Genomic identification of MATE, ABC, and MFS transporters in Citrus sinensis and expression analysis of Citrus species interacting with Xanthomonas citri subsp. citri - Julião, Maria Heloisa Moreno [UNESP] (2020)
As plantas como organismos sésseis requerem a síntese e o acúmulo de uma ampla variedade de moléculas envolvidas no crescimento, desenvolvimento e processos relacionados à defesa. Os transportadores Proteínas de Extrusão Multi- Antimicrobianas (MATE), Cassette de Ligação de ATP (ABC) e Superfamília dos Facilitadores Maioritários (MFS) são as principais famílias de transportadores de membrana em plantas, desempenhando um papel central nos processos relacionados à defesa nas interações planta-patógenos. Por exemplo, protegem as células das espécies de Citros sob a infecção de Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), o agente etiológico do Cancro Cítrico tipo A, uma das doenças de Citros mais devastadoras envolvidas em sérios impactos econômicos e ambientais. Aqui, identificamos genes e transcritos das famílias MATE, ABC e MFS usando o genoma disponível de Citrus sinensis (v2.0 HZAU) e o Transcriptoma Referência de Citros (CRT) re-anotado da base de dados CitrusKB (http://bioinfo.deinfo.uepg.br). Foram identificados 67 genes MATE, 91 MFS e 143 ABC no genoma de C. sinensis e 82 transcritos MATE, 139 MFS e 226 ABC no CRT. Os transcritos foram mapeados no genoma de C. sinensis, revelando uma alta taxa de genes parálogos e putativos eventos de splicing alternativo (AS), cujos perfis de expressão gênica e potenciais papéis na interação Citros-Xac foram propostos. As cópias de genes em tandem e cópias dispersas juntamente com genes que possivelmente sofreram eventos de AS representam fontes de diversidade e complexidade dos genes transportadores. Além disso, nós destacamos potenciais alvos biotecnológicos que parecem contribuir com as respostas de defesa das plantas cítricas. Os dezessete genes pertencem às subfamílias MATE I, ABC C e G e STP, potencialmente involvidas no transporte de metabólitos secundários e xenobióticos, podem atuar como reguladores negativos da doença e limitar liberação de açúcar das células das plantas para o apoplasto. No geral, este trabalho fornece os primeiros dados genômicos de transportadores MATE, ABC e MFS em C. sinensis e sua caracterização no transcriptoma de espécies de Citros infectadas por Xac, fornecendo informações fundamentais para estudos sobre transportadores de membrana em plantas e seu papel nas interações planta-patógeno.