Muito além do lisossomo : análise de genes lisossômicos utilizando estratégias de bioinformática - Silva, Gerda Cristal Villalba (2021)
Os lisossomos são responsáveis pela degradação de macromoléculas e participam de diversos processos biológicos. Os lisossomos contêm hidrolases ácidas dentro deles, e defeitos nessas enzimas culminam no acúmulo de metabólitos ou macromoléculas, levando a doenças de depósito lisossomal (DDL). O lisossomo e suas enzimas também participam de diversos processos oncogênicos, principalmente em tumores neurológicos. Explorar genes lisossômicos usando dados ômicos disponíveis em bancos de dados multi-ômicos públicos pode ajudar a entender os mecanismos comuns envolvidos na fisiopatologia de DDLs e tumores neurológicos. O primeiro manuscrito analisa ferramentas da web e bancos de dados de dados ômicos e fornece um repositório da web com um estudo de caso. O manuscrito 2 é uma análise da biologia de sistemas de conjuntos de dados sobre dano neurológico em um grupo particular de DDLs (Mucopolissacaridoses, MPS) disponíveis em um repositório público de dados genômicos. O manuscrito 3 apresenta uma análise de expressão gênica, sobrevivência e análise de variantes de genes lisossomais em tumores neurológicos disponíveis no portal Genomic data commons (GDC, consórcio TCGA) e GEO. O manuscrito 4 contém dados recuperados de nossa ferramenta web MPSBase de vias de sinalização oncogênica em MPS, usando análises de enriquecimento. Esses estudos podem ajudar a ampliar as abordagens terapêuticas para distúrbios lisossomais, apontando mecanismos comuns com doenças mais prevalentes.