Estrutura genética de populações do begomovírus Tomato severe rugose virus (ToSRV) - Sande, Osvaldo Francisco Lino (2014)
O gênero Begomovirus (família Geminiviridae) inclui vírus com genoma composto por uma ou duas moléculas circulares de DNA fita simples encapsuladas em partículas icosaédricas geminadas. A incidência de begomovírus no Brasil vem aumentando desde 1990 com a introdução do vetor Bemisia tabaci Middle East Asia Minor 1 (MEAM1, antigo Biótipo B). O objetivo deste trabalho foi avaliar a dinâmica espaço-temporal de populações do begomovírus Tomato severe rugose virus, que infecta naturalmente o tomateiro. Um total de 233 amostras de tomateiro e plantas não-cultivadas apresentando sintomas típicos de begomovírus foram coletadas nos municípios de Coimbra em 2013 e 2014 e Florestal em 2014. O DNA total das amostras foi extraído e utilizado como molde para a amplificação de genomas completos de begomovírus com auxílio da DNA polimerase do fago phi29. Os genomas virais foram clonados em plasmídeos e completamente sequenciados. Um total de 76 genomas completos (DNA-A) foram obtidos neste trabalho. Os isolados obtidos a partir de tomateiro revelaram a quase completa predominância do Tomato severe rugose virus (ToSRV) em Florestal e Coimbra (nesta última região substituindo o Tomato common mosaic virus, ToCmMV). A análise filogenética, incluindo outras sequências de ToSRV previamente descritas a partir de diversos hospedeiros cultivados e não-cultivados e disponíveis no GanBank, evidencia a estruturação dos isolados de ToSRV em quatro clados: (i) Florestal/2008, (ii) São Paulo, Goiás e Distrito Federal, (iii) Florestal/2014 e (iv) Viçosa, Coimbra, Carandaí e Jaíba. Os isolados de Florestal/2008 representam o grupo mais divergente, com um tempo médio de divergência do ancestral comum mais recente de 15-20 anos. Contudo, os isolados coletados em Florestal em 2008 divergem em relação aos isolados coletados em 2014, sugerindo uma estruturação baseada no tempo. A rede filogenética inferida revelou evidências de recombinação intraespecífica, e os isolados BR:Ube1:2000 e BR:Vic20:10, previamente descritos, foram identificados como possíveis recombinantes. A variabilidade genética da população de ToSRV não se encontra igualmente distribuída entre as subpopulações, com as subpopulações de Viçosa e Florestal/2008 apresentando maior contribuição para a variabilidade. Os resultados de testes de seleção indicam a ocorrência de seleção purificadora atuando no gene CP das subpopulações de Viçosa, Carandaí e Florestal/2014 e no gene Rep das subpopulações de Viçosa e Carandaí. A análise baseada em coalescência mapeou as mutações ao longo do genoma do ToSRV. Todas as mutações observadas em pimentão e plantas não-cultivadas são comuns para tomateiro e apresentam a mesma idade relativa, sugerindo que o ToSRV é uma espécie viral bem adaptada ao tomateiro, com transferência eventual para outros hospedeiros por meio do inseto vetor.