Desenvolvimento de ferramentas para elaboração de um banco de dados e análise da expressão de fatores de transcrição de soja (Glycine max) responsivos à ferrugem asiática.
Ano de defesa: | 2010 |
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Tipo de documento: | Dissertação |
Tipo de acesso: | Acesso aberto |
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Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia. Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas, Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós Graduação, Universidade Federal de Ouro Preto.
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Link de acesso: | http://www.repositorio.ufop.br/handle/123456789/3066 |
Resumo: | Plantas infectadas com o fungo Phakopsora pachyrhizi, causador da doença ferrugem asiática, sofrem desfolhamento precoce acarretando grandes prejuízos para o agricultor. As formas de manejo da doença atualmente abrangem o vazio sanitário, o controle químico e utilização de cultivares resistentes. Como não existe um cultivar comercial imune os gastos com prevenção e manejo são muito elevados. Dentro deste contexto, o presente trabalho busca selecionar novos genes alvo para o desenvolvimento de um cultivar imune à doença, focando nos fatores de transcrição. Três bancos de dados de fatores de transcrição - SoybeanTFDB e o SoyDB, já existentes, e um desenvolvido neste trabalho (LBM) - foram comparados para a criação de um banco consenso, e dois softwares (BRa e Venn Diagram For Proteins) foram desenvolvidos para a sua construção (SoyLBM). O banco consenso SoyLBM abrange todas as sequências não redundantes dos três bancos possuindo 7202 sequências, 7,46% a mais do que o banco SoyDB e 30,09% a mais que o banco SoybeanTFDB. Após a criação do banco de dados foram identificados dezesseis genes candidatos a serem fatores de transcrição responsivos à ferrugem. Dentre eles, quatro tiveram sua expressão analisada por PCR em tempo real, em dois cultivares diferentes durante a infecção pelo fungo Phakopsora pachyrhizi. Dentre os genes analisados o fator MBF1B teve sua expressão aumentada em resposta à infecção, mas não apresentou diferença significativa de expressão entre os cultivares suscetível e resistente sugerindo que esteja ligado a uma resposta mais geral da planta a infecções. Os genes bZIPB, WRKYA e WRKYC mostraram aumento da expressão tardia no cultivar resistente em relação ao cultivar suscetível, sugerindo que estes genes são induzidos após o estabelecimento da infecção. |
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Soares, Zamira GuerraFietto, Luciano Gomes2013-07-17T17:58:06Z2013-07-17T17:58:06Z2010SOARES, Z. G. Desenvolvimento de ferramentas para elaboração de um banco de dados e análise da expressão de fatores de transcrição de soja (Glycine max) responsivos à ferrugem asiática. 2010. 48 f. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Federal de Ouro Preto, Ouro Preto, 2010.http://www.repositorio.ufop.br/handle/123456789/3066Plantas infectadas com o fungo Phakopsora pachyrhizi, causador da doença ferrugem asiática, sofrem desfolhamento precoce acarretando grandes prejuízos para o agricultor. As formas de manejo da doença atualmente abrangem o vazio sanitário, o controle químico e utilização de cultivares resistentes. Como não existe um cultivar comercial imune os gastos com prevenção e manejo são muito elevados. Dentro deste contexto, o presente trabalho busca selecionar novos genes alvo para o desenvolvimento de um cultivar imune à doença, focando nos fatores de transcrição. Três bancos de dados de fatores de transcrição - SoybeanTFDB e o SoyDB, já existentes, e um desenvolvido neste trabalho (LBM) - foram comparados para a criação de um banco consenso, e dois softwares (BRa e Venn Diagram For Proteins) foram desenvolvidos para a sua construção (SoyLBM). O banco consenso SoyLBM abrange todas as sequências não redundantes dos três bancos possuindo 7202 sequências, 7,46% a mais do que o banco SoyDB e 30,09% a mais que o banco SoybeanTFDB. Após a criação do banco de dados foram identificados dezesseis genes candidatos a serem fatores de transcrição responsivos à ferrugem. Dentre eles, quatro tiveram sua expressão analisada por PCR em tempo real, em dois cultivares diferentes durante a infecção pelo fungo Phakopsora pachyrhizi. Dentre os genes analisados o fator MBF1B teve sua expressão aumentada em resposta à infecção, mas não apresentou diferença significativa de expressão entre os cultivares suscetível e resistente sugerindo que esteja ligado a uma resposta mais geral da planta a infecções. Os genes bZIPB, WRKYA e WRKYC mostraram aumento da expressão tardia no cultivar resistente em relação ao cultivar suscetível, sugerindo que estes genes são induzidos após o estabelecimento da infecção.Plants infected with Phakopsora pachyrhizi, which causes rust disease and early defoliation, suffer big losses for the farmer. The forms of the disease management currently include the “vazio sanitário”, chemical control and use of resistant cultivars. As there is no commercial cultivar immune spending on prevention and management are very high. Within this context, this work seeks to select new target genes for the development of a growing immune to the disease, focusing on transcription factors. Three databases of transcription factors - and SoybeanTFDB SoyDB, existing and developed in this work (LBM) - were compared for the creation of a bank agreement, and two software (BRa and Venn Diagram For Proteins) were developed to its construction (SoyLBM). The bank agreement SoyLBM covers all non-redundant sequences of the three banks holding sequences 7202, 7.46% more than the bank SoyDB and 30.09% more than the bank SoybeanTFDB. After creating the database were identified sixteen candidate genes for transcription factors are responsive to rust. Among them, four had their expression analyzed by real time PCR in two different cultivars during infection by the fungus Phakopsora pachyrhizi. Among the genes analyzed MBF1B factor had to be increased in response to infection, but no significant difference in expression between the susceptible and resistant cultivars suggesting that it is connected to a more general plant response to infection. Genes bZIPB, WRKYA and WRKYC showed increased late expression in the resistant cultivar compared to the susceptible cultivar, suggesting that these genes are induced after the establishment of infection.Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia. Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas, Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós Graduação, Universidade Federal de Ouro Preto.SojaGycine maxFerrugem asiáticaPhakopsora pachyrhiziDesenvolvimento de ferramentas para elaboração de um banco de dados e análise da expressão de fatores de transcrição de soja (Glycine max) responsivos à ferrugem asiática.info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisporreponame:Repositório Institucional da UFOPinstname:Universidade Federal de Ouro Preto (UFOP)instacron:UFOPinfo:eu-repo/semantics/openAccessLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82636http://www.repositorio.ufop.br/bitstream/123456789/3066/2/license.txtc2ffdd99e58acf69202dff00d361f23aMD52ORIGINALDISSERTAÇÃO_ DesenvolvimentoFerramentasElaboração.PDFDISSERTAÇÃO_ DesenvolvimentoFerramentasElaboração.PDFapplication/pdf1619844http://www.repositorio.ufop.br/bitstream/123456789/3066/1/DISSERTA%c3%87%c3%83O_%20DesenvolvimentoFerramentasElabora%c3%a7%c3%a3o.PDFaf1c5307dab3a73280c454c1edcc8c9eMD51123456789/30662019-04-23 10:54:38.904oai:localhost: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Repositório InstitucionalPUBhttp://www.repositorio.ufop.br/oai/requestrepositorio@ufop.edu.bropendoar:32332019-04-23T14:54:38Repositório Institucional da UFOP - Universidade Federal de Ouro Preto (UFOP)false |
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