Aplicabilidade de redes PPI em Biologia de sistemas no contexto da síndrome de Williams-Beuren - Medeiros, Priscila [UNESP] (2022)
Uma microdeleção hemizigótica de 1,5Mb a 1,8Mb na região do braço longo do cromossomo 7 (7q11.23) ocasiona uma doença genética rara multigênica. Faces típicas, doenças cardiovasculares, alterações do tecido conjuntivo combinados com déficit de aprendizado e crescimento, personalidade e perfil cognitivo característicos representam o conjunto de sinais clínicos que caracteriza a síndrome de Williams-Beuren (SWB). Embora a técnica da FISH permita o diagnóstico citomolecular da síndrome, a existência de deleções de tamanhos típicos e atípicos, as quais não são evidenciadas pela FISH, acarreta em diferentes genes afetados. Por isso, o objetivo deste estudo foi investigar e caracterizar a microdeleção mediante análise por CMA (do inglês Chromosome Microarray Analysis) e analisar o impacto desta através de uma abordagem in silico utilizando redes de interação entre proteínas (PPI). Dentre os 14 indivíduos recrutados e avaliados no estudo, apenas um apresentou uma FISH negativa. Clinicamente, todos os participantes exibiram características da SWB com escore acima de 3. Uma deleção típica de 1,367,201Kb foi confirmada e caracterizada por CMA em 13 participantes do estudo e o impacto desta foi analisado em duas redes biológicas, uma representando a rede de um indivíduo sem alterações (GN) e outra representando o indivíduo acometido (PN). As proteínas codificadas pelos genes deletados foram extraídos da rede GN para simular a rede PPI do indivíduo com a deleção (PN). Análises topológicas de ambas redes foram analisadas, assim como nas redes no contexto de comunidades. Os resultados não mostraram diferenças significativas entre as redes. Pela análise de enriquecimento com termos ontológicos relacionados a processos biológicos, foi possível identificar as regiões onde houve enriquecimento dentro de cada comunidade, bem como identificar quais proteínas e termos ontológicos são compartilhados. Com isso, foi possível analisar diferenças entre as redes após a deleção e apontar diferentes proteínas até então não correlacionadas à síndrome. Embora a abordagem in silico utilizada neste estudo não tenha apresentando diferenças estatísticas, a utilização de estudos com redes biológicas além de trazer novas descobertas para o estudo da SWB, pode também ser uma ferramenta importante para esclarecer a variabilidade fenotípica e fisiopatologia da doença.