Aplicação do sequenciamento completo do genoma ba caracterização de amostras de acinetobacter baumannii produtores de carbapenemase - Boettger, Bruno Cruz [UNIFESP] (2018)
Introdução: Infecções por Acinetobacter baumanni apresentam elevadas taxas de morbidade e mortalidade, particularmente quando os isolados são resistentes a antibióticos carbapenêmicos. Surtos de infecções relacionadas à assistência a saúde tem sido detectados com disseminação de clones intra e inter hospitais incluindo a determinação de genes codificadores de oxacilinases, o principal mecanismos de resistência a carbapenêmicos. Técnicas moleculares têm sido utilizadas para tipagem molecular, como Pulsed-Fiel Gel Electrophoresis (PFGE) e MLST por sequenciamento de housekeeping genes e caracterização de genes de resistência aos antimicrobianos por PCR convencional e real time. Recentemente, o sequenciamento de genoma completo tem sido utilizado como um método que permite a tipagem molecular e a caracterização de genes de resistência em diferentes gêneros e espécies bacterianas. Objetivos: Identificar genes codificadores de resistência a antimicrobianos e caracterizar perfis clonais de A. baumannii resistentes a carbapenêmicos por sequenciamento de genoma completo. Métodos: Foram estudadas seis amostras de A. baumannii resistentes a carbapenêmicos isoladas de pacientes internados em hospital geral da cidade de São Paulo no período de 20 de novembro a 03 de dezembro de 2016. O perfil de resistência a antimicrobianos foi realizado por microdiluição em caldo e a tipagem molecular por PFGE. As sequencias de DNA do genoma completo foram obtidas através da plataforma Illumina, anotação de bioinformática pelo software Prokka e análise pelo Center for Genomic Epidemiology. Resultados: Somente a polimixina B, minociclina e tigeciclina apresentaram atividade frente a todos os isolados de A. baumannii resistentes aos carbapenêmicos. Genes de resistência aos aminoglicosídeos, β-lactâmicos, fenicois, macrolídeos, quinolonas, sulfonamidas, tetraciclinas e trimetroprim foram encontrados no genoma dos isolados. Uma coprodução de OXA-23 e OXA-72 foram detectadas em um isolado de A. baumannii pertencente ao ST1/CC1. Dois isolados apresentando mesmo padrão de PFGE pertencente ao ST79/CC79 carreavam os genes blaOXA-23 e blaOXA-72 separadamente localizados no cromossomo e no plasmídeo, respectivamente. O gene qnrD-like foi detectado no isolado de A. baumannii coprodutor de OXA-23 e OXA-72, sendo o primeiro isolado de Acinetobacter spp. reportado a carrear este gene globalmente. Conclusão: O sequenciamento completo de genoma de A. baumanii revelou a presença de genes de resistência a diversos antimicrobianos, incluindo os codificadores de oxacilinases, e contribuiu para a tipagem molecular com finalidades epidemiológicas.