Mapeamento genômico rh do braço curto do cromossomo 4 do búfalo de rio

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2008
Autor(a) principal: Pelai, Vanderlei Antonio [UNESP]
Orientador(a): Amaral, Maria Elisabete Jorge [UNESP], Bonini-Domingos, Claudia Regina [UNESP]
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade Estadual Paulista (Unesp)
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Genetica animal
Genomas
Bufalo - Genética
Mapeamento cromossômico
Búfalo de rio - Genética
Palavras-chave em Inglês:
Bubalus bubalis
Genome
River buffalo
RH mapping
BBU4p
Link de acesso: http://hdl.handle.net/11449/92510
Resumo: O búfalo de rio (Bubalus bubalis) é uma espécie de interesse econômico pertencente à família Bovidae, utilizado para a produção de carne e leite, além de força de trabalho no campo. Recentemente, a construção de um painel de linhagens celulares contendo fragmentos do genoma do búfalo de rio, incorporado ao genoma de hamster (BBURH5000), está permitindo o mapeamento de todos os cromossomos bubalinos, representando a única ferramenta genômica desta categoria para o estudo da espécie. A utilização deste painel de células associado a análises estatísticas está gerando mapas genômicos de alta resolução contendo diferentes tipos de marcadores moleculares. O presente trabalho teve por objetivo utilizar este painel de células para a construção de um mapa genômico preliminar do braço curto do cromossomo 4 bubalino. Para tal, foram testados com o DNA bubalino, seqüências de oligonucleotídeos para PCR de 39 marcadores moleculares previamente mapeados no cromossomo 28 bovino, o qual foi descrito na literatura como o homólogo ao braço curto do cromossomo 4 de búfalo. Do total de marcadores testados, 14 (8 genes e 6 microssatélites) geraram produtos de PCR adequados ao mapeamento utilizando o painel BBURH5000. A freqüência de retenção de cada marcador no painel variou de 34,4%, para os marcadores, ANXA8, PPYR1 e ZNF33A a 43,3% para o marcador BMC6020. Utilizando os 14 marcadores, acrescidos de outros 10 marcadores (1 EST, 5 STS e 4 microssatélites) genotipados por pesquisadores da Texas A&M University, um mapa genômico RH preliminar foi construído para o braço curto do cromossomo 4 bubalino. A comparação desse mapa com mapas do cromossomo 28 bovino (BTA28) evidenciou extensa conservação na ordem dos marcadores no mapa obtido.
id UNSP_1551def7aa27176966e7e0bd409c500e
oai_identifier_str oai:repositorio.unesp.br:11449/92510
network_acronym_str UNSP
network_name_str Repositório Institucional da UNESP
repository_id_str
spelling Pelai, Vanderlei Antonio [UNESP]Universidade Estadual Paulista (Unesp)Silva, Artur Luiz da Costa daItoyama, Mary MassumiAmaral, Maria Elisabete Jorge [UNESP]Bonini-Domingos, Claudia Regina [UNESP]2014-06-11T19:26:05Z2014-06-11T19:26:05Z2008-02-28PELAI, Vanderlei Antonio. Mapeamento genômico rh do braço curto do cromossomo 4 do búfalo de rio. 2008. 43 f. Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual Paulista, Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas, 2008.http://hdl.handle.net/11449/92510000546974pelai_va_me_sjrp.pdf33004153023P5017508384805546632794280661767190000-0002-4603-9467O búfalo de rio (Bubalus bubalis) é uma espécie de interesse econômico pertencente à família Bovidae, utilizado para a produção de carne e leite, além de força de trabalho no campo. Recentemente, a construção de um painel de linhagens celulares contendo fragmentos do genoma do búfalo de rio, incorporado ao genoma de hamster (BBURH5000), está permitindo o mapeamento de todos os cromossomos bubalinos, representando a única ferramenta genômica desta categoria para o estudo da espécie. A utilização deste painel de células associado a análises estatísticas está gerando mapas genômicos de alta resolução contendo diferentes tipos de marcadores moleculares. O presente trabalho teve por objetivo utilizar este painel de células para a construção de um mapa genômico preliminar do braço curto do cromossomo 4 bubalino. Para tal, foram testados com o DNA bubalino, seqüências de oligonucleotídeos para PCR de 39 marcadores moleculares previamente mapeados no cromossomo 28 bovino, o qual foi descrito na literatura como o homólogo ao braço curto do cromossomo 4 de búfalo. Do total de marcadores testados, 14 (8 genes e 6 microssatélites) geraram produtos de PCR adequados ao mapeamento utilizando o painel BBURH5000. A freqüência de retenção de cada marcador no painel variou de 34,4%, para os marcadores, ANXA8, PPYR1 e ZNF33A a 43,3% para o marcador BMC6020. Utilizando os 14 marcadores, acrescidos de outros 10 marcadores (1 EST, 5 STS e 4 microssatélites) genotipados por pesquisadores da Texas A&M University, um mapa genômico RH preliminar foi construído para o braço curto do cromossomo 4 bubalino. A comparação desse mapa com mapas do cromossomo 28 bovino (BTA28) evidenciou extensa conservação na ordem dos marcadores no mapa obtido.The river buffalo (Bubalus bubalis), a member of the Bovidae family, is an economically important livestock specie useful to produce milk, meat, as well as source of labor. Recently, a whole-genome 5000-rad radiation hybrid panel was constructed for the river buffalo genome (BBURH5000 panel), which has been used to generated RH maps of several chromosomes from the specie. The goal of this study was to construct a preliminary RH map of the river buffalo chromosome 4 (BBU4p), using the BBURH5000 panel. Previous studies identified bovine chromosome 28 (BTA28) as homologous to BBU4p. Cattle derived PCR primers from 39 markers previously mapped in cattle, were tested with buffalo DNA. A total of 14 (8 genes and 6 microsatellites) of the 39 markers amplified PCR products suitable for the RH mapping. Retention frequencies of individual markers ranged from 34.4% for ANXA8, PPYR1 and ZNF33A to 43.3% for BMC6020. The preliminary RH map for BBU4p was constructed with a total of 24 markers, 14 from this study combined with 10 markers (1 EST, 5 STS and 4 microsatellites) genotyped by researchers at Texas A&M University. Comparisons of the BBU4p RH map with BTA28 revealed extensive conservation in the order of the mapped markers. Keywords: Bubalus bubalis; genome; river buffalo; RH mappingNsf - Nacional Science FoundationSecretaria de Educação43 f. : il.porUniversidade Estadual Paulista (Unesp)Alephreponame:Repositório Institucional da UNESPinstname:Universidade Estadual Paulista (UNESP)instacron:UNESPGenetica animalGenomasBufalo - GenéticaMapeamento cromossômicoBúfalo de rio - GenéticaBubalus bubalisGenomeRiver buffaloRH mappingBBU4pMapeamento genômico rh do braço curto do cromossomo 4 do búfalo de rioinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessGenética - IBILCEGenéticaUniversidade Estadual Paulista (UNESP), Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas, São José do Rio Preto01750838480554663279428066176719[2]0000-0002-4603-9467[2]Publication43c38943-bd6f-4fb6-a9a5-8482a1f632c0virtual::298175-143c38943-bd6f-4fb6-a9a5-8482a1f632c0virtual::298175-11dc306b2-5276-42f6-bb50-8a588b8f93c1virtual::264784-11dc306b2-5276-42f6-bb50-8a588b8f93c1virtual::264784-1ORIGINALpelai_va_me_sjrp.pdfapplication/pdf1678959https://repositorio.unesp.br/bitstreams/b0830d01-8309-434b-91a1-8af1c89c2955/download207276333fc39f233dabe43abc0a259fMD51trueAnonymousREADTEXTpelai_va_me_sjrp.pdf.txtWritten by FormatFilter org.dspace.app.mediafilter.TikaTextExtractionFilter on 2023-11-01T06:08:30Z (GMT).Extracted texttext/plain129740https://repositorio.unesp.br/bitstreams/47b6034e-0f8e-4e8c-9582-8ab09893a884/downloaddde6958dd8eb2be98aa1a89279514422MD54falseAnonymousREADTHUMBNAILpelai_va_me_sjrp.pdf.jpgWritten by FormatFilter org.dspace.app.mediafilter.ImageMagickPdfThumbnailFilter on 2016-11-12T00:27:50Z (GMT).IM Thumbnailimage/jpeg4995https://repositorio.unesp.br/bitstreams/2fb59807-cec3-43ad-885d-7755f1723e79/download8fa73708b6098f373ef12900a16e77ebMD53falseAnonymousREAD11449/925102026-07-25T06:43:06.307166Zopen.accessoai:repositorio.unesp.br:11449/92510https://repositorio.unesp.brRepositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.unesp.br/oai/requestrepositoriounesp@unesp.bropendoar:29462026-07-25T06:43:06Repositório Institucional da UNESP - Universidade Estadual Paulista (UNESP)false
dc.title.pt.fl_str_mv Mapeamento genômico rh do braço curto do cromossomo 4 do búfalo de rio
title Mapeamento genômico rh do braço curto do cromossomo 4 do búfalo de rio
spellingShingle Mapeamento genômico rh do braço curto do cromossomo 4 do búfalo de rio
Pelai, Vanderlei Antonio [UNESP]
Genetica animal
Genomas
Bufalo - Genética
Mapeamento cromossômico
Búfalo de rio - Genética
Bubalus bubalis
Genome
River buffalo
RH mapping
BBU4p
title_short Mapeamento genômico rh do braço curto do cromossomo 4 do búfalo de rio
title_full Mapeamento genômico rh do braço curto do cromossomo 4 do búfalo de rio
title_fullStr Mapeamento genômico rh do braço curto do cromossomo 4 do búfalo de rio
title_full_unstemmed Mapeamento genômico rh do braço curto do cromossomo 4 do búfalo de rio
title_sort Mapeamento genômico rh do braço curto do cromossomo 4 do búfalo de rio
author Pelai, Vanderlei Antonio [UNESP]
author_facet Pelai, Vanderlei Antonio [UNESP]
author_role author
dc.contributor.institution.none.fl_str_mv Universidade Estadual Paulista (Unesp)
dc.contributor.committeeMember.none.fl_str_mv Silva, Artur Luiz da Costa da
Itoyama, Mary Massumi
dc.contributor.author.fl_str_mv Pelai, Vanderlei Antonio [UNESP]
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Amaral, Maria Elisabete Jorge [UNESP]
Bonini-Domingos, Claudia Regina [UNESP]
contributor_str_mv Amaral, Maria Elisabete Jorge [UNESP]
Bonini-Domingos, Claudia Regina [UNESP]
dc.subject.por.fl_str_mv Genetica animal
Genomas
Bufalo - Genética
Mapeamento cromossômico
Búfalo de rio - Genética
topic Genetica animal
Genomas
Bufalo - Genética
Mapeamento cromossômico
Búfalo de rio - Genética
Bubalus bubalis
Genome
River buffalo
RH mapping
BBU4p
dc.subject.eng.fl_str_mv Bubalus bubalis
Genome
River buffalo
RH mapping
BBU4p
description O búfalo de rio (Bubalus bubalis) é uma espécie de interesse econômico pertencente à família Bovidae, utilizado para a produção de carne e leite, além de força de trabalho no campo. Recentemente, a construção de um painel de linhagens celulares contendo fragmentos do genoma do búfalo de rio, incorporado ao genoma de hamster (BBURH5000), está permitindo o mapeamento de todos os cromossomos bubalinos, representando a única ferramenta genômica desta categoria para o estudo da espécie. A utilização deste painel de células associado a análises estatísticas está gerando mapas genômicos de alta resolução contendo diferentes tipos de marcadores moleculares. O presente trabalho teve por objetivo utilizar este painel de células para a construção de um mapa genômico preliminar do braço curto do cromossomo 4 bubalino. Para tal, foram testados com o DNA bubalino, seqüências de oligonucleotídeos para PCR de 39 marcadores moleculares previamente mapeados no cromossomo 28 bovino, o qual foi descrito na literatura como o homólogo ao braço curto do cromossomo 4 de búfalo. Do total de marcadores testados, 14 (8 genes e 6 microssatélites) geraram produtos de PCR adequados ao mapeamento utilizando o painel BBURH5000. A freqüência de retenção de cada marcador no painel variou de 34,4%, para os marcadores, ANXA8, PPYR1 e ZNF33A a 43,3% para o marcador BMC6020. Utilizando os 14 marcadores, acrescidos de outros 10 marcadores (1 EST, 5 STS e 4 microssatélites) genotipados por pesquisadores da Texas A&M University, um mapa genômico RH preliminar foi construído para o braço curto do cromossomo 4 bubalino. A comparação desse mapa com mapas do cromossomo 28 bovino (BTA28) evidenciou extensa conservação na ordem dos marcadores no mapa obtido.
publishDate 2008
dc.date.issued.fl_str_mv 2008-02-28
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2014-06-11T19:26:05Z
dc.date.available.fl_str_mv 2014-06-11T19:26:05Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.citation.fl_str_mv PELAI, Vanderlei Antonio. Mapeamento genômico rh do braço curto do cromossomo 4 do búfalo de rio. 2008. 43 f. Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual Paulista, Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas, 2008.
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/11449/92510
dc.identifier.aleph.none.fl_str_mv 000546974
dc.identifier.file.none.fl_str_mv pelai_va_me_sjrp.pdf
dc.identifier.capes.none.fl_str_mv 33004153023P5
dc.identifier.lattes.none.fl_str_mv 0175083848055466
3279428066176719
dc.identifier.orcid.none.fl_str_mv 0000-0002-4603-9467
identifier_str_mv PELAI, Vanderlei Antonio. Mapeamento genômico rh do braço curto do cromossomo 4 do búfalo de rio. 2008. 43 f. Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual Paulista, Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas, 2008.
000546974
pelai_va_me_sjrp.pdf
33004153023P5
0175083848055466
3279428066176719
0000-0002-4603-9467
url http://hdl.handle.net/11449/92510
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv 43 f. : il.
dc.publisher.none.fl_str_mv Universidade Estadual Paulista (Unesp)
publisher.none.fl_str_mv Universidade Estadual Paulista (Unesp)
dc.source.none.fl_str_mv Aleph
reponame:Repositório Institucional da UNESP
instname:Universidade Estadual Paulista (UNESP)
instacron:UNESP
instname_str Universidade Estadual Paulista (UNESP)
instacron_str UNESP
institution UNESP
reponame_str Repositório Institucional da UNESP
collection Repositório Institucional da UNESP
bitstream.url.fl_str_mv https://repositorio.unesp.br/bitstreams/b0830d01-8309-434b-91a1-8af1c89c2955/download
https://repositorio.unesp.br/bitstreams/47b6034e-0f8e-4e8c-9582-8ab09893a884/download
https://repositorio.unesp.br/bitstreams/2fb59807-cec3-43ad-885d-7755f1723e79/download
bitstream.checksum.fl_str_mv 207276333fc39f233dabe43abc0a259f
dde6958dd8eb2be98aa1a89279514422
8fa73708b6098f373ef12900a16e77eb
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UNESP - Universidade Estadual Paulista (UNESP)
repository.mail.fl_str_mv repositoriounesp@unesp.br
_version_ 1878343515842281472

Registros relacionados