Carragenana extraída da macroalga Gigartina skottsbergii: uma proposta molecular de sonda para a detecção do vírus SARS-CoV-2

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2023
Autor(a) principal: Zank, Patrícia Daiane
Orientador(a): Vaucher, Rodrigo de Almeida
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade Federal de Pelotas
Programa de Pós-Graduação: Programa de Pós-Graduação em Bioquímica e Bioprospecção
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Brasil
Palavras-chave em Português:
Covid-19
Macroalga
Carragenana
Sonda
qRT-PCR
RT-LAMP
Macroalgae
Carrageenan
Probe
Área do conhecimento CNPq:
CIENCIAS BIOLOGICAS
Link de acesso: http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/handle/prefix/11539
Resumo: A Organização Mundial da Saúde (OMS) declarou como pandemia a infecção causada por SARS-CoV-2 (COVID-19), que se espalhou rapidamente pelo mundo. O COVID 19, geralmente, causa sintomas de 2 a 14 dias após a infecção. A triagem desses pacientes é considerada fundamental para o manejo da contaminação viral. Por se tratar de uma doença de transmissão rápida e sem cura, o diagnóstico precoce tem se mostrado fundamental na avaliação dos casos suspeitos, principalmente quanto aos níveis de contágio. Para isso, espécimes de Gigartina skottsbergii foram coletados na ecorregião subantártica chilena. A carragenana foi extraída, caracterizada e quantificada. Após incubação de 24 horas com uma suspensão viral de SARS-CoV-2 inativada, foi realizado o teste para avaliar a capacidade da carragenana de se ligar ao SARS-CoV-2. O RNA viral ligado à sonda foi então quantificado usando o método de transcrição reversa (RT-qPCR) e o método de ensaio de amplificação isotérmica mediada por loop de transcrição reversa (RT-LAMP). A partir dos resultados, foi verificado que a carragenana de algas marinhas tem um espectro semelhante à carragenana comercial, sendo que ambas alcançaram uma excelente proporção de ligação ao SARS-CoV-2 com um rendimento de 8,3%, sendo também detectado RNA viral no ensaio RT-LAMP. Este estudo mostra, pela primeira vez, a capacidade de ligação da carragenana extraída de algas subantárticas chilenas, que apresentam baixo custo e alta eficiência para ligação às partículas virais SARS-CoV-2.
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Para isso, espécimes de Gigartina skottsbergii foram coletados na ecorregião subantártica chilena. A carragenana foi extraída, caracterizada e quantificada. Após incubação de 24 horas com uma suspensão viral de SARS-CoV-2 inativada, foi realizado o teste para avaliar a capacidade da carragenana de se ligar ao SARS-CoV-2. O RNA viral ligado à sonda foi então quantificado usando o método de transcrição reversa (RT-qPCR) e o método de ensaio de amplificação isotérmica mediada por loop de transcrição reversa (RT-LAMP). A partir dos resultados, foi verificado que a carragenana de algas marinhas tem um espectro semelhante à carragenana comercial, sendo que ambas alcançaram uma excelente proporção de ligação ao SARS-CoV-2 com um rendimento de 8,3%, sendo também detectado RNA viral no ensaio RT-LAMP. Este estudo mostra, pela primeira vez, a capacidade de ligação da carragenana extraída de algas subantárticas chilenas, que apresentam baixo custo e alta eficiência para ligação às partículas virais SARS-CoV-2.The World Health Organization (WHO) has declared a pandemic caused by the SARS CoV-2 (COVID-19) infection that has spread rapidly across the world. COVID-19 usually causes symptoms 2 to 14 days after infection. The screening of these patients is considered essential for the management of viral contamination, as it is a disease with rapid transmission without cure, early diagnosis has been shown to be fundamental in the evaluation of suspected cases, especially regarding the levels of contagion. For this, specimens of Gigartina skottsbergii were collected in the Chilean subantarctic ecoregion. Carrageenan was extracted, characterized and quantified. After a 24-hour incubation with an inactivated SARS-CoV-2 viral suspension, the test was performed to assess the ability of carrageenan to bind to SARS-CoV-2. Viral RNA bound to the probe was then quantified using the reverse transcription method (RT qPCR) and the reverse transcription loop-mediated isothermal amplification assay method (RT-LAMP). From the results, it was found that seaweed carrageenan has a spectrum similar to commercial carrageenan that achieved an excellent binding ratio to SARS-CoV-2, with a yield of 8.3%, together with viral RNA was detected in the RT assay. -LAMP. This study shows, for the first time, the binding capacity of carrageenan extracted from Chilean subantarctic seaweeds, endowed with low cost and high efficiency for binding to SARS-CoV-2 viral particles.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPESporUniversidade Federal de PelotasPrograma de Pós-Graduação em Bioquímica e BioprospecçãoUFPelBrasilCC BY-NC-SAinfo:eu-repo/semantics/openAccessCIENCIAS BIOLOGICASBIOQUIMICACovid-19MacroalgaCarragenanaSondaqRT-PCRRT-LAMPMacroalgaeCarrageenanProbeCarragenana extraída da macroalga Gigartina skottsbergii: uma proposta molecular de sonda para a detecção do vírus SARS-CoV-2. Carrageenan from Gigartina skottsbergii: a proposed molecular probe for the detection of SARS-CoV-2 virusinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesishttp://lattes.cnpq.br/0953074420467371Vaucher, Rodrigo de AlmeidaZank, Patrícia Daianereponame:Repositório Institucional da UFPel - Guaiacainstname:Universidade Federal de Pelotas (UFPEL)instacron:UFPELORIGINALDissertacao_Patricia_Zank.pdfDissertacao_Patricia_Zank.pdfapplication/pdf1765025http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/11539/1/Dissertacao_Patricia_Zank.pdf1e81419aa187b9963ca0acac6f566bbaMD51open accessLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81960http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/11539/2/license.txta963c7f783e32dba7010280c7b5ea154MD52open accessTEXTDissertacao_Patricia_Zank.pdf.txtDissertacao_Patricia_Zank.pdf.txtExtracted texttext/plain109898http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/11539/3/Dissertacao_Patricia_Zank.pdf.txt9d3c5d98f91c5f7adf333303ee0ef1f6MD53open accessTHUMBNAILDissertacao_Patricia_Zank.pdf.jpgDissertacao_Patricia_Zank.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1276http://guaiaca.ufpel.edu.br/xmlui/bitstream/prefix/11539/4/Dissertacao_Patricia_Zank.pdf.jpg122c3290ba3e6c17f571365472296acfMD54open accessprefix/115392025-11-28 11:48:01.033open accessoai:guaiaca.ufpel.edu.br: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Repositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.ufpel.edu.br/oai/requestrippel@ufpel.edu.br || repositorio@ufpel.edu.br || aline.batista@ufpel.edu.bropendoar:2025-11-28T14:48:01Repositório Institucional da UFPel - Guaiaca - Universidade Federal de Pelotas (UFPEL)false
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