Desequilíbrio de ligação e associação entre polimorfismos de base única com maciez da carne e espessura de gordura em bovinos Nelore utilizando painéis de alta densidade - Espigolan, Rafael [UNESP] (2013)
A carne produzida no Brasil a partir de raças zebuínas possui características organolépticas que não são bem aceitas nos mercados mais exigentes. As características de carcaça e da carne, como a maciez e a espessura de gordura subcutânea podem garantir qualidade e uniformidade na produção de carne bovina, porém o melhoramento genético para essas características não tem sido praticado. Os objetivos deste estudo foram analisar o desequilíbrio de ligação entre os polimorfismos de base única (SNPs), e estudar a associação destes com a maciez da carne e espessura de gordura subcutânea no genoma de bovinos da raça Nelore utilizando um painel de SNPs de alta densidade. Foram utilizados 795 machos da raça Nelore nascidos em 2008 e 2009 e pertencentes a três programas de melhoramento genético. Um total de 117 grupos de contemporâneos foi formado, constituídos por ano de nascimento, fazenda, grupos de manejo ao nascimento, grupos de manejo à desmama e ao sobreano. Os animais foram genotipados utilizando o Illumina High-Density Bovine BeadChip com 777.962 marcadores SNPs. O DNA genômico foi extraído utilizando amostras de cinco gramas de tecido muscular retirados do Longissimus dorsi de cada animal. Foram excluídos SNPs que apresentaram MAF (alelo de menor frequência) inferior a 0,05 e Call Rate menor que 0,93, totalizando 446.986 SNPs. Os fenótipos para maciez da carne foram obtidos utilizando um equipamento de análise de textura equipado com uma sonda Warner Bratzler em amostras de 2,54 cm retiradas entre a 12ª e 13ª costelas da meiacarcaça esquerda. Na mesma amostra foi mensurada a espessura de gordura subcutânea com paquímetro, medindo a camada de gordura localizada a um ângulo de 45º a partir do centro geométrico. As análises de associação foram realizadas considerando apenas um marcador por vez...