Comparação Sequência-Família em GPU - Araújo Neto, Alcides Carneiro de (2014)
Durante as últimas décadas o volume de informações biológicas em algumas bases de dados cresceu em um ritmo quase exponencial. Ferramentas como o HMMER podem encontrar sequências biológicas homólogas a uma família de sequências modelada estatisticamente por um profile HMM utilizando o algoritmo de Viterbi. Dada a complexidade quadrática desse algoritmo, esse procedimento pode consumir longos tempos de execução dependendo da quantidade de sequências, do tamanho do profile HMM e do hardware utilizado. Esse trabalho descreve o desenvolvimento de uma solução em GPU, de alto desempenho, para o problema de determinar se uma nova sequência biológica é homóloga a uma família de sequências conhecida. A solução implementada alcançou desempenho compatível ou superior ao HMMER.