Single-step genome-wide association study for carcass quality traits in angus beef cattle - Pinto, Karine Daenquele Silva (2024)
A identificação de regiões genômicas e genes que influenciam as características de qualidade da carcaça é importante para melhorar a seleção de bovinos de corte. Dentro deste contexto, o objetivo deste estudo foi identificar regiões genômicas e possíveis genes candidatos associados à área de olho de lombo (AOL), marmoreio (MARM), espessura de gordura subcutânea (EGS) e espessura de gordura na garupa (EGPS) em bovinos da raça Angus. O arquivo de pedigree continha dados de 2.446 animais sendo que um total de 1.391 animais foram genotipados com o GGP Bovine 150K (Illumina). O estudo de associação genômica ampla (ssGWAS) foi realizado para estimar os efeitos e variações dos SNPs contabilizados pelas janelas subjacentes de 10-SNPs. Foram identificadas 23, 23, 22 e 31 janelas genômicas que explicaram mais de 0,5% da variância genética aditiva para AOL, MARM, EGS e EGP8, respectivamente, o que confirma a natureza poligênica das características. Um total de 66, 56, 36 e 105 genes codificadores de proteínas foram encontrados em janelas associadas a AOL, MARM, EGS e EGP8, respectivamente. Vários genes codificadores de proteínas foram identificados nessas regiões genômicas, como SIRT6, CREB3L3, HNRNPH1, RUFY, EEF2, NMRK2, FDS1, CTNNA2, MAMSTR, PCCB, GALNT13, CTNNA3, EPHB2, PLA2G4E, APOD, RPL9, AGAP1, MFSD2A, FAM13A, DDHD1, CAST, CISD1, PLA2G1B, DROSHA, CDH6, FAM83A, SPHK2 e NEIL3, os quais foram destacados de acordo com suas funções. A análise de enriquecimento funcional foi realizada com a ferramenta DAVID também revelou várias vias metabólicas KEGG significativas (p<0,05) e termos Ontologia Gênica, como a ligação específica à sequência da região reguladora da transcrição da RNA polimerase II (GO:0001228), processo catabólico de glicerofosfolipídeo (GO:0046475), processo catabólico de fosfolipídio (GO:0009395) e processo catabólico lipídico (GO:0016042). Estes resultados contribuem para melhorar o conhecimento da arquitetura genética das características de qualidade de carcaça em bovinos de corte Angus e podem contribuir para avaliações genéticas.