Desacetilases de histonas no câncer colorretal: expressão gênica, indicadores prognósticos e perspectivas para a terapia epigenética - Callegari, Diogo Pessuto [UNESP] (2021)
O termo câncer colorretal (CRC) inclui os tumores localizados no intestino grosso separado em cólon e reto. Globalmente, o CRC apresenta alta incidência e taxa de mortalidade. A doença é heterogênea, possui etiologia complexa, desenvolvendo-se em múltiplas etapas em decorrência do acúmulo de alterações genéticas e epigenéticas. Estudos recentes identificaram perfis moleculares específicos caracterizados por alterações genéticas e epigenéticas: i) instabilidade cromossômica (CIN), ii) instabilidade de microssatélites (MSI), iii) fenótipo metilador de ilha CpG (CIMP) e iv) hipometilação global do DNA. Alterações epigenéticas, incluindo mudanças no perfil de metilação do DNA e de modificações pós-traducionais das histonas, são detectadas em todas as etapas do processo de carcinogênese. Neste contexto, a perda da acetilação da cromatina mediada pelas enzimas denominadas desacetilases de histonas (HDACs) têm sido implicadas na progressão do CRC e na resistência à quimioterapia. Este estudo teve como objetivo principal avaliar o padrão de expressão de genes codificadores de desacetilases de histonas em CRC e sua correlação com parâmetros clínico-patológicos. O trabalho encontra-se apresentado em duas partes: o primeiro capítulo apresenta os principais fatores epidemiológicos do câncer colorretal, sua classificação, fatores epigenéticos que acompanham seu desenvolvimento e sua relação com as HDACs, assim como o efeito das modificações de histonas na resposta à terapia. O segundo capítulo apresenta a análise do padrão de expressão dos 18 genes codificadores de desacetilases de histonas em CRC comparado a amostras de intestino normal a partir de dados de RNA-Seq disponíveis nos bancos de dados públicos The Cancer Genome Atlas (TCGA) e Genotype-Tissue Expression (GTEx) bem como possíveis correlações entre os genes diferencialmente expressos com parâmetros prognósticos. Dentre os dados disponíveis, foram selecionados aqueles obtidos a partir de amostras de tumores com alto nível de pureza de acordo com o valor de CPE (Consensus Purity Estimate). As análises foram conduzidas com o pacote DESeq2 para linguagem R (R Bioconductor v 3.8). Foram detectados seis genes diferencialmente expressos (log2FoldChange >+1 ou < –1 e p-value <0,0001; student t-test): os genes HDAC1, 2 e 8 apresentaram altos níveis de expressão enquanto osgenes HDAC 4, 9 e 10 apresentaram níveis menores nos tumores quando comparados tecido normal. Em conjunto, os genes diferencialmente expressos mostraram padrão heterogêneo entre as amostras tumorais e foram associados com a ocorrência de mutações no oncogene BRAF (genes HDAC1 e HDAC10), instabilidade de microssatélites (gene HDAC2) e o fenótipo CIMP (gene HDAC10). Considerando-se as interações entre os diferentes membros da família das HDACs e a participação dessas proteínas em complexos repressores da transcrição, novos estudos são necessários para se investigar o impacto das alterações descritas na biologia tumoral e suas implicações para as estratégias de terapia epigenética.