Investigação sobre o papel dos RNAs longos não codificantes no contexto do sarcoma de Ewing - Coan, Rafael Luiz Buogo [UNESP] (2022)
O sarcoma de Ewing (SE) é um câncer que tipicamente afeta ossos e tecidos moles, especialmente em crianças e adultos jovens. As células neoplásicas do SE apresentam uma translocação recorrente entre os genes EWSR1 e FLI1, localizados respectivamente nos cromossomos 11 e 22. Esta translocação resulta na proteína fusionada EWS-FLI1, que age como um fator de transcrição aberrante desregulando a expressão de ampla gama de genes. Por exemplo, via ligação em repetições GGAA presentes de genes codificadores de proteínas, EWS-FLI1 recruta histonas deacetilases (HDACs), enzimas que modulam epigeneticamente a transcrição de genes codificadores e não codificadores, como os RNAs longos não codificantes (lncRNA). Estes atuam sob diversas formas, por exemplo, inibindo complexos enzimáticos, interferindo diretamente no DNA ou com outras moléculas de RNA. Como característica em comum, lncRNAs e HDACs participam em complexos remodeladores de cromatina (e.g. NuRD), assim regulando a expressão gênica globalmente. Estudos experimentais e clínicos recentemente reportaram que inibidores de HDACs (HDACi) têm promissor potencial antineoplásico contra células de SE. No entanto, pouco é conhecido sobre a associação entre os moduladores epigenéticos e os lncRNA no contexto do SE. Este estudo emprega a biologia de sistemas para investigar as relações entre as principais formas da translocação EWS-FLI1 encontradas no SE e moléculas envolvidas em mecanismos conhecidos de modulação epigenética da expressão gênica, como no remodelamento de cromatina (HDACs) e regulação pós-transcricional (lncRNA). Objetivamos, além, estabelecer um pipeline computacional para identificar novos transcritos não codificantes no SE. Por meio de dados de RNA-Seq provenientes de tumores sequenciados de SE, depositados no dbGaP, calculamos a expressão gênica de codificadores e não codificadores de proteína. Após, construímos uma rede de coexpressão que revela as associações entre lncRNA conhecidos e HDACs. O enriquecimento de vias e o uso de banco de dados auxilia-nos na interpretação dos resultados nas diferentes etapas do estudo. Ademais, encontramos lncRNA candidatos a novos transcritos no contexto do SE. Por fim, nosso estudo estabelece conexões entre HDACs e lncRNA, além de encontrar novos transcritos associados ao SE.