Melhoramento do resultado final do alinhamento múltiplo de sequências por meio de métodos de rearranjo de árvores e do princípio da evolução mínima - Oliveira, José Augusto Sabino (2019)
Os recentes avanços cientíﬁcos e tecnológicos proporcionaram um grande aumento dos dados biológicos disponíveis para análise e técnicas manuais são inviáveis para executar a análise desses dados e, assim, a Bioinformática surgiu devido a necessidade de analisar-se esse volume de dados com ferramentas computacionais e possibilitar inferências relevantes. Neste contexto, técnicas de alinhamento de sequências são ferramentas imprescindíveis. No entanto, alinhar sequências tem alto custo computacional e neste cenário, adota-se o Alinhamento Múltiplo de Sequências no qual diversas heurísticas são adotadas para amenizar o problema do custo computacional. Uma destas é o Alinhamento Progressivo que funciona basicamente em três fases: alinhamento par a par, construção da árvore guia e o alinhamento de perﬁs. Diversos estudos destacam a importância da árvore guia e de reﬁná-la para manter as sequências mais similares em ramiﬁcações próximas e assim, produzir um resultado com melhor signiﬁcância biológica. Assim, no presente trabalho apresenta-se conceitos e técnicas essenciais da Bioinformática e de construção da árvore guia e, por ﬁm apresenta-se um método de reﬁnamento da árvore guia aplicado em ferramentas que usam o Alinhamento Progressivo e que trabalha entre as etapas de construção da árvore guia e do proﬁle ﬁnal. O método recebe como entrada uma árvore guia e sua matriz de distâncias produzida pelo Alinhamento Progressivo, promove mudanças em suas ramiﬁcações internas e avalia se a probabilidade da árvore produzida é mais próxima da árvore verdadeira. Se probabilidade da árvore produzida é maior que a da árvore guia inicial, a nova árvore é devolvida como a árvore guia para a ferramenta de alinhamento construir o proﬁle ﬁnal, o que proporciona resultados com melhor signiﬁcado biológico.