mestrado em Ciências da Saúde
Departamento: Ciências da Saúde - Medicina
País: BR
Palavras-chave em Português:
Palavras-chave em Inglês:
Área do conhecimento CNPq:
Link de acesso: http://repositorio.bc.ufg.br/tede/handle/tde/1722
Resumo: The antiretroviral therapy (ART) has reduced morbidity and mortality related to human immunodeficiency virus (HIV) infection. In spite of this advance, the antiretroviral resistance mutations and viral genetic diversity remain the main obstacles in the fight against AIDS. The resistance pattern of HIV-1 to antiretrovirals can be evaluated by resistance tests, specially the genotype testing that allows detection of mutations in the viral genome. This study describes the prevalence of primary HIV-1 drug resistance and subtypes circulating in Mato Grosso, Central West Brazil. Plasma samples from 105 naive patients were colleted during the years 2008 and 2009 to perform the viral resistance genotyping at Tropical Pathology and Public Health Institute, Federal University of Goiás. Protease (PR) and partial reverse transcriptase (RT) were amplified and sequenced from plasma RNA. HIV-1 pol subtypes were assigned by phylogenetic analysis through Los Alamos Database. ARV resistance mutations were analyzed by Stanford University Database and International AIDS Society. Ninety two of the 105 samples had their RNA amplified, 5 (5,43%) of them harboring a resistant strain. Nucleoside reverse-transcriptase inhibitors, nonnucleoside reverse-transcriptase inhibitors and protease inhibitors associed mutations were present in 3 (3,26%), 1(1,08%) and 1(1,08%) samples respectively. Reverse transcriptase gene mutations were observed at códons 219 (K219E), 67 (D67N) e 103 (K103N). Protease gene mutation was observed at códon 90 (L90M). This study revealed that the main mutations are related to reversetranscriptase inhibitors, mainly INTR, reflecting the widespread use of reversetranscriptase inhibitors in the initiation of antiretroviral therapy. Moreover, shows the wide genetic diversity with a significant proportion of distinct BF1 recombinants and the co-circulation of subtypes B, F1 and C in Central West Brazil.
id UFG-2_90541104f459f37a0bf6b43b7c54225b
oai_identifier_str oai:repositorio.bc.ufg.br:tde/1722
network_acronym_str UFG-2
network_name_str Repositório Institucional da UFG
repository_id_str
spelling STEFANI, Mariane Martins de Araújohttp://lattes.cnpq.br/5581414958714905http://lattes.cnpq.br/3192911878916274FERREIRA, Adriana Santarém2014-07-29T15:29:09Z2011-06-222011-03-11FERREIRA, Adriana Santarém. Primary Antiretroviral Resistance and High HIV-1 Genetic Diversity in Patients from Mato Grosso State, Central West Brazil. 2011. 98 f. Dissertação (Mestrado em Ciências da Saúde - Medicina) - Universidade Federal de Goiás, Goiânia, 2011.http://repositorio.bc.ufg.br/tede/handle/tde/1722The antiretroviral therapy (ART) has reduced morbidity and mortality related to human immunodeficiency virus (HIV) infection. In spite of this advance, the antiretroviral resistance mutations and viral genetic diversity remain the main obstacles in the fight against AIDS. The resistance pattern of HIV-1 to antiretrovirals can be evaluated by resistance tests, specially the genotype testing that allows detection of mutations in the viral genome. This study describes the prevalence of primary HIV-1 drug resistance and subtypes circulating in Mato Grosso, Central West Brazil. Plasma samples from 105 naive patients were colleted during the years 2008 and 2009 to perform the viral resistance genotyping at Tropical Pathology and Public Health Institute, Federal University of Goiás. Protease (PR) and partial reverse transcriptase (RT) were amplified and sequenced from plasma RNA. HIV-1 pol subtypes were assigned by phylogenetic analysis through Los Alamos Database. ARV resistance mutations were analyzed by Stanford University Database and International AIDS Society. Ninety two of the 105 samples had their RNA amplified, 5 (5,43%) of them harboring a resistant strain. Nucleoside reverse-transcriptase inhibitors, nonnucleoside reverse-transcriptase inhibitors and protease inhibitors associed mutations were present in 3 (3,26%), 1(1,08%) and 1(1,08%) samples respectively. Reverse transcriptase gene mutations were observed at códons 219 (K219E), 67 (D67N) e 103 (K103N). Protease gene mutation was observed at códon 90 (L90M). This study revealed that the main mutations are related to reversetranscriptase inhibitors, mainly INTR, reflecting the widespread use of reversetranscriptase inhibitors in the initiation of antiretroviral therapy. Moreover, shows the wide genetic diversity with a significant proportion of distinct BF1 recombinants and the co-circulation of subtypes B, F1 and C in Central West Brazil.O uso de antirretrovirais (ARVs) reduziu a morbi-mortalidade relacionada à infecção pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV). Apesar deste avanço, as mutações de resistência aos antirretrovirais e a diversidade genética do HIV-1 permanecem os principais obstáculos na luta contra a AIDS. O padrão de resistência do HIV-1 aos ARVs pode ser determinado através de testes de resistência, especialmente a genotipagem que permite a detecção de mutações do genoma viral. Este estudo descreve a prevalência de resistência primária às drogas antirretrovirais e subtipos circulantes no Estado de Mato Grosso, no centro-oeste brasileiro. Foram colhidas 105 amostras de plasma de pacientes infectados com HIV-1, virgens de tratamento, durante o período de outubro de 2008 a setembro de 2009 para a realização do teste de resistência genotípica no Instituto de Patologia Tropical e Saúde Pública da Universidade Federal de Goiás. A protease e fragmento da transcriptase reversa do HIV-1 foram amplificados e seqüenciados a partir do RNA plasmático. Os subtipos do gene pol do HIV-1 foram avaliados por análise filogenética por meio do banco de dados de Los Alamos. As mutações de resistência aos ARVs foram analisadas pelo banco de dados da Universidade de Stanford e International AIDS Society. Dos 105 pacientes, 92 tiveram o RNA do HIV-1 amplificado e seqüenciado, sendo que 5 (5,43%) apresentaram cepas resistentes. Entre os 5 pacientes com resistência, 3 (3,26%) apresentavam mutações para os inibidores da transcriptase reversa análogos ao nucleosideo, 1(1,08%) para os inibidores da transcriptase reversa não análogos ao nucleosideo e 1 (1,08%) para os inibidores da protease. As mutações no gene da transcriptase reversa foram observadas nos códons 219 (K219E), 67 (D67N) e 103 (K103N). A mutação no gene da protease foi observada no códon 90 (L90M). Este estudo revelou que as principais mutações encontradas estão relacionadas aos inibidores da transcriptase reversa, principalmente INTR, refletindo o amplo uso de inibidores da transcriptase reversa no início da terapia antirretroviral. Além disso, mostra a grande diversidade genética com significativa proporção de recombinantes BF1 e a co-circulação de subtipos B, F1 e C no centro-oeste brasileiro.application/pdfhttp://repositorio.bc.ufg.br/TEDE/retrieve/4569/dissertacao%20adriana%20santarem%20ferreira.pdf.jpgporUniversidade Federal de GoiásMestrado em Ciências da SaúdeUFGBRCiências da Saúde - MedicinaResistência Primária ao HIV-1subtiposBrasilHIV-1 primary drug resistancesubtypesBrazilCNPQ::CIENCIAS DA SAUDEResistência Primária aos Antirretrovirais e Mapeamento Genético do HIV-1 no Estado do Mato GrossoPrimary Antiretroviral Resistance and High HIV-1 Genetic Diversity in Patients from Mato Grosso State, Central West Brazilinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFGinstname:Universidade Federal de Goiás (UFG)instacron:UFGORIGINALdissertacao adriana santarem ferreira.pdfapplication/pdf1923903http://repositorio.bc.ufg.br/tede/bitstreams/37c0a523-6b3f-4431-a63d-893f4e43858f/downloadfe2d53ac48a0f70b931e84fbecdbf60cMD51THUMBNAILdissertacao adriana santarem ferreira.pdf.jpgdissertacao adriana santarem ferreira.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg3568http://repositorio.bc.ufg.br/tede/bitstreams/25f6fdf6-fd40-4684-a3c5-03fa65e8f7ea/downloadc85462c66f9cfa74fb2ebad51f40e38fMD52tde/17222014-07-30 03:14:59.237open.accessoai:repositorio.bc.ufg.br:tde/1722http://repositorio.bc.ufg.br/tedeRepositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.bc.ufg.br/tedeserver/oai/requestgrt.bc@ufg.bropendoar:oai:repositorio.bc.ufg.br:tede/12342014-07-30T06:14:59Repositório Institucional da UFG - Universidade Federal de Goiás (UFG)false
dc.title.por.fl_str_mv Resistência Primária aos Antirretrovirais e Mapeamento Genético do HIV-1 no Estado do Mato Grosso
dc.title.alternative.eng.fl_str_mv Primary Antiretroviral Resistance and High HIV-1 Genetic Diversity in Patients from Mato Grosso State, Central West Brazil
title Resistência Primária aos Antirretrovirais e Mapeamento Genético do HIV-1 no Estado do Mato Grosso
spellingShingle Resistência Primária aos Antirretrovirais e Mapeamento Genético do HIV-1 no Estado do Mato Grosso
FERREIRA, Adriana Santarém
Resistência Primária ao HIV-1
subtipos
Brasil
HIV-1 primary drug resistance
subtypes
Brazil
CNPQ::CIENCIAS DA SAUDE
title_short Resistência Primária aos Antirretrovirais e Mapeamento Genético do HIV-1 no Estado do Mato Grosso
title_full Resistência Primária aos Antirretrovirais e Mapeamento Genético do HIV-1 no Estado do Mato Grosso
title_fullStr Resistência Primária aos Antirretrovirais e Mapeamento Genético do HIV-1 no Estado do Mato Grosso
title_full_unstemmed Resistência Primária aos Antirretrovirais e Mapeamento Genético do HIV-1 no Estado do Mato Grosso
title_sort Resistência Primária aos Antirretrovirais e Mapeamento Genético do HIV-1 no Estado do Mato Grosso
author FERREIRA, Adriana Santarém
author_facet FERREIRA, Adriana Santarém
author_role author
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv STEFANI, Mariane Martins de Araújo
dc.contributor.advisor1Lattes.fl_str_mv http://lattes.cnpq.br/5581414958714905
dc.contributor.authorLattes.fl_str_mv http://lattes.cnpq.br/3192911878916274
dc.contributor.author.fl_str_mv FERREIRA, Adriana Santarém
contributor_str_mv STEFANI, Mariane Martins de Araújo
dc.subject.por.fl_str_mv Resistência Primária ao HIV-1
subtipos
Brasil
topic Resistência Primária ao HIV-1
subtipos
Brasil
HIV-1 primary drug resistance
subtypes
Brazil
CNPQ::CIENCIAS DA SAUDE
dc.subject.eng.fl_str_mv HIV-1 primary drug resistance
subtypes
Brazil
dc.subject.cnpq.fl_str_mv CNPQ::CIENCIAS DA SAUDE
description The antiretroviral therapy (ART) has reduced morbidity and mortality related to human immunodeficiency virus (HIV) infection. In spite of this advance, the antiretroviral resistance mutations and viral genetic diversity remain the main obstacles in the fight against AIDS. The resistance pattern of HIV-1 to antiretrovirals can be evaluated by resistance tests, specially the genotype testing that allows detection of mutations in the viral genome. This study describes the prevalence of primary HIV-1 drug resistance and subtypes circulating in Mato Grosso, Central West Brazil. Plasma samples from 105 naive patients were colleted during the years 2008 and 2009 to perform the viral resistance genotyping at Tropical Pathology and Public Health Institute, Federal University of Goiás. Protease (PR) and partial reverse transcriptase (RT) were amplified and sequenced from plasma RNA. HIV-1 pol subtypes were assigned by phylogenetic analysis through Los Alamos Database. ARV resistance mutations were analyzed by Stanford University Database and International AIDS Society. Ninety two of the 105 samples had their RNA amplified, 5 (5,43%) of them harboring a resistant strain. Nucleoside reverse-transcriptase inhibitors, nonnucleoside reverse-transcriptase inhibitors and protease inhibitors associed mutations were present in 3 (3,26%), 1(1,08%) and 1(1,08%) samples respectively. Reverse transcriptase gene mutations were observed at códons 219 (K219E), 67 (D67N) e 103 (K103N). Protease gene mutation was observed at códon 90 (L90M). This study revealed that the main mutations are related to reversetranscriptase inhibitors, mainly INTR, reflecting the widespread use of reversetranscriptase inhibitors in the initiation of antiretroviral therapy. Moreover, shows the wide genetic diversity with a significant proportion of distinct BF1 recombinants and the co-circulation of subtypes B, F1 and C in Central West Brazil.
publishDate 2011
dc.date.available.fl_str_mv 2011-06-22
dc.date.issued.fl_str_mv 2011-03-11
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2014-07-29T15:29:09Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.citation.fl_str_mv FERREIRA, Adriana Santarém. Primary Antiretroviral Resistance and High HIV-1 Genetic Diversity in Patients from Mato Grosso State, Central West Brazil. 2011. 98 f. Dissertação (Mestrado em Ciências da Saúde - Medicina) - Universidade Federal de Goiás, Goiânia, 2011.
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://repositorio.bc.ufg.br/tede/handle/tde/1722
identifier_str_mv FERREIRA, Adriana Santarém. Primary Antiretroviral Resistance and High HIV-1 Genetic Diversity in Patients from Mato Grosso State, Central West Brazil. 2011. 98 f. Dissertação (Mestrado em Ciências da Saúde - Medicina) - Universidade Federal de Goiás, Goiânia, 2011.
url http://repositorio.bc.ufg.br/tede/handle/tde/1722
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Universidade Federal de Goiás
dc.publisher.program.fl_str_mv Mestrado em Ciências da Saúde
dc.publisher.initials.fl_str_mv UFG
dc.publisher.country.fl_str_mv BR
dc.publisher.department.fl_str_mv Ciências da Saúde - Medicina
publisher.none.fl_str_mv Universidade Federal de Goiás
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UFG
instname:Universidade Federal de Goiás (UFG)
instacron:UFG
instname_str Universidade Federal de Goiás (UFG)
instacron_str UFG
institution UFG
reponame_str Repositório Institucional da UFG
collection Repositório Institucional da UFG
bitstream.url.fl_str_mv http://repositorio.bc.ufg.br/tede/bitstreams/37c0a523-6b3f-4431-a63d-893f4e43858f/download
http://repositorio.bc.ufg.br/tede/bitstreams/25f6fdf6-fd40-4684-a3c5-03fa65e8f7ea/download
bitstream.checksum.fl_str_mv fe2d53ac48a0f70b931e84fbecdbf60c
c85462c66f9cfa74fb2ebad51f40e38f
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UFG - Universidade Federal de Goiás (UFG)
repository.mail.fl_str_mv grt.bc@ufg.br
_version_ 1861293823771017216