Identificação de vírus em amendoim forrageiro e pimenta por sequenciamento de nova geração - Pantoja, Késsia de Fátima da Cunha [UNESP] (2020)
A espécie Arachis pintoi, conhecida como amendoim forrageiro, é uma leguminosa nativa do Brasil. Muitas são as utilidades atribuídas ao amendoim forrageiro, sendo seu uso mais comum como espécie forrageira, fornecendo alimento em grande quantidade e qualidade aos animais, em plantios puros ou consórcio com gramíneas. A ocorrência de sintomas de viroses em genótipos e cultivos de amendoim forrageiro tem sido observada por pesquisadores em diferentes estados brasileiros. No Brasil, apenas duas espécies virais já foram relatadas: o Peanut mottle virus- PeMoV e o Cowpea mild mottle virus - CpMMV. O objetivo deste trabalho foi estudar os vírus de plantas de amendoim forrageiro do Banco de Germoplasma da Embrapa Acre e detectar viroses em plantas de pimenta Cumari-do-Pará. Para detectar possíveis vírus nesses genótipos, uma análise de sequenciamento de nova geração foi realizada. A extração total de RNA dos 22 acessos foi realizada com o kit RNA Viral PureLink (Invitrogen) seguida de preparação da biblioteca e sequenciamento do transcriptoma utilizando a plataforma Illumina HiSeq2500. A montagem de novo das leituras de 24.659.442 foi realizada usando o software CLC Genomics Workbench v7.0.3. Os 9.709 contigs obtidos foram submetidos a uma pesquisa BLASTn usando o software Geneious v.9.1.5. A análise metagenômica permitiu a identificação de sete espécies de vírus: Peanut mottle virus - PeMoV (Potyvirus), Cucumber mosaic virus sub-grupo IB (Cucumovirus), Cowpea chlorotic mottle virus - CCMV (Bromovirus) e um provável novo mebro da família Potyviridae, e também novas espécies dos gêneros Emaravirus, Polerovirus e Ampelovirus em amendoim forrageiro. A análise de NGS permitiu obter a sequência completa do genoma do Peanut mottle virus (PeMoV) com 9.680pb (GenBank MK396065), que foi confirmada em dois genótipos de A. pintoi (BRA cv. BRS Mandobi, BRA042269) por RT-PCR, seguido de sequenciamento de Sanger, usando os primers específicos desenhados para PeMoV. O CCMV foi identificado baseado na sequência dos três componentes do genoma viral, tratando-se da primeira identificação deste vírus em amendoim forrageiro. A sequência nucleotídica completa de um novo membro da família Potyviridae foi relatada em plantas de amendoim forrageiro (Arachis pintoi) no Brasil exibindo sintomas típicos de vírus, que propomos nomear como Arachis pintoi mottle virus (ArPMV). O genoma do RNA de sentido positivo ArPMV possui 9.213 nucleotídeos. A ORF única completa do ArPMV compartilha 47% e 34% de identidade de nucleotídeo e aminoácido, respectivamente, com o isolado mais próximo relacionado, o soybean yellow shoot virus. As análises de sequenciamento de nova geração plataforma Illumina HiSeq2500 também foram realizadas para uma amostra de pimenta cv. Cumari-do-Pará (Capsicum chinense) coletada em 2017 em uma fazenda próxima ao município de Altamira, no estado do Pará, mostrando sintomas de amarelecimento internerval, redução de lâmina foliar e encurtamento dos entrenós. Embora seja cultivada em todos os estados brasileiros, a produção é fortemente focada nos estados do norte do país. Os contigs foram submetidos à analise por BLASTX com o software Geneious v9.1.5. no banco de dados viral do NCBI, que revelou identidades de nucleotídeos superiores a 90% com a espécie Pepper vein yellows virus- PeVYV (gênero Polerovirus, família Luteoviridae) e também sequências relacionadas aos gêneros Ampelovirus e Cucumovirus. Posteriormente, através de montagem “de novo”, foi possível obter o genoma completo de uma possível nova espécie pertencente ao complexo de Polerovirus da pimenta, cujo nome proposto foi Pepper vein yellows virus 8 (PeVYV-8). Este é o primeiro relato de um polerovírus infectando a pimenta Cumari-do-Pará no Brasil e a distribuição do vírus em outras regiões do país precisa ser melhor avaliada.