O microbioma humano como indicador de saúde: correlações e ferramentas analíticas - Dobbler , Priscila Caroline Thiago (2021)
Por um tempo, micro-organismos foram considerados danosos para a saúde e o funcionamento normal do corpo humano, e com isso, estudava-se principalmente as patologias associadas a esses organismos. Com a evolução da microbiologia, e mais recentemente, o desenvolvimento e expansão das tecnologias de sequenciamento, os micro-organismos passaram a ser vistos sob novas perspectivas. Com o uso do sequenciamento para catalogar comunidades microbianas, é possível identificar de centenas a milhares de micro-organismos em uma única amostra, e com isso se tornou acentuada a interdependência do ser humano com os diferentes tipos de comunidades microbianas. Sendo assim, pesquisas de microbiomas buscam identificar correlações não somente de micro-organismos isoladamente, mas também a nível comunitário, onde há alterações de correlações, ou coocorrência, que leva a desequilíbrios metabólicos dessa comunidade refletindo no hospedeiro. Além disso, gestantes possuem uma comunidade microbiana vaginal característica e distinta da mulheres não-gestantes. E durante a gestação essa comunidade também passa por transformações importantes numa gestação saudável. Durante o parto vaginal, o bebê passa pelo canal vaginal materno, portanto, também entra em contato com a microbiota do local. Com isso, buscamos entender com a microbiota vaginal materna, ao final da gestação, está associada com a microbiota do recém-nascido. Ao realizar esse estudo, percebemos que as ferramentas existes são insuficientes para lidar com a variabilidade intragrupo, a esparsidade dos dados. Por isso, criamos e validamos uma ferramenta chamada PIME (Prevalence Interval for Microbiome Evaluation, em português, Intervalo de Prevalência para Avaliação de Microbioma), que é capaz de diminuir a variabilidade intragrupo aplicando diferentes níveis de prevalência para filtragem. PIME também é capaz de, utilizando algoritmo Random Forests, classificar as unidades taxonômicas mais importantes para diferenciação entre grupos.