Análise IN SILICO DE EST-SSR em Phaseolus vulgaris E Glycine max E Trasferibilidade de Marcadores para Vigna unguiculata - Ferreira Neto, José Ribamar Costa (2008)
Bancos de dados de seqüências expressas representam uma fonte potencialmente valorosa para o desenvolvimento de marcadores moleculares. Neste trabalho, estudos foram realizados para o desenvolvimento de marcadores para aplicação no melhoramento de feijão-caupi, feijão-comum e soja. Foram analisadas 10.880 ESTs de feijão-comum e 116.965 ESTs de soja. Um total de 331 e 4553 SSRs foram identificados nas seqüências de feijão-comum e soja, respectivamente. Trinucleotídeos (45,62 %) foram as mais abundantes em feijãocomum, enquanto que os dinucletídeos (49,67 %), em soja. A densidade média variou de um SSR a cada 22 Kb (feijão-comum) a um SSR a cada 14,68 Kb (soja). Repetições diméricas AG/GA / TC/CT e triméricas AAG/AGA/GAA / TTC/TCT/CTT foram as mais abundantes em ambas espécies. Um total de 153 e 1928 pares de primers EST-SSRs foram propostos para feijão-comum e para soja, respectivamente. Desses, sinteizaram-se 20 para soja, dos quais apenas nove amplificaram (sendo quatro de tamanho esperado e, desses, dois polimórficos) e dois foram transferíveis. Para feijão-comum sintetizaram-se 22, dos quais 15 amplificaram, sendo que 11 apresentaram tamanho esperado e 10 desses foram polimórficos (PIC médio de 0,50); 11 dos funcionais foram transferidos para feijão-caupi, sendo oito de tamanho esperado e cinco desses, polimórficos (PIC médio de 0,36). Análises detalhadas dos amplicons seqüenciados determinaram que as extensões dos motivos de SSRs foram variáveis e que as regiões flanqueadoras dessas repetições foram geralmente bem conservadas, confirmando o sucesso da transferibilidade entre feijão-comum e feijão-caupi