Aplicações de metagenômica viral em medicina veterinária : análise de viromas - Silva, Mariana Soares da (2021)
As novas abordagens metagenômicas virais permitem a detecção imparcial de uma ampla gama de agentes infecciosos de maneira independente da cultura, facilitando o diagnóstico e, consequentemente, o monitoramento de doenças, o que está intimamente atrelado ao conceito “One World, One Health”. Além disso, abrem possibilidades para análises genéticas comparativas e enriquecimento de bancos de dados genômicos. O gênero Hepacivirus (família Flaviviridae) é um exemplo expressivo de gênero viral que cresceu rapidamente com o advento da metagenômica. Desde 1996, quando o gênero Hepacivirus foi criado, o vírus da hepatite C (HCV) era a única espécie conhecida. No entanto, os hepacivírus (HVs) têm sido detectados em diversos animais domésticos e selvagens, incluindo, equinos, cães, roedores, morcegos, bovinos, tubarões, entre outros. O objetivo geral desta tese foi aprofundar o conhecimento acerca da ecologia viral em diferentes hospedeiros, através da metagenômica na ciência veterinária, destacando diferentes subáreas em que a mesma pode ser empregada. O Capitulo 1 aborda a detecção de um hepacivírus bovino (HNV) através da plataforma de sequenciamento de alto desempenho, Illumina MiSeq. As análises revelaram uma sequência com alta divergência nucleotídica quando comparada aos demais HNVs conhecidos mundialmente. Além disso, baseado na classificação proposta na literatura, trata-se de um provável novo genótipo. Esse estudo, intitulado “Highly Divergent Cattle Hepacivirus N in Southern Brazil” foi publicado em 2019, na revista científica Archives of Virology. O Capítulo 2 trata-se de dois estudos de metagenômica realizados para análise de viroma. O primeiro intitulado "New Polyomavirus in Nutria, Myocastor coypus Polyomavirus 1" no qual obtivemos o sequenciamento de genoma completo de uma nova espécie de PyVs em ratão-do-banhado, pertencente ao gênero Alphapolyomavirus, que foi publicado na revista científica Archives of Virology. No segundo estudo, "Liver Virome of Healthy Pigs Reveals Diverse Small ssDNA Viral Genomes", foi analisado o viroma de figados de suínos de um abatedouro. Nesse estudo detectamos, pela primeira vez no Brasil, a presença de alguns vírus como Porcine Circovirus 1 e Porcine Parvovirus 6 e 7, além da ausência de vírus potencialmente zoonóticos. A pesquisa foi publicada na revista científica Infection, Genetics and Evolution em 2020. Concluindo, a metagenômica viral foi aplicada com sucesso na investigação de três importantes estudos para a ciência veterinária. Os resultados contribuíram com a expansão do conhecimento na área, através da descrição e caracterização de novos e conhecidos vírus, além de enriquecer os bancos de dados genômicos, provendo informação para futuras pesquisas.