Anotação e caracterização de elementos de transposição no genoma de Drosophila mojavensis e de sua espécie irmã D. arizonae - Estevam de Oliveira Lobl, Edoardo (2019)
Elementos de transposição (TEs) são sequências de DNA repetitivas capazes de se moverem a partir de um local para outro no genoma e a capacidade replicativa dessas sequências é a essência de seu sucesso evolutivo. O presente estudo buscou compreender a diversidade dos TEs e sua classificação hierárquica em genomas sequenciados para este estudo e públicos, de Drosophila mojavensis (genoma público-r1.04 e genomas das linhagens 22 e 01) e da espécie irmã D. arizonae (genoma público-pub e da linhagem 17). Foi utilizado o pipeline TEdenovo presente no suíte de aplicativos REPET para a identificação dos TEs e o software Repeatmasker para a anotação dos mesmos. As sequências identificadas foram classificadas até em nível de família por meio de análises filogenéticas, como também foi estimado o grau de divergência das cópias anotadas por meio da análise de landscape. O conteúdo de TEs variou entre os genomas (D. mojavensis r1.04: 16,6%, 22: 5,5% e 01: 7,5%; D. arizonae pub: 5,4% e 17: 6,4%). Em todos os genomas analisados, as superfamílias Gypsy, BEL, Jockey e R1 são as mais representativas dentre os elementos de Classe I, enquanto que dentre os elementos de Classe II destacam-se as superfamílias hAT, Mariner/Tc1, P e Helitrons. Em D. mojavensis r1.04, 13% dos TEs encontram-se em regiões gênicas ou próximos a genes, dos quais 11,6% correspondem a elementos Gypsy, dentre os TEs de Classe I, e 17,4% a elementos hAT, dentre os elementos de Classe II, concordante com a distribuição genômica. Utilizando o genoma de D. navojoa como grupo externo, demonstrou-se que a divergência do conjunto de TEs é congruente com a divergência entre as espécies. Este estudo enfatiza que a anotação de TEs é um processo bastante afetado pelas metodologias utilizadas, desde o sequenciamento e montagem dos genomas, até as próprias ferramentas e banco de dados utilizados no processo de anotação. Independente dessas limitações, a caracterização da composição de TEs de um genoma é etapa essencial para entendimento dos possíveis papéis que desempenham na evolução das espécies que os abrigam.