Seleção de potenciais peptídeos para o diagnóstico sorológico da leishmaniose visceral canina por imunoinformática.

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2021
Autor(a) principal: Maia, Rodrigo da Costa
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Não Informado pela instituição
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Leishmaniose visceral
Bioinformática
Peptídeos
Link de acesso: http://www.repositorio.ufop.br/jspui/handle/123456789/17853
Resumo: Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas. Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas, Pró-Reitoria de Pesquisa de Pós Graduação, Universidade Federal de Ouro Preto.
id UFOP_9a83b30debe5a574a938a12ffbbf4e98
oai_identifier_str oai:repositorio.ufop.br:123456789/17853
network_acronym_str UFOP
network_name_str Repositório Institucional da UFOP
repository_id_str
spelling Seleção de potenciais peptídeos para o diagnóstico sorológico da leishmaniose visceral canina por imunoinformática.Leishmaniose visceralBioinformáticaPeptídeosPrograma de Pós-Graduação em Ciências Biológicas. Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas, Pró-Reitoria de Pesquisa de Pós Graduação, Universidade Federal de Ouro Preto.A Leishmaniose Visceral é uma doença negligenciada, com ampla distribuição geográfica, comportamentos ecoepidemiológicos distintos (zoonótica ou antropoótica) e potencialmente fatal quando não tratada. Nas Américas, assim como em parte da Europa apresenta um comportamento zoonótico ou antropozoonótico tendo o cão como principal reservatório do parasito (Leishmania (L.) infantum e seu diagnóstico, no entanto, apresenta limitações principalmente com relação a especificidade e ou sensibilidade dos testes sorológicos utilizados, como é o caso do programa de controle da Leishmaniose Visceral Canina (LVC), executado no Brasil. A fim de contribuir na busca por componentes que possam refinar as técnicas de diagnóstico sorológico, no presente estudo, foram selecionados e avaliados o potencial de peptídeos para serem empregados no imunodiagnóstico da LVC. Para isso, foram selecionados e avaliados, a partir de um banco de dados relacional, peptídeos quanto a: escores em algoritmos de predição de epítopos para células B (BepiPred, BCPred12 e AAP12), função biológica das proteínas as quais esses peptídeos pertenciam por meio de redes de interação proteína-proteína, similaridade, por meio do BLASTp, além de Atracagem (CABSdock) e Dinâmica Molecular (GROMACS). Após isso, foi otimizada e padronizada a técnica de ELISA empregando os peptídeos selecionados. Para tal, foram testadas duas concentrações de peptídeos (0,25 e 0,5μg) assim como três diluições de amostra (1:200;1:400 e 1:600) e as seguintes diluições do conjugado IgG de cão (1:16.000;1:20.000 e 1:24.000). Como resultados, foram selecionados dez peptídeos a partir do banco de dados relacional, todos com escores maiores que 0,5 para todos os algoritmos de predição além de não serem componentes de proteínas intracelulares do parasito. A similaridade entre outras espécies do mesmo gênero foi consideravelmente alta, no entanto para parasitos de outros gêneros os peptídeos em sua maioria mostraram-se com baixa similaridade. Quanto a atracagem, somente dois peptídeos foram classificados como bons modelos em se tratando a qualidade, enquanto os outros oito se enquadraram como ótimos modelos. Durante a simulação de dinâmica molecular observamos valores relativamente altos de Root-Mean-Square Deviation of Atomic Positions RMSD para todos os peptídeos. Na padronização de ELISA foi possível observar que as melhores condições para as avaliações das amostras individualmente, foram as que empregaram a concentração de 0,25 μg dos peptídeos e em diluição plasmática de 1:600 e do conjugado de 1:16.000, respectivamente, mostraram a capacidade dos peptídeos em diferenciar em no mínimo 3 vezes amostras de cães infectados por L. infantum e não infectados. Em suma a seleção dos peptídeos a partir de parâmetros obtidos por bioinformática se mostrou promissora visto o potencial dos peptídeos selecionados, que se apresentavam potenciais para sua utilização futura em teste diagnóstico sorológico de alto desempenho. Neste sentido este trabalho abre perspectivas para prosseguir com estes testes de validação dos antígenos em bancos de soros que possuem diversos perfis de amostras de cães naturalmente infectados, portadores de diferentes manifestações clínicas, cargas parasitárias, antes e após tratamento e intervenção vacinal, ampliando assim as perspectivas de avanços biotecnológicos no campo do diagnóstico sorológico para leishmaniose visceral em especial para LVC.Visceral Leishmaniasis is a zoonotic and potentially fatal disease when not treated. The diagnosis, however, has certain limitations, mainly regarding the specificity and or sensitivity in tests used in disease control programs, such as The Control Program for Canine Visceral Leishmaniasis, performed in Brazil. In order to contribute to the search for components that can refine the serological diagnostic techniques, in the present study, we select and evaluate peptides with potential to be used in the immunodiagnosis of CVL. For this purpose, peptides were selected and evaluated from a relational database regarding: scores in epitope prediction algorithms for B cells (BepiPred, BCPred12 and AAP12), biological function of the proteins through protein-protein interaction networks, similarity, using BLASTp, in addition to Docking (CABSdock) and Molecular Dynamics (GRO-MACS). After that, the ELISA technique was standardized using the selected peptides. Two concentrations of peptides (0.25 and 0.5 μg) were tested every 100 μL, as well as three sample dilutions (1: 200; 1: 400 and 1: 600) and dilution of dog IgG conjugate (1: 16,000; 1: 20,000 and 1: 24,000) As results, ten peptides were selected from the relational database, all with scores greater than 0.5 for all prediction algorithms in addition to not being components of intracellular proteins of the parasite. The similarity between other species of the same genus was considerably high, however for other genera parasites, the peptides mostly showed low similarity. In docking, only two peptides were classified as good models, while the other eight were classified as excellent models. During the simulation of molecular dynamics, we observed relatively high values of RMSD for all peptides. In the ELISA standardization, it was possible to stablish the best conditions, then the reactions were performed with 0.25 μg of each peptide and in a dilution of 1: 600 and 1: 16,000 for samples and conjugate, respectively, the data showed the capacity of the peptides to differentiate at least 3 times samples from dogs infected by L. infantum and uninfected. Based on that, the selection of peptides through bioinformatics approaches was promising considering the potential of the selected peptides, showing interesting perspectives regarding their use in assays with a greater number and more diverse sample profiles, as well as the use of this method. for prospecting diagnostic test components for other diseases.Reis, Alexandre BarbosaBrito, Rory Cristiane Fortes deReis, Alexandre BarbosaBrito, Rory Cristiane Fortes deGuimarães, Ana Carolina RamosMoreira, Leandro MarcioMaia, Rodrigo da Costa2023-11-23T19:48:58Z2023-11-23T19:48:58Z2021info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfMAIA, Rodrigo da Costa. Seleção de potenciais peptídeos para o diagnóstico sorológico da leishmaniose visceral canina por imunoinformática. 2021. 59 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas) - Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas, Universidade Federal de Ouro Preto, Ouro Preto, 2021.http://www.repositorio.ufop.br/jspui/handle/123456789/17853http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/us/Autorização concedida ao Repositório Institucional da UFOP pelo(a) autor(a) em 06/10/2021 com as seguintes condições: disponível sob Licença Creative Commons 4.0 que permite copiar, distribuir e transmitir o trabalho, desde que sejam citados o autor e o licenciante. Não permite o uso para fins comerciais nem a adaptação.info:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Repositório Institucional da UFOPinstname:Universidade Federal de Ouro Preto (UFOP)instacron:UFOP2024-11-10T16:45:38Zoai:repositorio.ufop.br:123456789/17853Repositório InstitucionalPUBhttp://www.repositorio.ufop.br/oai/requestrepositorio@ufop.edu.bropendoar:32332025-10-20T22:15:54.663435Repositório Institucional da UFOP - Universidade Federal de Ouro Preto (UFOP)false
dc.title.none.fl_str_mv Seleção de potenciais peptídeos para o diagnóstico sorológico da leishmaniose visceral canina por imunoinformática.
title Seleção de potenciais peptídeos para o diagnóstico sorológico da leishmaniose visceral canina por imunoinformática.
spellingShingle Seleção de potenciais peptídeos para o diagnóstico sorológico da leishmaniose visceral canina por imunoinformática.
Maia, Rodrigo da Costa
Leishmaniose visceral
Bioinformática
Peptídeos
title_short Seleção de potenciais peptídeos para o diagnóstico sorológico da leishmaniose visceral canina por imunoinformática.
title_full Seleção de potenciais peptídeos para o diagnóstico sorológico da leishmaniose visceral canina por imunoinformática.
title_fullStr Seleção de potenciais peptídeos para o diagnóstico sorológico da leishmaniose visceral canina por imunoinformática.
title_full_unstemmed Seleção de potenciais peptídeos para o diagnóstico sorológico da leishmaniose visceral canina por imunoinformática.
title_sort Seleção de potenciais peptídeos para o diagnóstico sorológico da leishmaniose visceral canina por imunoinformática.
author Maia, Rodrigo da Costa
author_facet Maia, Rodrigo da Costa
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Reis, Alexandre Barbosa
Brito, Rory Cristiane Fortes de
Reis, Alexandre Barbosa
Brito, Rory Cristiane Fortes de
Guimarães, Ana Carolina Ramos
Moreira, Leandro Marcio
dc.contributor.author.fl_str_mv Maia, Rodrigo da Costa
dc.subject.por.fl_str_mv Leishmaniose visceral
Bioinformática
Peptídeos
topic Leishmaniose visceral
Bioinformática
Peptídeos
description Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas. Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas, Pró-Reitoria de Pesquisa de Pós Graduação, Universidade Federal de Ouro Preto.
publishDate 2021
dc.date.none.fl_str_mv 2021
2023-11-23T19:48:58Z
2023-11-23T19:48:58Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv MAIA, Rodrigo da Costa. Seleção de potenciais peptídeos para o diagnóstico sorológico da leishmaniose visceral canina por imunoinformática. 2021. 59 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas) - Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas, Universidade Federal de Ouro Preto, Ouro Preto, 2021.
http://www.repositorio.ufop.br/jspui/handle/123456789/17853
identifier_str_mv MAIA, Rodrigo da Costa. Seleção de potenciais peptídeos para o diagnóstico sorológico da leishmaniose visceral canina por imunoinformática. 2021. 59 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas) - Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas, Universidade Federal de Ouro Preto, Ouro Preto, 2021.
url http://www.repositorio.ufop.br/jspui/handle/123456789/17853
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/us/
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/us/
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UFOP
instname:Universidade Federal de Ouro Preto (UFOP)
instacron:UFOP
instname_str Universidade Federal de Ouro Preto (UFOP)
instacron_str UFOP
institution UFOP
reponame_str Repositório Institucional da UFOP
collection Repositório Institucional da UFOP
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UFOP - Universidade Federal de Ouro Preto (UFOP)
repository.mail.fl_str_mv repositorio@ufop.edu.br
_version_ 1857928201770106880

Registros relacionados