Análises genômicas para associação de SNPs com resistência à Aeromonas hydrophila e rendimento de filé no tambaqui (Colossoma macropomum) - Ariede, Raquel Belini [UNESP] (2021)
Tambaqui (Colossoma macropomum) é o peixe neotropical mais importante da aquicultura de água doce na América do Sul. Surtos da doença causados pela bactéria Aeromonas hydrophila resultam em perdas significativas para a produção de tambaqui. Além disso, o aumento da produção dessa espécie em aquicultura é limitado pela falta de programas de melhoramento genético, especialmente para características de resistência a doenças e rendimento de filé. O objetivo desse estudo foi caracterizar o desempenho zootécnico de famílias de tambaqui C. macropomum para resistência à Aeromonas hydrophila e características de crescimento/rendimento de filé, por meio de genética quantitativa e associação genômica de SNPs (single nucleotide polymorphisms). Primeiramente, os resultados dos parâmetros genéticos para resistência a A. hydrophila e a correlação genética com o ganho de peso diário em juvenis de tambaqui demonstraram que é possível incluir essas características em programas de melhoramento seletivo. Em seguida, para avançar com as análises genômicas, foi desenvolvido um denso SNP array para o tambaqui, com a caracterização de 30 mil SNPs candidatos para a plataforma de genotipagem Axiom/ThermoFischer (30K SerraSNP array). Após essa etapa, foi investigado a arquitetura genética da resistência a A. hydrophila em tambaqui por um estudo de associação do genoma (GWAS) para identificar loci de características quantitativas (QTLs) e genes putativos associados a esta característica em tambaqui. Um denso mapa de ligação foi desenvolvido para o tambaqui usando os dados do genótipo; resultando em 17.374 SNPs distribuídos em 27 grupos de ligação. A análise GWAS identificou vários QTLs candidatos associados à resistência de A. hydrophila, distribuídos em seis grupos de ligação. Vários genes candidatos relacionados à resposta imune foram localizados próximos aos QTLs putativos. Em relação as características de crescimento/rendimento, as análises de genética quantitativa revelaram moderada-alta herdabilidades, o que demonstra que estão sob moderado controle genético e devem responder à seleção genética. Uma abordagem de deep learning e sistema de visão computacional (CVS) também foi validada para obter as medidas morfométricas do tambaqui em larga escala e de forma automatizada. As análises de GWAS para essas características confirmaram que estão sob controle poligênico, com a identificação de apenas alguns QTLs com significância estatística. Em conclusão, ambas as características avaliadas neste estudo, resistência a A. hydrophila e características de crescimento e rendimento corpóreo, demonstram estar sob controle genético e influenciadas por várias regiões genômicas, e podem ser inseridas em programas de melhoramento para tambaqui.