Métodos de estimação e validação na seleção genômica na presença ou ausência de correção de fenótipos - Almeida, ísis Fernanda de (2013)
Com os avanços de tecnologias de genotipagem em larga escala, tornou-se possível uma cobertura completa do genoma, o que levou os pesquisadores a criar uma nova forma de utilização dessa informação genética gerada em benefício do melhoramento de plantas. Essa nova metodologia foi denominada de seleção genômica ampla (GWS), e consiste na utilização simultânea de centenas ou milhares de marcadores, os quais cobrem o genoma de maneira densa, de forma que todos os genes de um caráter quantitativo estejam em desequilíbrio de ligação com pelo menos uma parte dos marcadores. Com isso, o trabalho teve por objetivo avaliar a acurácia da seleção genômica em diferentes cenários de distribuição de efeitos genéticos e populações de validação, além de analisar o efeito da correção de fenótipos na estrutura das populações.Uma vez que os dados foram gerados por simulação, observou-se também a eficácia do processo de simulação em gerar populações cujos princípios genéticos sejam preservados. Para isso, foram simuladas dez repetições de duas estruturas populacionais, com o número de 500 indivíduos. Para os dados genotípicos considerou-se 1000 locos marcadores, sendo 100 efetivamente ligados a QTL. Distintos efeitos de QTL foram simulados, um de acordo com uma distribuição uniforme e outro de acordo com uma distribuição exponencial com o objetivo de retratar diferentes arquiteturas genéticas.Para a validação 1 (V1) uma amostra de 100 indivíduos constituiu a população de validação; para a validação 2 (V2), aplicou-se a validação cruzada de Jacknife; e na validação 3 (V3), uma nova população de validação foi gerada. As metodologias RR-BLUP e BLASSO foram utilizadas a fim de se computar a acurácia da seleção genômica nos diferentes cenários estabelecidos.A simulação das populações foi eficiente ao retratar a estrutura genética das populações. Sem correção de fenótipos para estrutura de população a distribuição de efeitos de QTL exponencial conduziu a maiores acurácia, sendo o método BLASSO o mais acurado para este tipo de distribuição de efeitos genéticos. Neste cenário, as validações V1 e V3 foram mais acuradas. Com correção de fenótipos os QTL com efeitos genéticos de distribuição exponencial e uniforme conduziram a acurácias similares e o método BLASSO mostrou-se mais robusto, sendo o mais acurado para ambas as distribuições de efeitos genéticos; nesta situação, as validações V1 e V2 apresentaram-se mais acuradas.A correção de fenótipos proporcionou maiores valores de acurácia devido a uma maior eficiência em capturar o desequilíbrio de ligação.De maneiral, o método RR-BLUP foi mais preciso e o BLASSO menos viciado.