Método rápido para identificação de receptores acoplados a proteínas G, baseado em posições de sequências com mutação correlacionada - Paiva, Paulo Bandiera [UNIFESP] (1998)
Os receptores acoplados a proteínas G (GPCRs) formam uma surperfamília de proteínas de membrana com a configuraçäo de um feixe de sete hélices transmembranais, as quais tem a funçäo de conduzir através da membrana, um sinal produzido externamente pelo agonista (ou pela luz no caso de opsinas), para ativar os sistema de proteínas G no citoplasma. Em funçäo de resíduos conservados em posiçöes estratégicas das sete hélices, estes receptores podem ser divididos em três grandes famílias "A"-"C" (ou 1-2). Mais de l000 receptores da família "A", que estäo atualmente nos bancos de dados, säo oriundos de células diversas de espécies animais amplamente distribuídas na escala zoológica. Entre as classes destes receptores mais conhecidas, destacam-se as específicas para animais ou peptídios, como a angiotensina II, endotelinas, bradicinina, neuropeptídios, opiáceos e outros, bem como as opsinas e os receptores de odorantes, prostanóides, proteínas-hormônios e vários fatores de liberaçäo de hormônios. As famílias "B" e "C" säo constituídas por um número muito menor de receptores até agora apenas encontramos em mamíferos. Os receptores da família "B" säo específicos para hormônios reguladores dos metabolismos de carboidratos (tipo glucagon e outros) ou de cálcio enquanto os da família "C" säo os receptores metabotrópicos de glutamato ou sensores de cálcio. Antes de suas estruturas serem conhecidas, GPCRs já eram identificadas sem maiores problemas por métodos farmacológicos ou bioquímicos. Contudo, nos últimos anos o número destes receptores tem aumentado substancialmente devido aos diversos projetos genoma, de tal modo que os métodos biológicos tradicionais mostram-se incapazes de identificar todas as novas moléculas. Consequentemente, constata-se que os bancos de dados têm acumulado um grande número de receptores órfäos que somente poderäo ser identificados por uma metodologia diferente. Neste trabalho, formulou-se uma estratégia de reconhecimento de GPCRs pela análise de seqüências de amino ácidos através de alinhamento múltiplo mediado por perfis de seqüências. Este processo de identificaçäo de GPCRs foi grandemente simplificado pelo fato destas proteínas de membranas apresentam inserçöes extensas em seus segmentos extramembranais que permitem discriminar com precisäo todos os tipos e subtipos de receptores. Contudo, apesar da precisäo, o método de alinhamento requer, para reconhecer todos os GPCRs conhecidos, um tempo de computaçäo...(au).