Análises transcritômicas em Cryptococcus gattii e seu impacto na definição de genes e outros elementos genômicos - Ferrareze, Patricia Aline Gröhs (2019)
Cryptococcus gattii é um dos agentes etiológicos da criptococose, uma doença com cerca de 1 milhão de novos casos anuais e aproximadamente 625 mil óbitos. Embora a espécie irmã C. neoformans cause meningite criptocócica em indivíduos imunodeprimidos e seja a maior responsável pelo grande número de casos diagnosticados; C. gattii infecta indivíduos imunocompetentes causando infecção pulmonar. Neste contexto, C. gattii tem recebido crescente atenção desde o surto do Noroeste do Pacífico, tendo-se reunido esforços para identificar as variantes genéticas das linhagens que provocaram tal evento. Devido as diferenças entre genótipos, hipotetiza-se que a ausência da maquinaria do RNA de interferência seja um dos mecanismos causadores de mutação e consequente hipervirulência, já que as linhagens do genótipo VGII responsável pelo surto não possuem RNAi funcional; e mutantes de componentes do RNAi em C. neoformans podem apresentar tal fenótipo. Assim, teve este estudo o objetivo de (i) identificar a presença de retrotransposons – principais alvos da via do RNAi para a defesa da integridade genômica – em linhagens de C. gattii; (ii) avaliar a expressão de retrotransposons e a presença de sRNAs associados na linhagem R265 – representante hipervirulenta do subgrupo VGII; (iii) analisar o perfil metabólico da linhagem R265 durante infecção pulmonar em modelo murino de criptococose; e (iv) desenvolver uma pipeline automática de predição gênica otimizada e validada com C. neoformans, para aplicação em C. gattii R265. Como resultados, observou-se que linhagens do genótipo VGII apresentavam um menor número de sequências preditas de retrotransposons em seus genomas, quando comparadas a linhagens do VGI, a qual possui RNAi funcional. Além disso, pode-se inferir a presença de sRNAs associados a estas sequências, e a possível regulação das mesmas pela distribuição de sRNAs nas regiões LTR e regiões entre domínios. O perfil metabólico de C. gattii R265 durante a infecção murina, por sua vez, demonstrou a alta expressão de genes associados a vias de metabolismo de aminoácidos. Tais proteínas atuam na utilização de carbono e nitrogênio como fonte para geração de intermediários do metabolismo de carboidratos em um cenário de restrição de glicose imposto como sistema de defesa do hospedeiro. Por fim, o desenvolvimento de uma pipeline de predição gênica automatizada e otimizada resultou em um sistema com cerca de 70% dos genes codificantes de C. gattii R265 corretamente anotados.