Interpretação da patogenicidade e estabelecimento de um banco de dados de variações de número de cópias (cnvs) em uma amostra da população brasileira

• Ano de defesa: 2019
• Autor(a) principal: Godoy, Victoria Cabral Silveira Monteiro De [UNIFESP]
• Orientador(a): Melaragno, Maria Isabel De Souza Aranha [UNIFESP]
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• dARK ID: ark:/48912/001300002ff4r
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP)
• Palavras-chave em Português: CNV; Variação De Número De Cópia; Banco De Dados
• Palavras-chave em Inglês: CNV; Copy Number Variation; Database
• Link de acesso: https://sucupira.capes.gov.br/sucupira/public/consultas/coleta/trabalhoConclusao/viewTrabalhoConclusao.jsf?popup=true&id_trabalho=8754207; https://repositorio.unifesp.br/handle/11600/59762

Realizar o levantamento e a classificação de variações de número de cópias (CNVs), identificadas previamente a partir de arrays realizados em nosso laboratório, de forma a construir um banco de dados de CNVs em uma amostra da população brasileira. Métodos: Analisar arrays de uma coorte composta por 284 indivíduos brasileiros, incluindo pacientes com alterações fenotípicas e seus pais sem alterações fenotípicas. As plataformas utilizadas para a realização dos arrays foram: Genome-Wide Human Array 6.0 SNP array (n= 66 indivíduos), CytoScan High-Density SNP array (n= 163 indivíduos) e CytoScan 750K (n= 55 indivíduos), da Affymetrix. A análise dos arrays foi realizada por meio do software Chromosome Analysis Suite (ChAS) e a plataforma online UCSC. Todos os arrays que passaram pelo controle de qualidade foram incluídos na análise e, utilizando um fluxograma de análise, as CNVs foram classificadas de acordo com a patogenicidade. Resultados: Um total de 1.792 CNVs (1.380 ganhos e 412 perdas) foram classificadas como benignas (82%), possivelmente benignas (3,1%), VUS (5,5%), possivelmente patogênicas (0,2%) e patogênicas (9,2%). Algumas das CNVs classificadas como benignas, possivelmente benignas ou variante de significado incerto (VUS) foram recorrentes e com alta frequência em nossa amostra. Esses CNVs recorrentes, inicialmente classificadas como possivelmente benignas ou VUS, foram reclassificadas como benignas em nossa amostra. Conclusões: Construímos um banco de dados interno de CNVs presentes em uma amostra de indivíduos brasileiros, o qual será útil para análises genômicas futuras em nosso laboratório. Algumas CNVs classificadas como possivelmente benignas e VUS, por estarem presentes em alta frequência em nossa amostra, foram reclassificadas como benignas. Além disso, nosso estudo estabeleceu um fluxograma de análise próprio que foi altamente eficaz na classificação das CNVs, apesar de não termos utilizado informações fenotípicas na análise.