Fragmentos de genes diferencialmente expressos durante a germinação/emergência do arroz sob estresse da profundidade - Amaral, Fernanda Plucani do (2010)
Cultivado em todo continente, o arroz (Oryza sativa L.) possui grande importância social e econômica, além de ser uma planta modelo para estudos de genética e fisiologia de plantas cultivadas. O Brasil está entre os dez principais produtores mundiais desta cultura, sendo que o Rio Grande do Sul é responsável por 60% da produção brasileira. Devido a sua versatilidade e adaptabilidade a diferentes condições de solos e climas, cabe ao melhoramento genético a busca de mecanismos ligados a resistência das plantas a diferentes estresses bióticos e abióticos, alta produtividade e qualidade, sendo, para isto, imprescindível a presença de variabilidade genética. Neste sentido, acessos de arroz vermelho têm sido muito utilizados, pois possuem uma gama de genes ainda não identificados, e a identificação do recurso responsável pela competição e características morfológicas possíveis de serem introduzidas no arroz cultivado, torna essa espécie atrativa para identificação e caracterização de genes e envolvidos no processo de germinação / emergência, em estudos de expressão diferencial. Este estudo tem por objetivo identificar fragmentos diferencialmente expressos na germinação/emergência de um ecótipo de arroz vermelho e dois genótipos cultivados, submetidos ao estresse da profundidade (BRS 7 Taim representando o arroz cultivado, o ecótipo de arroz vermelho FFS-45 e a cultivar Nipponbare). Os genótipos foram colocados para germinar a 15cm de profundidade. Amostras foram coletadas aos 4 dias, 7 dias, 14 dias e 21 dias após a semeadura sendo que logo após cada coleta foi extraído o RNA para construção de cDNA. Para obtenção dos fragmentos de genes diferencialmente expressos entre os genótipos, utilizou-se a técnica de cDNA-AFLP, onde foram testadas 16 combinações de primers, que possibilitou a identificação de 95 fragmentos diferencialmente expressos, sendo que 3 destas combinações não apresentaram amplificação. A análise das bandas foi realizada através da visualização em gel de acrilamida, utilizando o critério de presença e/ou ausência de bandas entre os genótipos e diferença de intensidade entre os fragmentos. A partir da identificação desses genes, mediante estudos de seqüenciamento, caracterização e clonagem, será possível contribuir para os estudos relacionados à identificação de genes envolvidos com a germinação e emergência do arroz.