HIV cell tropism: from diagnosis to viral evolution

• Ano de defesa: 2016
• Autor(a) principal: Arif, Muhammad Shoaib [UNIFESP]
• Orientador(a): Diaz, Ricardo Sobhie [UNIFESP]
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• dARK ID: ark:/48912/001300002rnmx
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
• Palavras-chave em Português: Phenotypic assay; Co-receptor tropism; Genootypic assay; Viral evolution
• Palavras-chave em Inglês: Co-receptor tropism; Phenotypic assay; Genootypic assay; Viral evolution
• Link de acesso: https://sucupira.capes.gov.br/sucupira/public/consultas/coleta/trabalhoConclusao/viewTrabalhoConclusao.jsf?popup=true&id_trabalho=3667026; http://repositorio.unifesp.br/handle/11600/46554

O tropismo do HIV-1 aos correceptores CCR5 e CXCR4 relaciona-se a progressão da doença e citopatogenicidade. Alem disso, medicamentos antagonistas de CCR5 tornaram-se medicamentos úteis no arsenal de terapêutico dos anti-retrovirais. Portanto, a determinação do tropismo do HIV é obrigatória para a prescrição desses medicamentos. Ensaios fenotípicos são o padrão ouro para determinação do tropismo do HIV-1. Previsão sobre a manutenção ou mudança do tropismo do HIV pelos co-receptores CCR5 ou CXCR4 ao longo do tempo ainda é incerta. Aqui nesta tese nós apresentamos um novo ensaio de tropismo fenotípico e avaliado a evolução do tropismo do HIV ao longo do tempo em duas coortes diferentes de indíviduos infectados pelo HIV-1. Primeiro, foi desenvolvido com sucesso um novo ensaio fenotípico baseado em fragmento de 450 pb da região C2V3 da gp120 do envelope do HIV-1. Inicialmente, este ensaio foi desenvolvido com cepas referência do HIV-1 com tropismo conhecido e validado com o ensaio fenotípico TRT que utiliza um fragmento pouco maior (~750 pb) em comparação com o nosso ensaio. Uma das principais vantagens do ensaio desenvolvido aqui é o pequeno tamanho do fragmento e a possibilidade de adaptação para usar com DNA proviral podendo determinar o tropismo do HIV-1 entre indivíduos com carga viral plasmática <1.000 cópias/mL. Segundo, evolução do tropismo pelos co-receptores foi avaliado em uma coorte de indivíduos recém-infectados. Tropismo foi avaliada com o portal Geno2pheno que oferece diferentes pontos de cutoff de taxa de falsos positivos (FPR) com a probabilidade falsamente classificar um variante R5 como o virus usando CXCR4. Geno2pheno gerar resultados classificados como FPR e pode ser adaptado de acordo com as necessidades do paciente. Não houve associação significativa entre variantes que utilizam o CXCR4 e cargas virais para o RNA do HIV, níveis de células T CD4+, tempo para o tratamento, co-infecção pelo GBV-C, perfil do HLA ou subtipo do HIV. No entanto, fomos capazes de identificar os 9 indivíduos com um mudança de torpismo para CXCR4. Seis destes indivíduos permaneceram virgens do tratamento durante o período do estudo. Variantes com FPR intermediário foram identificados durante evolução para CXCR4 e uma tendência consistente de diminuir FPR ao longo do tempo foi observada com um tempo de evolução médio de 27,29 (intervalo: 8.90-64.62) meses. Maioria dos indivíduos com variantes R5 apresentavam HIV-1 com FPR basal >50%, mantendo-se portadores de variantes R5 durante o período de estudo enquanto que os indivíduos que mostram virus com mudanca de tropismo para CXCR4 apresentavam FPR basal <50%. A análise de regressão logística foi realizada para determinar o potencial de FPR em prever a mudança de tropismo ao longo do tempo. Determinou-se que os pacientes com vírus com FPR superior a 40,6% apresentaram virus com FPR estável ao longo do tempo, ao passo que FPRs mais baixas tendem a queda progressiva destes valores progressivamente levando a aparecimento de cepas trópicas pelo CXCR4. A área sob a curva ROC para o nível de corte previsto era de 98%. Por último, temos estudado o impacto do uso da talidomida sobre tropismo do HIV em um ensaio clínico piloto aberto, randomizado, prova de conceito realizado em trinta indivíduos masculinos adultos virgens de tratamento antirretroviral infectadas pelo HIV. Embora o uso de talidomida resultasse em uma diminuição da relação CD4/CD8 (p=0,08) e contagens de células T CD4 (p=0,04) no grupo de tratamento comparado ao grupo controle, no entanto, estas alterações observadas foram independentes do subtipo do HIV-1 e tropismo do virus, sendo que não houve influência do uso de talidomida no tropismo do HIV-1 ao longo do tempo em comparação ao grupo controle.