3D cell-selex: seleção e caracterização in vitro de aptâmeros de RNA ligantes específicos às células tumorais prostáticas
Ano de defesa: | 2015 |
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Tipo de documento: | Dissertação |
Tipo de acesso: | Acesso aberto |
Idioma: | por |
Instituição de defesa: |
Universidade Federal de Uberlândia
BR Programa de Pós-graduação em Genética e Bioquímica Ciências Biológicas UFU |
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País: |
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Palavras-chave em Português: | |
Link de acesso: | https://repositorio.ufu.br/handle/123456789/15890 https://doi.org/10.14393/ufu.di.2015.372 |
Resumo: | CHAPTER II: The human prostate cancer (PCa) is highly heterogeneous and multifactorial, and yet markers are not sufficiently accurate and none can predict the clinical outcome. Therefore, the search for new biomarkers for improved diagnosis, prognosis and therapy are still necessary. In this study, we describe the 3D Cell-SELEX, a strategy to select specific nucleic acid ligands against spheroid cells in 3D cell culture, which was performed against the PC-3 prostate cancer cell line. The new system combines the Cell-SELEX process that exploits the cellular structure to generate specific ligands, and the 3D cell culture that mimic the tissue microenvironment in vitro. The first round of 3D Cell-SELEX was performed against spheroids of the RWPE-1 non-tumor cell line to subtract aptamer ligands that are non-tumor specific. The supernatant was then used in eight additional rounds of selection, which were performed against spheroids of the PC-3 cell line. After nine selection cycles, eight PC-3 specific RNA aptamers were selected and sequenced, and presented sizes between 20 to 50 nucleotides-long, with low free energy (ΔG<-13.6), which confers spontaneous folding and high stability. This new strategy may provide a better exposure of extracellular domains in the membrane of the spheroid cultures, which specifically mimic the tumor microenvironment. The selected aptamers will be validated and applied in future studies focusing on the PCa management. |
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3D cell-selex: seleção e caracterização in vitro de aptâmeros de RNA ligantes específicos às células tumorais prostáticasCâncer de próstataCultura de células em 3DCell-SELEXAptâmeros de RNACâncer - PróstataSequência de nucleotídiosCultura de células - TécnicaProstate cancer3D cell cultureRNA aptamersCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICACHAPTER II: The human prostate cancer (PCa) is highly heterogeneous and multifactorial, and yet markers are not sufficiently accurate and none can predict the clinical outcome. Therefore, the search for new biomarkers for improved diagnosis, prognosis and therapy are still necessary. In this study, we describe the 3D Cell-SELEX, a strategy to select specific nucleic acid ligands against spheroid cells in 3D cell culture, which was performed against the PC-3 prostate cancer cell line. The new system combines the Cell-SELEX process that exploits the cellular structure to generate specific ligands, and the 3D cell culture that mimic the tissue microenvironment in vitro. The first round of 3D Cell-SELEX was performed against spheroids of the RWPE-1 non-tumor cell line to subtract aptamer ligands that are non-tumor specific. The supernatant was then used in eight additional rounds of selection, which were performed against spheroids of the PC-3 cell line. After nine selection cycles, eight PC-3 specific RNA aptamers were selected and sequenced, and presented sizes between 20 to 50 nucleotides-long, with low free energy (ΔG<-13.6), which confers spontaneous folding and high stability. This new strategy may provide a better exposure of extracellular domains in the membrane of the spheroid cultures, which specifically mimic the tumor microenvironment. The selected aptamers will be validated and applied in future studies focusing on the PCa management.Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas GeraisMestre em Genética e BioquímicaCAPÍTULO II: O câncer de próstata humano (CaP) é altamente heterogêneo e multifatorial, e ainda não se tem marcadores suficientemente precisos para o diagnóstico clínico. Portanto, a busca de novos biomarcadores para melhorar o diagnóstico, prognóstico e terapia ainda são necessários. Neste estudo, descrevemos o 3D Cell-SELEX, como uma estratégia para selecionar ligates de ácidos nucleicos específicos contra células em cultura 3D, a seleção foi realizada contra a linhagem celular do câncer de próstata PC-3. Este novo sistema de seleção combina o processo SELEX que explora a estrutura celular para gerar ligantes específicos, e a cultura de células em 3D que imita o microambiente de tecido in vitro. A primeira rodada de seleção do 3D Cell-SELEX foi realizada contra esferóides da linhagem celular RWPE-1 não tumoral para subtrair aptãmeros ligantes que são não-tumor específico. O sobrenadante foi então usado em oito ciclos adicionais de seleção, as quais foram realizadas contra esferóides da linhagem de células PC-3. Depois de nove ciclos de seleção, oito aptâmeros de RNA específicos para PC-3 foram selecionados e sequenciados, estes apresentaram tamanhos entre 20 a 50 nucleótidos, com baixa energia livre (ΔG < -13,6), que confere uma conformação espontânea e alta estabilidade. Esta nova estratégia pode proporcionar uma melhor exposição dos domínios extracelulares na membrana das culturas de esferóides, que imitam especificamente o microambiente do tumor. Os aptâmeros selecionados serão validado e aplicados em futuros estudos com foco na triagem do CaP.Universidade Federal de UberlândiaBRPrograma de Pós-graduação em Genética e BioquímicaCiências BiológicasUFUMarangoni, Karinahttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4705076U7Goulart, Vivian Alonsohttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4763812J7Goulart Filho, Luiz Ricardohttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4781012P8Pesquero, João Boscohttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4780371E6Souza, Aline Gomes de2016-06-22T18:43:54Z2016-03-302016-06-22T18:43:54Z2015-07-31info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfapplication/pdfSOUZA, Aline Gomes de. 3D cell-selex: seleção e caracterização in vitro de aptâmeros de RNA ligantes específicos às células tumorais prostáticas. 2015. 67 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas) - Universidade Federal de Uberlândia, Uberlândia, 2015. DOI https://doi.org/10.14393/ufu.di.2015.372https://repositorio.ufu.br/handle/123456789/15890https://doi.org/10.14393/ufu.di.2015.372porinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFUinstname:Universidade Federal de Uberlândia (UFU)instacron:UFU2021-07-19T12:54:16Zoai:repositorio.ufu.br:123456789/15890Repositório InstitucionalONGhttp://repositorio.ufu.br/oai/requestdiinf@dirbi.ufu.bropendoar:2021-07-19T12:54:16Repositório Institucional da UFU - Universidade Federal de Uberlândia (UFU)false |
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