Identificação de novos microRNAs associados ao metabolismo maligno do câncer de pulmão - Seneda, Ana Laura [UNESP] (2023)
Introdução: O câncer de pulmão é a principal causa de morte por câncer no mundo e compreende dois principais subtipos histológicos: adenocarcinoma (LUAD) e carcinoma de células escamosas (LUSC). MicroRNAs (miRNAs) são pequenos RNAs não codificantes que regulam a expressão gênica e são conhecidos por modular processos celulares, incluindo o metabolismo, que está alterado nas células cancerígenas. De acordo com o miRBase, um banco de dados de sequências de miRNAs, atualmente são conhecidos 2.654 miRNAs humanos maduros. No entanto, estudos recentes sugerem a existência de novos miRNAs com um potencial papel no desenvolvimento e progressão da doença. Objetivos: Identificar novas sequências de miRNAs no câncer de pulmão. Métodos: Os dados de sequenciamento de miRNA publicamente disponíveis (miRNA-Seq) do LUAD e LUSC foram obtidos do The Cancer Genome Atlas (TCGA). O miRMaster foi utilizado para predição de novos miRNAs, com critério de filtragem de FC> 2 e p <0,001. Os genes alvo dos miRNAs foram investigados usando mirDB. Em seguida, a expressão dos genes alvo foi validada (in silico) usando conjuntos de dados de RNA-seq (LUAD e LUSC) obtidos do Xena Browser. Análise de correlação de Spearman entre miRNAs e genes alvo foi realizada. PathDB foi usado para identificar vias metabólicas incluindo genes alvo de miRNA. Resultados: 126 sequências de novos miRNAs previstos foram identificadas no LUAD e 225 no LUSC. Destas, 18 novas sequências foram correlacionadas negativamente (r> 50%; p <0,0001) com 47 genes alvo no LUAD, e 66 foram correlacionadas negativamente com 473 genes alvo no LUSC. Destes, 13 novos miRNAs foram comumente superexpressos em LUAD e LUSC. Em seguida, identificamos (in silico) o papel dos novos miRNAs no metabolismo do câncer. Encontramos duas vias principais: metabolismo de carboidratos (136 vias incluindo 30 genes alvo de miRNA) e metabolismo energético (64 vias e 26 genes alvo de miRNA). Conclusões: Um subconjunto de novos miRNAs está desregulado no câncer de pulmão versus tecidos pulmonares normais, com papéis potenciais no metabolismo maligno associado à tumorigênese pulmonar. Os miRNAs identificados modulam a expressão de genes alvo com funções biológicas nas vias do metabolismo de carboidratos e energia.