PipeMIRSEQ: pipeline integrativo para análises de expressão diferencial em dados de MIRNA-SEQ de plantas
Ano de defesa: | 2017 |
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Autor(a) principal: | |
Orientador(a): | |
Banca de defesa: | |
Tipo de documento: | Dissertação |
Tipo de acesso: | Acesso aberto |
Idioma: | por |
Instituição de defesa: |
Universidade Federal de Lavras
Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia Vegetal UFLA brasil Não especifica vinculação com nenhum departamento |
Programa de Pós-Graduação: |
Não Informado pela instituição
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Departamento: |
Não Informado pela instituição
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País: |
Não Informado pela instituição
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Palavras-chave em Português: | |
Link de acesso: | http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/34329 |
Resumo: | Computational techniques have been highly used in the recent years to mitigate biological issues. Currently, many studies of non-coding RNAs (ncRNAs) using bioinformatics have been presented. The miRNAs are one of the ncRNAs classes and the use of bioinformatics is crucial for a rapid, cost-effective and reliable solution for analysis of these molecules, for instance, prediction of the precursors, mature, and target sequences; and expression analysis. For expression analysis, the use of tool s, platforms, and pipelines has been essential to analyze large -scale miRNA-seq data. However, there are few aiming at the analysis of plant miRNAseq. The aim of this work was to develop a pipeli ne (pipeMIRSEQ) to assist in an efficient and reliable way to all the data analysis steps comprised within miRNAseq. The implementation was separated in modules: quality analysis, using four kinds of tools; mapping of the reads, comparing three different aligners; quantification, considering the homolog miRNA families; differential expression, using two packages for calculation; and, at last, a review step, aiming at synthesizing all the information from each step. To validate the pipeline a reduced miRNA-seq dataset from coffee (Coffea arabica L.) was used. It was possible to observe that the pipeMIRSEQ could analyze all the dataset, presenting results comparable to the literature, and, therefore, achieving its aims. At last, improvements for the pipeline regarding both computational and biological aspects are discussed. |
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PipeMIRSEQ: pipeline integrativo para análises de expressão diferencial em dados de MIRNA-SEQ de plantasBioinformáticaMicroRNAsExpressão gênicaBioinformaticsGene expressionCiências BiológicasComputational techniques have been highly used in the recent years to mitigate biological issues. Currently, many studies of non-coding RNAs (ncRNAs) using bioinformatics have been presented. The miRNAs are one of the ncRNAs classes and the use of bioinformatics is crucial for a rapid, cost-effective and reliable solution for analysis of these molecules, for instance, prediction of the precursors, mature, and target sequences; and expression analysis. For expression analysis, the use of tool s, platforms, and pipelines has been essential to analyze large -scale miRNA-seq data. However, there are few aiming at the analysis of plant miRNAseq. The aim of this work was to develop a pipeli ne (pipeMIRSEQ) to assist in an efficient and reliable way to all the data analysis steps comprised within miRNAseq. The implementation was separated in modules: quality analysis, using four kinds of tools; mapping of the reads, comparing three different aligners; quantification, considering the homolog miRNA families; differential expression, using two packages for calculation; and, at last, a review step, aiming at synthesizing all the information from each step. To validate the pipeline a reduced miRNA-seq dataset from coffee (Coffea arabica L.) was used. It was possible to observe that the pipeMIRSEQ could analyze all the dataset, presenting results comparable to the literature, and, therefore, achieving its aims. At last, improvements for the pipeline regarding both computational and biological aspects are discussed.Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais (FAPEMIG)Técnicas computacionais para solucionar problemas biológicos vêm sendo altamente empregadas nos últimos anos. Atualmente, vários estudos de RNAs não-codantes utilizando a bioinformática estão sendo realizados. Os miRNAs são uma das grandes classes de non-coding RNA (ncRNA), e a utilização da bioinformática é um ponto crucial para a solução rápida, econômica e confiável para análises dos mesmos, como, predição de precursores, de miRNAs maduros, de alvos e análise de expressão. Para análise de expressão, a utilização de ferramentas, plataformas e pipelines computacionais é essencial para analisar os dados de sequenciamento em larga escala de miRNAs. Porém, as inciativas de análise de miRNA-seq de origem vegetal são poucas. O objetivo do presente trabalho foi desenvolver um pipeline (pipeMIRSEQ) que auxilie de forma eficiente e confiável todas as etapas da análise de dados provenientes do miRNAseq. A implementação do mesmo foi separada em módulos: análise de qualidade, utilizando quatro tipos de ferramentas; mapeamento dos reads, comparando três tipos de diferentes alinhadores; quantificação, levando em consideração as famílias de miRNAs homólogos; diferença de expressão, utilizando dois tipos de pacotes para cálculos, e pôr fim a etapa de review, com o objetivo de sintetizar todas as informações retiradas em cada etapa. Para a validação do pipeline foi utilizado uma base de dados reduzida de miRNA-seq de café (Coffea arábica L.). Foi possível observar que o pipeMIRSEQ conseguiu analisar toda a base de dados, apresentando resultados condizentes com a literatura, e alcançando assim seus objetivos. Por fim, foram abordados temas de melhorias do pipeline tanto em questões computacionais quanto em questões biológicas.Universidade Federal de LavrasPrograma de Pós-Graduação em Biotecnologia VegetalUFLAbrasilNão especifica vinculação com nenhum departamentoChalfun Júnior, AntonioGomes, Matheus de SouzaChalfun Júnior, AntonioGomes, Matheus de SouzaAmaral, Laurence Rodrigues doRezende, Pâmela Marinho2019-05-21T17:38:27Z2019-05-21T17:38:27Z2019-05-212017-02-24info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfREZENDE, P. M. PipeMIRSEQ: pipeline integrativo para análises de expressão diferencial em dados de MIRNA-SEQ de plantas. 2019. 90 p. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia Vegetal) – Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2019.http://repositorio.ufla.br/jspui/handle/1/34329porinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFLAinstname:Universidade Federal de Lavras (UFLA)instacron:UFLA2019-05-21T17:38:28Zoai:localhost:1/34329Repositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.ufla.br/oai/requestnivaldo@ufla.br || repositorio.biblioteca@ufla.bropendoar:2019-05-21T17:38:28Repositório Institucional da UFLA - Universidade Federal de Lavras (UFLA)false |
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