Análise transcriptômica em câncer do colo do útero - Mine, Karina Lumi [UNIFESP] (2009)
O câncer de colo do útero é o segundo tipo de câncer mais comum entre mulheres. Cerca de 80% dos casos ocorrem em países em desenvolvimento onde a maior parte são diagnosticados em estadios relativamente avançados. Os objetivos desse trabalho foram: (i) identificar um perfil de expressão gênica capaz de predizer a resposta ao tratamento, visto que, cerca de 35% das pacientes com câncer localmente avançado não respondem ao tratamento; (ii) identificar genes e grupos funcionais de genes (vias e redes gênicas) com expressão alterada em amostras de tecido tumoral em relação ao normal adjacente, para identificar genes e mecanismos envolvidos na patogênese do câncer de colo uterino. Método. Realizamos análise de expressão gênica em larga escala, utilizando microarrays contendo oligonucleotídeos impressos correspondentes a aproximadamente 14.000 genes. No estudo de resposta ao tratamento, utilizamos 23 lâminas hibridizadas com amostras de tumor e, no estudo comparativo entre tecido tumoral e normal, utilizamos 34 lâminas de tumor e 20 de tecido normal. Para a análise dos dados foram utilizados os seguintes programas: BRB Array Tools para busca de um preditor molecular e geração da lista de genes; DAVID, Babelomics e Ingenuity Pathway Analysis para verificar as vias representadas na lista; MILANO para verificar a literatura em relação aos nossos achados; DAVID, CFinder e Cytoscape para análises de redes gênicas. Resultados: (i) Não identificamos nenhum perfil de expressão gênica capaz de predizer de forma consistente a resposta ao tratamento; (ii) identificamos 810 genes diferencialmente expressos entre tecido tumoral e normal, sendo que 341 tinham expressão aumentada no tumor e 469 expressão diminuída. Na análise de vias, identificamos 13 vias, entre as quais havia vias já descritas em câncer de colo uterino, como a via do ciclo celular e da p53 e vias ainda não estudadas nesse câncer, como a da fosforilação oxidativa e a do ribossomo. Além disso, verificamos que vários genes pertencentes as vias, mesmo as já descritas como relacionadas com o câncer de colo uterino, ainda não haviam sido estudados nesse câncer. Na análise de redes gênicas encontramos 23 sub-redes. Dentre essas, destacamos a rede formada pelos genes da família das calicreínas. Nossos resultados também sugerem que o perfil de genes identificados também se aplica a casos de câncer de colo de útero estudados em outros trabalhos assim como a câncer de esôfago. Conclusão: O uso da análise de expressão gênica em larga escala possibilitou a identificação de genes e grupos funcionais de genes, vias e redes gênicas, alterados no câncer de colo uterino. Esses resultados podem ajudar no entendimento dos mecanismos moleculares envolvidos na patogenia deste câncer e os genes encontrados podem ser candidatos promissores para estudos de marcadores a serem utilizados no diagnóstico precoce e estudos de susceptibilidade genética em câncer de colo do útero.